顾命八大臣全部去职，军机处原来的五个组成人员，除了一个祥外，有四个在顾命大臣之列，所以作为央政府的行政枢，此时的军机处事实已经瘫痪。当然人事安排的根本原则是早定了的，那是这个新政府班子必须是以恭亲王为首的，这也是慈禧太后与恭亲王之间的“交易”所在——恭王既已实现诺言，全力将顾命八大臣以及他们所代表的制度推翻，把两宫太后扶垂帘听政的宝座。现在“革命成功”了，该两宫皇太后来兑现自己的承诺了。
因此恭亲王无可争议的成为了新政府的首脑，也是俗称的“军机领班”。但光是个“军机领班”，也还不足以“酬庸”他的劳绩，于是又想出个名目，那是“加授议政王”，以示皇太后皇帝对恭亲王的“倚重之深”。
为什么不直接封个“摄政王”呢？因为大清世祖章皇帝顺治即位之初，他的十四叔多尔衮封的是摄政王，后来还嫌不过瘾，干脆来了个“皇父摄政王”。奕欣没当摄政王有两个原因，第一个原因正是考虑到多尔衮的前车之鉴，多尔衮虽然权倾一时，是个真正的“无冕之皇”，但其身后的下场却实在不太好。他刚死的时候甚至被追尊为“成宗义皇帝”，可是仅仅一个月后，他遭到顺治皇帝的彻底“清算”——不但废黜刚给他的皇帝尊号（含庙号、谥号），还被削去原有睿亲王的封爵，甚至黜去爱新觉罗的宗籍，贬为庶人。直到乾隆年间，才被部分“平反”。有这样一个“摄政王”的先例在，恭亲王自己无论如何不会对“摄政王”三个字感兴趣。还有一个原因，“摄”者“代”也，摄政王是代行天子之权。如今皇太后既然临朝听政，代行天子之权的自然是皇太后了，因此恭亲王也只能“议政”，不能摄政。
不过此时两宫皇太后、尤其是慈禧太后，对朝廷的人事并不熟悉，几乎是“睁眼瞎”，想插手也无从下手。满朝武谁的资历背景怎样，谁的德行才能怎样，她都不了解。内阁奉谕所宣布的这个军机处新班子组成名单，完全是由恭亲王一手拟定的。分别是加授议政王在军机处行走，和硕恭亲王奕訢、太子太保华殿大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆、户部左侍郎祥、鸿胪寺少卿曹毓瑛，一直蹦达的很欢实的周祖培，因为根本不是奕欣的人马，被排除在了名单之外。
慈禧太后对这个名单很不满意，不过也是没有办法，总不能把肃顺再弄回来。因为这六个人，把恭亲王除外，起码有四个人一眼能看出与恭王的密切关系。首先打头一个的华殿大学士桂良，他是恭亲王的老丈人。唯一一个由“旧班子”留任的祥，则跟桂良同旗同族。祥虽然也是旗人极其少见的能员，但此时受到重用，却一定是出于桂良的引荐无疑，而且对付果兴阿的主意都是他出的，明显早和恭亲王有默契。再一个宝鋆，这个人好像没什么本事，但他跟恭王的私交非常的好，好到可以在大庭广众之下随便开玩笑的地步。至于曹毓瑛，还在承德当军机章京的时候，与恭王有机密书信往来，为政变的成功立下汗马功劳，明显是奕欣安排在军机处的卧底。此时恭王论功行赏，让他取代原来“肃党”的焦佑瀛，成了“打帘子军机”。最后剩下一个沈兆霖，身份还算是较“立”的，不过背地里是不是奕欣的人也很不好说。
奕譞把果兴阿搀和进来的消息带回了北京之后，两宫和奕欣还真慌乱了一阵，但也很快稳了下来。等慈禧和奕欣对如何应该果兴阿已经有了成算，立即便以迅雷不及掩耳之势，开始了对七个“阶下囚”和一个在逃犯的彻底清算，一点也不拖泥带水。咸丰十一年十月初二日，肃顺还和果兴阿在河西务矫情的时候，慈禧和奕欣便谕令热河都统春佑，将肃顺在热河的财产“密速查抄”，“毋令稍有隐匿”，同时再传谕将肃顺“在京家产，著即派西拉布前往查抄，毋令稍有隐匿”，这还只是第一步。
由于要处置的毕竟是大行咸丰皇帝临终顾命之臣，因此几乎所有当朝重臣都参与了这个“历史性”的会议。惟其如此，定罪和处分也久议不决。主要大概有两种意见：一种意见是主张持重，这部分人有的是顾及祖制和大行皇帝遗命，因为无论八臣怎么跋扈，到底也是大行皇帝的托孤之臣。如今大行皇帝尸骨未寒，要杀托孤之臣，不但于心不忍，而且也显得继位的嗣君丝毫不给皇考大行皇帝留余地，不是为继者之道。
有的则是念及为首的载垣、端华二人乃是世袭罔替的“铁帽子王”，符合朝廷“议亲议贵”之条，况且清朝开国至今，还没有公开杀“铁帽子王”的先例。当然也有人颇能对肃顺看法持平，认为他虽然狂悖跋扈、目无人，但对朝廷的莫大贡献也是有目共睹的。尤其是他一手维持的、以曾国藩为统帅的湘军，刚刚从太平天国手里夺下长江第一重镇安庆。安庆是太平天国首都南京的最后一道屏障，夺回安庆，则打下南京也是指顾间的事了。此正当肃顺功劳彰显的时候，却被处以极刑，难免会让局外人想起“兔死狗烹、鸟尽弓藏”的话来。也说不定会寒了前方浴血奋战的湘军将领的心，再激出什么意想不到的变故，局面真的不好收拾了。而且要处置顾命大臣这样的重臣，不征求曾国藩等前方重要疆臣的意见，也实在很难说得过去。更要命的是这里面还搅和了一个果兴阿，固安军陈兵京畿，随时都有可能动武兵谏，处置肃顺也不得不考虑果兴阿的态度。当然这样的意见，此时也只是腹诽而已，当此情势，是无论如何不能拿到桌面去讲的，否则会有“附逆”之嫌。总之这部分人是主张从轻处罚的。
还有一种意见则是主张对顾命八臣、尤其是对载垣、端华、肃顺三人，进行严厉处置。这部分人大多数是不满肃顺等人的跋扈，当然也有些人是揣摩到慈禧太后和恭亲王有必欲置肃顺于死地的意思，“闻风希旨”，拍皇太后和恭亲王的马屁，对肃顺落井下石。更有一种人是公报私仇的，肃顺为政的风格严厉，得罪了很多人。咸丰八年，肃顺处理“顺天科场舞弊案”时，曾经坚持杀了当时的渊阁大学士、军机大臣柏葰，柏葰的门生故吏众多，这些人当然对肃顺恨之入骨，如参加这个会议的刑部尚书赵光，是柏葰的门生。刑部掌管“秋曹”，所以赵光的意见当然至关重要，他强硬坚持要杀掉肃顺，为他老师报仇的意思，几乎是尽人皆知的。而主持会议的恭亲王以及大多数王公大臣都并不反对，那些隐隐为肃顺抱屈的人，也无可奈何了。所以会议的结果，是给载垣、端华、肃顺三人拟了个凌迟处死的处分，也是老百姓通常说的“千刀万剐”。其余景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛诸人，皆拟革职，并发往新疆效力赎罪。