当我还是个年轻人的时候，
我拥有自由，却没看见它。
我拥有时间，却不知道它。
我拥有爱情，却没有感觉到它。
若干年后，我才明白这些东西弥足珍贵。
如今，垂暮之年的我。将这些顿悟视作一笔财富。
爱、自由、时间……是它们教会了我…
如何指引自己的信仰。
尤其是爱，我至亲至爱的人们。
无论是你我，还是我们的子孙，抑或是我们的兄弟姐妹，
还有这个给予我们生命，广大、美妙的世界。
还有令人捉摸不透的人生。
我挚爱的妻子索菲亚。
――――艾吉奥奥迪托雷。1524年，写于佛罗伦萨
为了解开误会，龙飞赶紧把艾吉奥书房中写的信念了出来。果然，邵云听到这段话后放下了敌意。
“你为什么会知道这段话”邵云把长剑放下，认真的问到。这让其他人不解。
“意大利的刺客大师艾吉奥奥迪托雷写的，我当然知道。e叔可是文艺复兴时期最伟大的刺客大师，知道刺客信条的人大多都知道他。”
“你见过艾吉奥导师”
“没见过，但我知道他所有的生平事迹和经历。”
一旁的刺客小弟（你不就欺负邵云姐没玩过刺客信条2么）
………………
为了寻找领导和重建祖国刺客的方法，邵云和她导师不远千里来到了意大利，她找到了前刺客大师艾吉奥并希望得到答案，但没想到这遭到了艾吉奥严词拒绝。然而她没有放弃，而她的坚持也成功地打动了艾吉奥，他告诉少郡，只有明白爱对兄弟会的重要性，才能领导她获得成功。
然而一群不速之客打断他们的对话，锦衣卫从天而降并攻击二人。这时邵云才告诉艾吉奥他其实是中国明朝正德皇帝的妃嫔，在正德皇帝死后逃出皇宫的她成为了刺客，而正德的继承者嘉靖皇帝下令清洗那些反抗他的人，身在名单之中的刺客因此遭到追杀。
在邵云和艾吉奥的共同抵抗下，他们在艾吉奥的小别墅里边干掉了前来袭击的锦衣卫。扰攘多时之后，得到答案的邵云决定返回祖国，这时候艾吉奥给了她一个箱子，并告诫她，只有彷徨之时，方能将其打开。
“我生下来就是妃嫔，但小时候我的导师就把我救了出来。”—邵云对埃齐奥提起她的过去。
邵云生于明朝正德年间，是皇帝后宫中的一位妃嫔。在宫里，邵云学会了刺绣等等妃嫔必学的技能，她对舞蹈和音乐也很有天赋。
1510年，还是个孩子的邵云目睹大太监刘瑾被凌迟处死，这充满血腥的场面使她终生难忘。
在邵云十几岁后，原本就不喜政事的正德皇帝看中了她，在接下来的十年中带着她四处游山玩水。邵云也因此见到了许多外国人。同时，她敏捷的身手也使正德着迷，正德私底下常派她去捉弄宦官和大臣，以此来找些乐子。
十三岁时，邵云靠她的才华和她与正德的感情成功升为皇妃。因为那猫般的优雅气质、未经缠裹的双脚和丰满的胸部，她总能在与好友张妃的竞争中胜出。不过正德帝始终没有临幸于她。
1521年4月，正德驾崩，朝廷内一片混乱，诸位官员为下一任皇帝的人选争吵不停。邵云意识到她晋升皇后的机会可能会因此丧失，除非新皇帝能喜欢上她。于是她就用自己匿踪潜行的天赋，刺探出了维护自己地位的方法，也无意中发现了以八虎为首的圣殿骑士与刺客的斗争。不久后，她发现八虎正在策划控制新帝，而对于她自己来说，获取自由的方法就是加入刺客。因为八虎在朝廷中极具势力，所以邵云通过王阳明接触到了刺客组织，他们潜入皇宫将她救出。
邵云对救出自己的组织十分忠诚，王阳明作为她的导师，将毕生所学倾注其身。晋升为新手刺客后，王阳明将足刃交付给了她。
在1524年的大清洗中，年过半百的王阳明为躲避朝中八虎的追杀，决意辞官回乡讲学。王阳明走后，朱久元代其成为邵云的新导师。在朱久元的教导下，邵云成长为正式刺客，并执行了信仰之跃。
多年后，邵云和她的导师希望能够救出更多和邵云类似的妃嫔。但在冲入皇宫中后，邵云发现那些和自己一起长大的玩伴已被嘉靖下令凌迟处死，便和自己的导师逃出了宫中。
在逃离前，邵云发现了儿时的伙伴张妃，但张妃却坚持要留下来，因为现在的她已是一国之后。她请她的这位老朋友安静地离开，她也并不在乎八虎和圣殿骑士的事。曾为妃嫔的邵云理解她的想法，便悄悄潜出了紫禁城。
在嘉靖的大清洗中，刺客组织受到了严重的打击。剩下的残兵败将也都被迫西撤。邵云和导师也不例外，他们比自己的兄弟们逃得更远——来到了意大利。邵云的导师希望能够找到意大利刺客的导师埃齐奥奥迪托雷，寻求他的帮助。
意大利之旅
邵云:“我想知道。“
艾吉奥:“知道什么“
邵云:“怎么领导，怎么重建我的组织。”
1524年前，邵云和导师已经来到了威尼斯。但嘉靖的手下也紧追而上，在威尼斯杀死了导师，邵云则侥幸逃脱。之后，邵云来到了艾吉奥奥迪托雷在托斯卡纳的庄园。
邵云首先见到了艾吉奥的女儿弗拉维娅奥迪托雷，艾吉奥起初误以为她是敌人，但在见到了她身上的刺客徽记后才放下了戒备心。之后，艾吉奥和他的夫人索菲亚萨尔托和邵云谈话，得知了她希望寻求艾吉奥的帮助，重建自己的组织。已经退休了的艾吉奥起初并不愿意，试图赶她出门，但索菲亚看见邵云跋山涉水，心软让她留下来借宿。邵云也欣然答应。
第二天，邵云未经允许闯入了艾吉奥的书房，看到了他的一些信件。艾吉奥发现时十分愤怒，将她赶了出去，跟她说来这里是浪费时间。邵云则复述了一段艾吉奥自己写的信件，表示自己只是想明白如何像他那样建立自己的组织。艾吉奥随后告诉了她为何自己不愿相助，然后邀请她一起去佛罗伦萨，帮他处理丰收了的葡萄。
艾吉奥将邵云带到了领主宫——几十年前，奥迪托雷家族就是在这里惨遭灭门。艾吉奥告诉邵云，刺客们通过忍受痛苦、给别人带去痛苦，目睹痛苦，最终以此来终结痛苦。谈话结束后，艾吉奥和邵云准备离开佛罗伦萨，但却被嘉靖的手下发现。邵云成功地杀死了追兵，然后和艾吉奥一起逃离佛罗伦萨。