●■●隆庆二年(1568)，被立为皇太子，当时年方六岁。翊钧少年聪慧，穆宗曾驰马宫中，他进谏道：“陛下为天下之主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗大喜，下马大加抚慰。陈皇后病居别宫，翊钧每晨随母前往探问，皇后每听到脚步声就高兴起来，并挣扎着坐起，取出经书考问他，翊钧总是高声回答，其母李贵妃也十分高兴，两宫因此而越来越和睦。
■隆庆六年(1572)五月，穆宗驾崩。
六月初一，日食。初十，朱翊钧继承皇帝之位。定第二年为万历元年，颁诏大赦天下。在乡间祭祀建文朝尽节诸臣，有子孙后代的加以恤录。十六日，罢免高拱。二十三日，高仪死去。二十八日，礼部尚书吕调阳兼任文渊阁大学士，参预机要事务。
秋七月初四，漕运初通至密云。初七，考察京师官员。十五日，告诫朝廷诸臣“：近年来，士习惯于浇薄，为官之礼法被削弱，诬蔑老成为无用，骄狂者便佞为有才。于是使朝廷赋予的权力，仅仅成为人臣报复的资本。虽需要加以惩戒，但我都予以宽恕。诸臣应力改前过，共维新政。若仍沉溺于故习，背公徇私，获罪于祖宗，朕不敢赦免。”十七日，尊称陈皇后为仁圣皇太后，李贵妃为慈圣皇太后。
八月初五，祭祀大社大稷。
九月十一日，将庄皇帝安葬于昭陵。
冬十月初六，侍郎王遴、吴百朋、汪道昆分别巡视边防。初八，中止行刑。
十一月十三日，河工完成。
十二月初九，赈济榆林、延绥饥荒。二十二日，以穆宗驾崩不久为由，下诏免设元夕灯火及宫中宴席。
●■●万历元年(1573)春二月初二日，听取经筵讲解。
三月十六日，诏令内外官员举荐将材。
夏四月十六日，潮、惠贼寇被平定。二十一日，天大旱，谕百官修身反省。
五月初五，诏令内外官员慎重进行刑狱之事。
六月二十四日，赈济淮安水灾。
秋七月，黄河在徐州决口。
九月初六，赈济荆州、承天及济南灾害。初九，四川都掌蛮被平定。二十六日，中止行刑。
冬十一月初四，朱翊钧诏令诸司订立章程限制文书上报时间，以防延迟缓慢。
十二月十三日，赈济辽东饥荒。
■万历二年(1574)春正月十八日，朱翊钧在皇极门召见朝觐廉能之官。
二月初九，赈济四川被贼寇侵扰诸县。
三月十八日，赐予孙继皋等人进士及第以及其他不同的出身。
夏四月二十二日，朱翊钧诏谕百官行久任之法。
五月二十八日，穆宗牌位附于太庙。
八月二十八日，赈济山西灾害。二十九日，赈济淮、扬、徐水灾。
冬十月十三日，审理囚犯。二十六日，上朝办公审阅选官制度。
闰十二月二十日，下诏免去第二年元夕灯火。
当年，琉球前来朝贡。
■万历三年(1575)春正月初七，祭献太庙。
二月初九，祭祀大社大稷。十二日，诏令南京职务应精简为宜，官吏不得虚占其位以充数。二十七日，开始命日讲官分别记注起居，纂辑章奏，临朝值班。
五月初三，淮、扬生大水灾，于是他诏令审察二府官吏，罢免了有贪污等老毛病的官员。
六月初一，浙江海潮泛滥。十一日，命抚、按官员，官吏是否贤能一并举荐和弹劾，不得偏重甲科进士。
当年夏天，苏、松、常、镇普大水。
秋八月十一日，礼部侍郎张四维被升为礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。十二日，黄河在高邮、砀山决口。二十三日，朝廷免除淮、扬、凤、徐等生水灾之地的田租。
九月二十三日，京师生地震。
冬十月初三，京师再次地震，命群臣修身反省。初四，中止行刑。
十一月十一日，朱翊钧在京城南郊祭天。
十二月初七，朱翊钧又诏谕免去第二年元夕灯火。
这一年，有安南、琉球、暹罗、土鲁番前来朝贡。
■万历四年(1576)春正月二十三日，辽东巡按御史刘台因谈论张居正被逮捕入狱，削除官籍。
夏五月十六日，祭祀地于北郊。
六月十九日，又遣内臣监督苏、杭织造。
秋七月初六，朱翊钧诏谕吏、户二部清理吏治，并分别免除所欠赋税，折十分之三成收取明年漕运粮。十一日，又派遣御史督修江、浙水利。十三日，兴修泗州祖陵。二十日，完成草湾黄河工程。
八月初二，祭奠先师孔子。当年秋天，黄河在崔镇决口。
冬十月十四日，赈济徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水灾，免除不同数量的田租。
这一年，有安南、琉球、乌斯藏、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密前来朝贡。
■万历五年(1577)春正月二十一日，朱翊钧诏令凤阳、淮安大力号召垦田。
二月初七，赈济广西饥荒。
三月十八日，赐予沈懋学等为进士及第以及其他不同的出身。
夏五月初六，广东罗旁瑶被平定。
秋八月初八，黄河又在崔镇决口。闰八月初一，日食，因阴云而未见。
九月初二，重新起用张居正。
冬十月二十二日，因谈论张居正因父丧事而穿素服办公、不参加吉礼一事，编修吴中行、检讨赵三贤、员外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，并分别被罢免和废黜，甚至遭到贬谪和戍边。二十四日，进士邹元标被杖击，进而将其戍边。
十一月初一，朝廷以星位变化考察百官。
当年，有琉球前来朝贡。
■万历六年(1578)春正月，朝廷征集民工修筑黄河缺口堤岸。
二月十七日，免除兖、青、登、莱所辖地区的拖欠赋税。十九日，册立王氏为皇后。
三月初三，礼部尚书马自强兼任文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼任东阁大学士，参与机要事务。十三日，张居正因安葬父亲而还乡。