他是汉人，很早之前便随父辈来南洋经商，两辈人的苦心经营积攒了大笔的财富。
清将赵国祚来到巴达维亚，和荷兰人达成了合作，这使当地的汉人十分惊恐。他组织人员发起了对赵国祚的刺杀，未能成功，他本人也被荷兰人囚禁。
在缴纳了不少银子后，林妙飞被放了出来。也因为那次刺杀，荷兰人对当地汉人的压迫愈加严重。
不同于陈华荣、雷鸣木等人携带大量金银逃出巴达维亚，林妙飞却散尽家财招募士卒反抗荷兰人。
在被击败后，他更是率部逃进丛林，继续抗争。
当戚国勇来到南洋之后，听闻了他的所为，备受触动，便派人去寻他。问了他的意愿，将他手下人归纳成一营，由其统率。
林妙飞熟悉南洋的情况，对戚国勇助益良多。其中最大的贡献就是林妙飞牵线，说服阿贡苏丹，达成了戚国勇与马打蓝苏丹国的合作。
但后来阿贡病逝，诸子相争，而最终得荷兰人支持的次子获取了苏丹之位。
限于局势变恶，戚国勇下令让林妙飞率部先撤回南鲁县。限于他之前的功绩，戚国勇回信山东，提拔他为军中守备。
韩括率船队来南洋后，因为林妙飞熟悉南洋的情况而到他军中任职。韩括看重其才，这次更是破格重用，任命他为另一艘船队的主将，率领八艘海盗船出征。?
海盗船船体狭长，目标小，行动快捷。最主要的是，它吃水浅，不需要现成的港口，可从任何地方登岸。
他们一路沿着文莱东海岸，先后在苏拉威西、东努沙登加拉、巴厘岛、东爪哇岛等地登岸，专门袭击荷兰人在当地设置的据点。
荷兰人少，分散的据点内少有兵卒，而林妙飞他们每次都刻意避开荷兰人多的地方。因而他们屡屡得手，而基本上毫无损失。
每到一地，他们便杀光当地的所有荷兰人。即使弃械投降者也同样被斩杀，他们不要任何俘虏。
荷兰人在当地的庄园尽数被摧毁，他们主要的贸易作物胡椒被连根拔起，树枝连同荷兰人储存在当地的货物也全部被烧掉。
而与荷兰人交好的马打蓝苏丹国各地也在攻击之列。
狼烟在南洋各地燃起，一封封求援信像雪花般飞向当地的荷兰驻军。
但林妙飞所率的船队都为海盗船，来去自如，船速极快，早在荷兰援兵到达之前就消失的无影无踪了。
而不久后又出现，重新袭击荷兰人的据点，而且距离巴达维亚越来越近。
两个船队，一个在东，一个在西，像两只大钳子一样夹击向巴达维亚。而出现在中爪哇岛的船队的威胁更大。
除了以上外，在南鲁县的戚国勇发布了一条悬赏，一个荷兰人的人头值三十两银子。
旬月之内，在马尼拉便有二十多个荷兰人被杀，头颅被割去。而其他各处都有当地土著袭击荷兰人据点的事情发生，甚至还有荷兰人的仆从兵杀害荷兰士卒的事情发生。
他向巴达维亚上报了此事，并提出希望巴达维亚总督准许他征讨南鲁县，将华夏军彻底驱逐出南洋。
与此同时，台湾那边也传来消息，是请求援兵的。
一切的问题都摆在了巴达维亚总督面前。
而他最终的决定是增派一部分兵力到马六甲，先稳住贸易通道。同时增派援兵到马尼拉，让揆一用最短的时间攻下南鲁县。
在巴达维亚，他贩卖了大量火器给马打蓝苏丹国，增强其军力，将之引为自己的盟友。
对于台湾，他的命令是让其紧守台湾。许诺在解决南洋之事后就会立即出兵增援台湾，但实际上并没有派出一兵一卒的援兵。
福建，泉州。
郑森一路风尘仆仆，疾步走进大堂。看到郑芝龙，他急声问道：“父亲，是您准许周显在福建招募水卒的吗？”
大堂之内，聚集了郑芝龙手下众多文武，听言全部看向郑森。
郑芝龙不满的皱了皱眉头，厉声斥道：“满脸灰尘，衣衫不整，大呼小叫，牧斋公就是这样教的你礼仪吗？”
郑森脸色一变，看所有人都看向自己，顿时也感觉自己有点过了。他尴尬的站在那里，有点不知所措。
郑彩突然淡笑着道：“义父，森弟从南京一路赶回来，第一时间便来见您了，足见其心情之迫切。对您，森弟一直都是敬重的，只是一时口不择言而已。况且在南京待的久了，难免沾染一些皇家之气，说话无礼点又有什么关系。这都不是什么大事，毕竟他现在可是大明皇帝的禁军统领，前途无量啊！”
郑彩明在替郑森说话，实际上却是在挑事，说郑森不和他们是一条心。
果然，郑芝龙听完郑彩的话，心中怒气更胜，冷声斥道：“出去。”
郑森咬着牙，怒视郑彩，却不敢言语。最后向郑芝龙拱了拱手，缓步退出大堂。
冷风吹动，郑森孤身站在凉亭下，心中感到十分后悔。他性情太急，完全没有注意到当时的情景，也无怪乎能惹怒郑芝龙。他心中想着再见到郑芝龙该如何说，怎样才能说服他禁废此事。
就在郑森思量之时，只听身后一声“轻咳”。他扭过头，正看到黄道周，他连忙上前，抱拳躬身一拜，“学生拜见石斋先生。”
黄道周挥了挥衣袖，“起身吧！你的老师钱谦益还好吗？”
郑森回道：“老师他身体尚好，不久前还被陛下提升为礼部尚书。”
黄道周轻轻的点了点头，面露鄙视道：“这老鬼最爱当官，先帝在时他没有机会，这下圣上可遂了他的意，这下他总该满意了吧！你说，为此他开了几天的宴，又欢饮了几天。”
郑森面露尴尬，不知道该如何回话。“石斋先生，牧斋公乃家师，您在我面前这样说他，终归不太合适吧！您再这样，请恕学生告辞。”