根據飛船啓動的航行記錄儀記載，星靈們的主星艾爾被星靈們的敵人——異蟲發現，並且異蟲以絕對優勢兵力攻佔了行星艾爾，這導致整個星靈文明受到重大打擊。在這種情況下，爲了星靈文明的存續，當時的星靈執政官們啓動了星靈的三艘末日方舟，載着艾爾上倖存的星靈駛向茫茫宇宙。
因爲啓動末日方舟時異蟲大軍已經進入艾爾，更有異蟲主宰直擊行星表面，摧毀生太系統的毀滅式攻擊。這導致末日方舟在升空之時就進入大量的異蟲，它們涌入末日方舟內，不斷摧毀方舟內部設施，企圖從內部毀滅方舟。
當時登上方舟的星靈們爲了保護方舟在艦內與異蟲們展開生死搏殺，並最終保護了方舟，沒有讓星靈黃金時代的傑作毀於異蟲之手。然而方舟建造的時代過於久遠，即使星靈們將方舟發射升空，他們也沒能在第一時間啓動方舟內的所有設施，他們需要熟悉方舟的操作。
這就導致星靈們沒能夠啓動方舟內部防禦措施就不得不去搏殺異蟲，必須以血肉之軀將異蟲消滅。
在奧塔利斯之傲大部分的艙室內，河童們都看到了死在方舟上的異蟲以及死於異蟲之手的星靈，甚至在某些隱祕艙室內，河童們還正面遭遇了存活下來的一兩條異蟲。
利用自身的種族天賦險之又險地保護住自己，河童們不得不直接殺死異蟲。
奧塔利斯之傲的記錄儀顯示，三艘星靈方舟都已經發射升空，而且朝着不同的方向飛行，只不過每一艘方舟上都有數量不少的異蟲。在星靈們將少量異蟲隔離，拼至最後一人殺死所有可能破壞方舟的異蟲，而最後一位星靈也在啓動奧塔利斯之傲的所有設施之前被身後還沒有死透的異蟲殺死，這讓奧塔利斯之傲在羣星中航行了很長時間。
沒有人操控的末日方舟很幸運的沒有毀於意外事故，渡過許多時光之中，這艘方舟只能靜靜地在宇宙中航行，根本無法接收到其他星靈的通信，也不知道另外兩艘末日方舟怎麼樣了。
河童們將主控臺的星靈屍體與異蟲屍體全部清理開，用特殊手段啓動了這艘星靈方舟，讓它可以識別河童爲新的操控者。這是來自守矢的奇蹟之力，可以讓任何事情發生的奇蹟之力。
一些河童來到最下層的引擎室中，看着佔據了整個引擎室大部空間的引擎核心。
“哇！！人工恆星啊！我沒看錯吧！？”
“沒看錯！沒看錯！這真的是人工恆星啊！”
“他們星靈是怎麼做到的？這可是非常非常……”
“不知道啊！不過真想把這顆人工恆星拆下來研究研究，這要是能夠複製出來的話，我們不就可以建造第三代的超級發電站了！”
“是啊！一定要把這項技術完整複製下來！”
啪啪！
一位年長些的河童拍拍雙手，讓所有河童安靜下來。
“好了好了，都別吵了。現在我們需要把這它啓動起來，然後將這艘末日方舟開出幻想鄉本域。八雲集團的人都給我們準備好空間通道了。”
隨着年長河童的話音落下，河童們各自散開，走向自己的崗位，通過手動操作來控制這艘星靈方舟。異蟲們的攻擊並不是完全沒有效果，至少很多自動控制設備都處於失效狀態，所以這艘星靈方舟沒有在宇宙航行中毀掉可真的是很幸運。
幻想鄉本域的星空中，巨大星靈方舟的面前出現一道泛着紫金色
在空間通道的另一側，一個專門用來安置星靈的宇宙型世界已經準備好了。
樂園幻想鄉體系內的某個世界中，日本某座中學後山。
三年E班的諸位學生們將他們的老師壓倒在地面，每個人按住老師的一根觸手讓老師動彈不得。一位藍色頭髮的學生坐在老師的胸口，雙手握着一把好似玩具的匕首對準老師的心臟，不斷地擅抖着。
三年E班的班主任老師並不是一個人類，或者說曾經是一個人類，現在他是一個擁有着數支觸手的類似章魚的奇特生物。全身呈現黃色，圓圓的腦袋上有着一張永遠微笑着的大嘴和兩個小小的白色眼睛。
擁有着最高20馬赫速度的最強生物——殺老師。
此刻的殺老師疲憊地躺在地面，任由自己的學生壓制住自己。從一開始，殺老師和他的學生們就是暗殺目標與殺手之間的關係，這一點殺老師從來都沒有忽視過。
在現在這種天上有對自己專用的鐳射以及激光防禦網的情況下，與其死於這些聯合國準備的機械，殺老師覺得還是由自己的學生親手完成他們最初也是最後的任務爲好。
點完所有學生的姓名，殺老師用最後的觸手安撫住執行刺殺任務的渚的情緒，讓渚平靜下來，不用帶着弒師的罪惡感。
匕首落下，直刺殺死師的心臟。
【恭喜畢業……最後還是沒還得及說出口呀……】
身體逐漸分解消失，感知中的一切都離自己遠去，只留下一片黑暗，一片什麼也感受不到的虛空。不僅僅是周圍的環境，就連自己的身體也感受不到，好似自己只剩下一團思維一樣。
【沒想到，冥界還真的存在呀。不過我這種人到了冥界會得到什麼樣的審判呢？……恐怖會下地獄吧，畢竟我可是殺手呀，最強的殺手‘死神’。死在我手上的人有那麼多呢……】
許久之後，殺老師突然感覺到了身體的存在，依然是那個擁有着觸手的章魚身體，那個最強生物的身體。與身體的感覺同時回來的還有空氣的觸感，不斷增強的風壓，以及強大的重力。
猛然睜開眼睛，出現在殺老師面前的是蔚藍色的天空，天空中飄浮着朵朵白雲，和地球上看到的天空幾乎沒有區別。
“這是怎麼回事！？……不對不對，當務之急應該是趕快飛起來……啊累？”
身體很疲憊，和臨終之前的狀態並沒有什麼區別，甚至可能更遭一些，就好像是在那種極度疲憊的狀態下進行脫皮新生一樣。
“……果然還是這種結局呀……”
安靜了有一秒鐘，殺老師瘋狂地扭動起自己的身體。“我纔不接受這種結局啊！雖然不知道是怎麼回事，不知道爲什麼會突然出現在天空中，但是既然活了下來那就不能就這麼死去！老師我還有很多事情沒有做呀！！動起來動起來呀！我的身體！！”
然而殺老師做的一切並沒有任何用，它還是以一往無前的速度墜落，沒有絲毫減速的效果。
最終，殺老師落在一片森林當中。
“還好最後成功讓速度減到安全限度內了，要不然的話可真就危險了……”
癱坐在壓倒的樹木上，殺老師動彈不得，本就疲憊的身體再加上剛剛應急措施，現在是完全沒有任何體力行動了。
“不過，這到底是怎麼一回事呢？”