大理寺並上述部院合稱三法司，光廟簡拔的大理寺卿鄒元標因尚未到任而缺席。其中刑部掌天下刑名及徒隸勾覆關禁之政令；都察院職專糾劾百司、辯明冤枉、提督各道及一應不公不法等事；大理寺職專主審錄天下刑名。簡言之，刑部管審判，大理寺管覈覆，都察院爲監督。
黃克纘從袖裏掏出奏疏，轉交後躬身說道，“今年重囚已三覆本，是否行刑，請皇上定奪。”
明制，死刑案件必經過三覆奏後才得執行，每次覆奏都須重新審覈，昭示着君主的敬天保民、人命至重的慎刑思想。君主勾決時爲體現寬仁之心、穩固統治，也多對奏覆批‘可疑、可矜、應緩’等以緩行。
朱由校不理會王承恩，接過已經再三確認過的重囚名錄，見有罪名不等的五六十人，便慎重起來。他知道只要自己一下筆，便有人頭落地，最後權衡再三，還是象徵性的勾選了十餘人，囑咐將其他人繼續收監。
黃克纘對勾選何人並不關心，這些都是審問過多次重犯，殺誰都不冤枉，他還有更重要的事，再次遞上一封奏疏，正色後說道，“皇上，內官盜寶一案中涉案者十三人，五人無罪，所餘八人中，田詔、劉遜兩人已於獄中身故。故刑部擬內犯王永福、姚進忠按律斬，待初六處決；鄭穩山、劉尚禮、盧國相、姜昇等四人相俱免徒充發南京淨軍，趙進忠、李進忠各運炭贖罪；另李進忠、劉遜名下房地俱變價濟邊。”
坐在御座上的朱由校將奏摺翻了翻，扔到御案上，不想卻因用力過度掉到了地上。他看着身穿大紅公服的黃克纘，“卿等深知，明詔中朕未提李進忠等人氣毆聖母之事，實不欲世人妄議皇考家法不嚴。李進忠運炭豈可贖其罪？盧國相、趙進忠不涉氣毆聖母事，可斥其戍邊，餘者皆斬首棄市，家產變價濟邊，故此疏發還重擬。”
黃克纘上前拾起奏疏，並不死心，勸諫道，“父子之間，人所難言，臣今深言之：選侍待聖母不恭，於皇上失禮，刑部所擬之罪已足以盡其失也，若重其下人之罪，先帝在天之靈必有愀然不樂者矣，乞皇上深思之。”
張問達領都察院，想起浙江道御史左光斗的話，也說道，“選侍移宮之後，當存以大體，捐其小過，若復株連蔓引，使宮禁不安亦非朝臣疏請肅清宮禁之初衷也。”
朱由校因之前賈繼春的妄議宮闈對風憲官的言行頗爲不滿，對張問達道，“選侍乃皇考遺愛，朕心雖含冤抱痛，但對其奉養不缺，尊敬有加，外廷誰人不知？且李進忠等盜傳代庫藏明確，自幹憲典，豈謂株連？故務將衆犯宜重處正以國法，部院勿得推諉。”
張問達和黃克纘瞧瞧對視一眼，心裏各有所思。若設身處地，他們有一點是認同的，既要維護父親聲譽、恪守孝道，又要報母仇，重懲從犯是唯一的方法。二人深知若再苦勸，自己必將被停職奪俸，雖自知不貪戀權位，但爲幾個內官卻不值得，見聖意難違，也就遵旨領命。
原來，湖廣漵瀘（漵浦、瀘溪）參將張名世在平定萬曆三十六年的武定苗人叛亂時被參緩師、縱賊、殺良冒功三罪，但因爭議不斷，一直未被處決。在光廟登極後從其所請，援遼以戴罪立功。
朱由校在建奴爲亂與明國法之間很難取捨，起身問道，“愛卿以爲當如何？”
“今援遼有廢將、罪將、死罪將，必分三等以斬獲多寡爲復官難易，一年內各以20、30、100人爲準，若全無斬獲者差官拏回仍舊監禁。庶幾，則人心知警、敵愾可振、國恥可雪。”
朱由校起初覺得標準過高，待知道這些將領皆各有家丁後，就對此沒有異議了。
待二人退下後，朱由校對張名世能造火藥一事念念不忘，對王承恩問道，“這都月餘了，茅元儀、宋應星等到京沒有？”
“爺，奴臣正想啓奏此事，茅元儀到京了，正跪在午門外聽宣。”
“快傳。”
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自王國臣外放南京守備太監之後，劉若愚便接兵仗局掌印，繼續改進火器，因技術障礙，改進遲滯不前。朱由校雖多次斥責，但也知此非其專長，就寄希望於茅元儀和宋應星來改進工藝。
當下火器有兩大難題，其一，火藥因配方老舊而威力不足；其二，冶鐵因爐溫過低導致炸膛頻繁出現。
火藥以用途分有火信藥、銃用常藥、爆火藥、起火藥、炮火藥、鉛銃火藥等，其製法各異。常藥用硝、硫磺、秸稈灰按五比一比一混和碾壓，再按三比一配燒酒攪拌製成綠豆粒大小，其爆炸狀如同後世鞭炮，濃煙瀰漫。
火炮以威遠炮爲例，時下開始使用焦炭鍊鐵，方法爲用生鐵五至七斤反覆煉至一斤；將鐵分作八塊打如瓦樣，次將瓦四塊用胎竿打成一筒，八塊共成二筒湊齊用，鐵釘數個將二筒接作一處，再用前鐵三十斤，分作兩塊亦打如瓦，圍於炮腹中。之所以用鍛打而不是澆鑄，就是因爲所煉成的鐵質量太次，用鍛打彌補不足。
火銃、火炮因爲前裝及彈藥分離導致氣密性不足、炮身因爲拼接及鐵質差又不能過量裝藥，故而射程並不理想，火藥定裝後裝也就無從談起。所以要改進火器，必須先改進整個工業基礎。
……
約一盞茶功夫，王承恩帶着一個風度翩翩年輕人匆匆而來，其身後有內侍喫力的擡着一口黑漆大箱。
“生員茅元儀叩見皇上，吾皇萬歲萬萬歲。”