以獨孤氏爲首的獨孤派的私人部曲集結於上庸縣，除了獨孤氏的部曲以外，還有北周八柱國後裔於氏、趙氏、侯莫陳氏，北周二十四將後裔達奚氏、賀蘭氏、田氏、常氏、怡氏、辛氏、梁氏、王氏、韋氏、韓氏、赫連氏、若干氏林林總總計有三十二家，絕大多數都是八柱國二十四將後裔。可見，根深蒂固的老牌關隴貴族始終是以獨孤氏爲首，並無幾家買新興貴族竇氏的賬。
這既是獨孤整用一生時間維護所致，也是老牌關隴貴族對新興關隴勢力的不屑，更關鍵是大隋王朝蒸蒸日上，而李唐王朝岌岌可危的處境，要是隋唐兩朝易地而處，獨孤氏絕不可能拉到這麼多家族跟他們謀反。
值得李唐王朝慶幸的是參與叛亂的世家門閥數目雖多，但是很多家族的私人部曲要麼還在益州，要麼在路上，所以集結於上庸的軍隊只有三萬餘衆，這是各家部曲心憂陷落於襄陽的家主，提前起事所致，要是再等上幾天，恐怕就不止是三萬人了。
這三萬餘名裝備精良、訓練有素的軍隊以獨孤彥云爲帥、獨孤卿雲爲副帥，於仲文之子於欽明爲左行軍司馬、賀蘭師仁爲右行軍司馬。
獨孤彥雲不負獨孤澄之所望，他接管全軍的第一步不是立即出兵，而是就地整編。
爲了避免戰事不順之時出現哪家出力多、哪家出力少、哪家犧牲多、哪家犧牲少等等爭論，獨孤彥雲索性將這些問題都擺到檯面上說，和各家代表開誠佈公的進行了商議、探討。並提出了將全軍打亂、打散，重新組建什、隊、旅、團等作戰體系的概念，目的是將三萬餘名將士凝成一支比較正規的軍隊，而不是三十多個小團體。如此一來，大家你中有我、我中有你，打仗的時候以軍隊的編制出擊，就不會存在誰家出力多、誰家犧牲多、誰家打硬仗之類的糾紛了。
各家代表都是被家主提拔上來的出類拔萃之士，見識和能力遠超常人，心知獨孤彥雲的顧慮很有必要，毫不猶豫就採納了打散重編的建議，扣除各人的親兵之後，得兵三萬，然後效仿隋朝軍制，成立六師，推出六名虎賁將軍、十二名左右虎牙將軍，六師之下設有三十衛，由各家主將推薦三十名鷹揚郎將、六十名左右郎將，校尉也由他們推薦上來，至於正副旅帥、正副隊正、什長這種底層武官，由士兵們以武爭奪。
經過兩天時間的緊張整編、選拔，一支人數三萬的正規軍正式成立，他們打出了清君側、除奸佞、正朝綱的旗號，浩浩蕩蕩的殺向襄陽。
就在這支軍隊集結於上庸之際，縣令見勢不妙，第一時間派人往前襄陽，向李淵緊急彙報。
異常震驚的李淵緊急召集重臣在武德殿商議對策。
武德殿內，百多名文武重臣聚集一堂，將信函傳閱一遍過後，空蕩蕩的大殿之內鴉雀無聲、針落可聞。
李淵此時已經從震驚震怒之中回過了神來，他語氣凝重的說道：“朕沒料到自己最倚重、最信賴一羣人，竟然背叛了朕、背叛了犧牲無數關中兒郎才建立起來的大唐王朝。朕明明知道他們有不軌之心，明明抓住了有利的證據，可也只是禁止他們行動而已，若是有心傷害他們，哪會等到現在還不下手可他們呢”
李淵憤慨之餘，又感到噁心之極，當初他晉陽宮打起了清君側旗號，結果卻被支持他反隋的獨孤氏玩了一出清君側，這算什麼
報應嗎
他深吸了一口氣，森然道：“對於這些背信棄義、忘恩負義之徒，朕不能容忍，更不想容忍，不殺不足以震懾宵小、不殺不足以平民憤。朕將諸位卿家召集至此，不是要你們獻出妥協方案，而是希望大家羣策羣力，制定出一個穩妥的平叛之策。”
李淵的意思十分明顯，那就是趁隋軍到來之前，將這些參與叛亂的關隴貴族來他個一勞永逸。
李淵話音剛落，急於挽回忠臣形象的裴寂便站了起來，深深的行了一禮，十分恭敬的說道：“聖上，能否恩准微臣先說幾句”
李淵深深的注視了裴寂一眼，欣然點頭道，“裴相國主動言，朕深感欣慰，請說吧”
裴寂大大的鬆了口氣，恭恭敬敬的說道：“這些叛亂的關隴貴族私家部曲，家主都在朝廷之手，只需將他們的家主們押到陣前，讓各位家主勒令本傢俬軍棄械投降即可。臣以爲各位家主現在雖然嘴硬，但謀反畢竟關係到他們一家老小的性命，爲了保全合族性命，有些人想必答應去城上勸說。只要有人開了頭，聖上可以適當的給予一點承諾，那麼其他人自會效仿，至於一些頑固之徒，則可斬殺城上，以懾叛軍和各位家家主之膽魄。”
“裴相國恩威並重之法深得朕心。”李淵點了點頭，裴寂和他想法一致，但他還想多聽一些意見。
見到大家皆在思索，李淵便將目光轉向李世民：“晉王對這三萬叛軍，可有平亂方案”
李淵之所以問李世民平叛之策，是因爲李世民身爲唐朝軍方第一人，荊襄軍隊也多由他掌控，應該比誰都清楚當前局勢。
李世民說道：“父皇，正如裴相國之前所言，我們可以用這三萬叛軍的家主迫降，這支軍隊不足爲慮。他們前來襄陽，兒臣只會感到慶幸。”
“皇兒言之有理。”李淵欣慰地點點頭，不過他見到李世民憂愁不減，心知他必有所慮之處。
只聽李世民憂心忡忡的繼續說道：“據兒臣所知，獨孤派的軍隊在荊襄只是一部分。另外一部分還在益州，他們人人裝備精良、訓練有素，論起個人戰力，朝廷精銳之師都要遜色幾分，要是他們在益州造反，郡兵根本扛不住。兒臣現在最大擔心就是益州這部分人東進，將巴東郡據爲己有。”
“巴東郡真有這麼重要嗎重要的原因何在”李淵臉色凝重的問道。
“啓稟父皇。”李世民皺眉道：“從古至今，三峽道上夷陵、秭歸、巴東、巫山、人復、雲安、南浦七縣都必須要有重軍駐防，任何一縣被敵軍佔領，就能掐斷益州和荊襄的聯絡。夷陵縣有軍隊鎮守，倒是不必擔心，但是另外六個歸巴東郡管轄的縣城，屬於我大唐的腹心之地，沒有軍隊坐鎮。兒臣在夷陵坐鎮之時，也曾乘船勘察過秭歸縣地形。秭歸縣崖路狹窄，異常雄險，一次頂多只能投入兩千兵力攻城，一旦秭歸縣失守，就算我們在百萬雄師也拿它沒有辦法，而城中守軍，只要幾百人即可輕鬆守住一年半年。”