爭得天翻地覆，該辦的事還是辦了，萬曆十四年三月，鄭貴妃正式冊封。這件事情的成功解決給萬曆留下了這樣一個印象：自己想辦的事情，是能夠辦成的。
這是一個悲劇性的判斷。
然而此後，在冊立太子的問題上，萬曆確實消停了——整整消停了四年多，當然，不鬧事，不代表不捱罵。事實上，在這四年裏，言官們非常盡責，他們找到了新的突破口——皇帝不上朝，並以此爲契機，在雒於仁等模範先鋒的帶領下，繼續奮勇前進。
但總體而言，小事不斷，大事沒有，安定團結的局面依舊。直到這歷史性的一天：萬曆十八年（1590）正月初一。解決雒於仁事件後，申時行再次揭開了蓋子：“臣等更有一事奏請。”
“皇長子今年已經九歲，朝廷內外都認爲應冊立爲太子，希望陛下早日決定。”在萬曆看來，這件事比雒於仁的酒色財氣疏更頭疼，於是他接過了申時行剛剛用過的鐵鍬，接着和稀泥：
“這個我自然知道。我沒有嫡子（即皇后的兒子），長幼有序，其實鄭貴妃也多次讓我冊立長子，但現在長子年紀還小，身體也弱，等他身體強壯些後，我才放心啊。”
這段話說得很有水平，按照語文學來分析，大致有三層意思。第一層先說自己沒有嫡子，是說我只能立長子，然後又講長幼有序，是說我不會插隊，但說來說去，就是不說要立誰。接着又把鄭貴妃扯出來，搞此地無銀三百兩。最後語氣一轉，得出結論：雖然我只能立長子、不會插隊，老婆也沒有干涉此事，但考慮到兒子太小，身體太差，暫時還是別立了吧。這招糊弄別人可能還行，對付申時行就有點兒滑稽了，和了幾十年稀泥，哪排得上你小子？
於是申先生將計就計，說了這樣一句話：“皇長子已經九歲，應該出閣讀書了，請陛下早日決定此事。”
這似乎是一件完全不相干的事情，但事實絕非如此，因爲在明代，皇子出閣讀書，就等於承認其爲太子。申時行的用意非常明顯：既然你不願意封他爲太子，那讓他出去讀書總可以吧，形式不重要，內容纔是關鍵。
萬曆倒也不笨，他也不說不讀書，只是強調人如果天資聰明，不讀書也行。申時行馬上反駁，說即使人再聰明，如果沒有人教導，也是不能成才的。
就這樣，兩位仁兄從繼承人問題到教育問題，你來我往，互不相讓，鬧到最後，萬曆煩了：
“我都知道了，先生你回去吧！”話說到這個份兒上，也只好回去了，申時行離開了宮殿，向自己家走去。然而，當他剛剛踏出宮門的時候，卻聽到了身後急促的腳步聲。申時行轉身，看見了一個太監，他帶來了皇帝的諭令：“先不要走，我已經叫皇長子來了，先生你見一見吧。”
十幾年後，當申時行在家撰寫回憶錄的時候，曾無數次提及這個不可思議的場景以及此後那奇特的一幕，終其一生，他也未能猜透萬曆的企圖。
申時行不敢怠慢，即刻回到了宮中，在那裏，他看見了萬曆和他的兩個兒子，皇長子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但給他留下最深刻印象的，卻並非這兩個皇子，而是此時萬曆的表情。沒有憤怒，沒有狡黠，只有安詳與平和。
然後他又指着皇三子，說道：“皇三子已經五歲了。”接下來的，是一片沉默。
萬曆平靜地看着申時行，一言不發，此時的他，不是一個酒色財氣的昏庸之輩，不是一個暴跳如雷的使氣之徒。
他是一個父親，一個看着子女不斷成長，無比欣慰的父親。申時行知道機會來了，於是他打破了沉默：“皇長子年紀已經大了，應該出閣讀書。”萬曆的心意似乎仍未改變：
“我已經指派內侍教他讀書。”事到如今，只好豁出去了：
“皇上您在東宮的時候，才六歲，就已經讀書了。皇長子此刻讀書，已經晚了！”
萬曆的回答並不憤怒，卻讓人哭笑不得：“我五歲就已能讀書！”
申時行知道，在他的一生中，可能再也找不到一個更好的機會，去勸服萬曆，於是他做出了一個驚人的舉動。
他上前幾步，未經許可，便徑自走到了皇長子的面前，端詳片刻，對萬曆由衷地說道：
“皇長子儀表非凡，必成大器，這是皇上的福分啊，希望陛下能夠早定大計，朝廷幸甚！國家幸甚！”
萬曆十八年正月初一日，在憤怒、溝通、爭執後，萬曆終於第一次露出了笑容。
萬曆微笑地點點頭，對申時行說道：“這個我自然知道。其實鄭貴妃也勸過我早立長子，以免外人猜疑，我沒有嫡子，冊立長子是遲早的事情啊。”這句和緩的話，讓申時行感到了溫暖，兒子出來了，好話也說了，雖然也講幾句什麼鄭貴妃支持，沒有嫡子之類的屁話，但終究是表了態。形勢大好，然而接下來，申時行卻一言不發，行禮之後便退出了大殿。這正是他的絕頂聰明之處，點到即止，見好就收，今天先定調，後面再來。但他無論如何也想不到，這次和諧的對話，不但史無前例，而且後無來者。
“爭國本”事件的嚴重性，將遠遠超出他的預料，因爲決定此事最終走向的，既不是萬曆，也不會是他。
談話結束後，申時行回到了家中，開始滿懷希望地等待萬曆的聖諭，安排皇長
子出閣讀書。
可是一天天過去了，希望變成了失望，到了月底，他坐不住了，隨即上疏，詢問皇長子出閣讀書的日期。這意思是說，當初咱倆談好的事，你得守信用，給個準信。
但是萬曆似乎突然失憶，啥反應都沒有，申時行等了幾天，一句話都沒有等到。既然如此，那就另出新招。幾天後，內閣大學士王錫爵上疏：“陛下，其實我們不求您立刻冊立太子，只是現在皇長子九歲，皇三子已五歲，應該出閣讀書。”不說立太子，只說要讀書，而且還把皇三子一起拉上，由此而見，王錫爵也是個老狐狸。
萬曆那邊卻似乎是人死絕了，一點兒消息也沒有，王錫爵等了兩個月，石沉大海。
到了四月，包括申時行在內，大家都忍無可忍了，內閣四名大學士聯名上疏，要求冊立太子。
嚐到甜頭的萬曆故伎重演：無論你們說什麼，我都不理，我是皇帝，你們能把我怎麼樣？