王錫爵徹底消停了，萬曆三十六年（1608），葉向高正式登上寶座，成爲朝廷首輔。此後七年之中，他是內閣第一人，也是唯一的人，史稱“獨相”。
時局似乎毫無變化，萬曆還是不上朝，內閣還是累得半死，大臣還是罵個不停，但事實真相併非如此。
在表象之下，政治勢力出現了微妙的變化，新的已經來了，舊的賴着不走，爲了各自的利益，雙方一直在苦苦地尋覓，尋覓一個致對方於死地的機會。
終於，他們找到了那個最好、最合適的機會——太子。
太子最近過得還不錯，自打妖書案後，他很是清淨了幾年，確切地說，是九年。萬曆四十一年（1613），一個人寫的一封報告，再次把太子拖下了水。這個人叫王曰乾，時任錦衣衛百戶，通俗點兒說，是個特務。
這位特務向皇帝上疏，說他發現了一件非常離奇的事情：有三個人集會，剪了三個紙人，上面分別寫着皇帝、皇太后、皇太子的名字，然後在上面釘了七七四十九個鐵釘（真是不容易），釘了幾天後，放火燒掉。
這是個複雜的過程，但用意很簡單——詛咒，畢竟把釘子打在紙人上，你要說是祈福，似乎也不太靠譜。這也就罷了，更麻煩的是，這位特務還同時報告，說這事是一個太監指使的，偏偏這個太監，又是鄭貴妃的太監。於是事情鬧大了，奏疏送到皇帝那裏，萬曆把桌子都給掀了，深更半夜睡不着覺，四下亂轉，急得不行。太子知道後，也是心急火燎，唯恐事情鬧大。鄭貴妃更是哭天喊地，說這事不是自己乾的。
大家都急得團團轉，內閣的葉向高卻悄無聲息。萬曆氣完了，也想起這個人了，當即大罵：
“出了這麼大的事，這人怎麼不說話？！（此變大事，宰相何無言）”
此時，身邊的太監遞給他一件東西，很快萬曆就說了第二句話：“這下沒事了。”這件東西，就是葉向高的奏疏，事情剛出，就送上來了。奏疏的內容大致是這樣的：
陛下，此事的原告（指王曰乾）和被告（指詛咒者）我都知道，全都是無賴混混兒，之前也曾鬧過事，還被司法部門（刑部）處理過。這件事情和以往的妖書案很相似，但妖書案是匿名，無人可查，現在原告、被告都在，一審就知道，皇上你不要聲張就行了。
這段話再次證明了一點：葉向高是個絕頂聰明的人。
葉向高的表面意思，是說這件事情，是非曲直且不論，但不宜鬧大，只要你不說，我不說，把這件事情壓下去，一審就行。
這是一個不符合常理的抉擇，因爲葉向高是東林黨的人，而東林黨是支持太子的，現在太子被人詛咒，應該一查到底，怎能就此打住呢？
事實上，葉向高是對的。
第二天，葉向高將王曰乾送交三法司審訊。這是個讓很多人疑惑的決定，這人一審，事情不就鬧大了嗎？如果這樣想，那是相當單純，因爲就在葉向高吩咐審訊的後一天，王曰乾同志就因不明原因，不明不白地死在了監牢裏，死因待查。什麼叫黑？這就叫黑。
而只要分析當時的局勢，揭開幾個疑點，你就會發現葉向高的真實動機。首先，最大的疑問是：這件事情是不是鄭貴妃乾的，答案：無所謂。
但問題在於，她乾沒幹並不重要，反正鐵釘紮在假人上，也扎不死人，真正重要的是，這件事不能查，也不能有真相。
追查此事，似乎是一個太子向鄭貴妃復仇的機會，但事實上，卻是不折不扣的陷阱。
原因很簡單，此時朱常洛已經是太子，只要沒有什麼大事，到時自然接班，而鄭貴妃一哭二鬧三上吊之類的招數，鬧了十幾年，早沒用了。
但如若將此事搞大，再驚動皇帝，無論結果如何，對太子只有壞處，沒有好處。因爲此時太子要做的，只有一件事情——等待。
事實證明，葉向高的判斷十分正確，種種跡象表明，告狀的王曰乾和詛咒的那幫人關係緊密，此事很可能是一個精心策劃的陰謀，某些人（不一定是鄭貴妃）爲了某些目的，想把水攪渾，再渾水摸魚。
久經考驗的葉向高同志識破了圈套，危機成功度過。但太子殿下一生中最殘酷的考驗即將到來，在兩年之後。
萬曆四十三年（1615）五月初四日黃昏。太子朱常洛正在慈慶宮中休息。萬曆二十九年（1601）他被封爲太子，住到了這裏，但他爹人品差，基礎設施一應俱缺，要啥都不給，連身邊的太監都是人家淘汰的。皇帝不待見，大臣自然也不買賬，平時誰都不上門，十分冷清。
但這一天，一個特別的人已經走到他的門前，並將以一種特別的方式問候他。
他手持一根木棍，進入了慈慶宮。此時，他與太子的距離，只有兩道門。第一道門無人看守，他邁了過去。在第二道門，他遇到了阻礙。
一般說來，重要國家機關的門口，都有荷槍實彈的士兵站崗，就算差一點兒的，也有幾個保安，實在是打死都沒人問的，多少還有個老大爺。
明代也是如此，錦衣衛、東廠之類的自不必說，兵部吏部門前都有士兵看守，然而太子殿下的門口，沒有士兵，也沒有保安，甚至連老大爺都沒有。
只有兩個老太監。
於是，他揮舞木棍，打了過去。衆所周知，太監的體能比平常人要差點兒（練過寶典除外），更何況是老太監。很快，一個老太監被打傷。他越過了第二道門，向着目標前進。目標，就在前方的不遠處。
然而，太監雖不能打，卻很能喊，在尖利的呼叫聲下，其他太監們終於出現了。接下來的事情還算順理成章，這位仁兄拿的畢竟不是衝鋒槍，而他本人不會變形、不會變身，也沒能給我們更多驚喜，在一羣太監的圍攻下，終於束手就擒。當時太子正在慈慶宮裏，接到報告後並不驚慌，畢竟人抓住了，也沒進來，他下令將此人送交宮廷守衛處理，在他看來，這不過是件小事。但接下來發生的一切，將遠遠超出他的想象。
人抓住了，自然要審，按照屬地原則，哪裏發案由哪裏的衙門審，可是這個案子不同，皇宮裏的案子，難道你讓皇帝審不成？