史可法一開始還矇在鼓裏，指手畫腳的不服，又在寫給馬士英的信中痛罵朱由崧昏聵糊塗。沒想到卻成爲落在別人手中的把柄。隨即馬士英便帶領大軍殺氣騰騰的護送朱由崧來到南京浦口。大勢已定，滿心悔恨的史可法和東林黨人也只好接受這個現實了。
最後官員們一致傭立朱由崧成爲南明帝國的新皇帝，定都南京。而原來在南明歷史上有名的江北四鎮，由於劉澤清早早的死在劉佩手裏，所以南明四鎮就變成了南明三鎮。
而且黃得功，高傑和劉良佐這三個人已經明顯出現了軍閥化的苗頭，各自傭兵鎮守一方。但是出於對文官系統的習慣性畏懼，他們依舊在朝堂上沒有太多的發言權。所以整個南明朝堂上依舊是文官的天下！
但是這裏問題就出現了，本來就佔據朝堂多數的東林黨人老家根本就是江南地區，所以在擁立弘光帝之後，朝堂上東林黨人再次佔據上風！
本來在國破家亡的危機關頭，按理來說，朝堂上的人都應該團結起來共御外敵！可是這些東林黨完全埋頭不向北看，就當北方什麼事情都沒發生，關起門來一心一意的過自己的小日子。
結果就出現了一個很奇葩的情況：劉佩在這裏打垮了大順軍，又擊退的清軍，現在馬上就要將整個大順軍的控制區全部納入麾下的時候，他們才發現北方出現了這麼一隻可怕的力量！而且他們居然不知道劉佩北上對抗清軍的消息。
這些東林黨人在臨時安穩的這段時間內，完全忘記了外敵的情況。他們舊病復發，再次開始了內部鬥爭！
所有人都認爲應該讓“正人”來佔據朝堂，但是誰是“正人”那？只有自己這一派纔是“正人”！
而且自己纔是本派系裏“正人中的正人”！
所以他們今天你彈劾我，明天我揭露你！在同一個旗幟下的東林黨分成幾派，你打我拉的鬧成一團！他們完全忘記了該做的事情，甚至連最起碼的北上偵查都沒有做出來！
他們收到的消息來源竟然是那些商人！那些進入到山東的商人收到消息並帶了回去。而那些能夠長途行商的商人大部分都是背後有人的。他們講消息傳到背後的官員那裏，這件事情纔在廟堂上逐步傳開。
在消息傳開之後，整個南明朝堂上雖然沒有人明確提出來，但是大家卻在暗中相互印證，相互打探。最終確定了李自成被擊敗的消息！
但是所有收到消息的人，都不約而同的將劉佩北上擊退清軍的消息當做誇張的流言，從自家的消息當中排除了出去！就這樣，整個南明朝堂上大家都在裝糊塗！
在正常歷史上，南明在這方面做的也是一塌糊塗！他們甚至根本不知道吳三桂是真的投降清軍了，而是一廂情願的認爲他依然忠於大明！甚至還爲大清擊敗了大順軍而連連叫好！他們忘記了大清同樣是食人的猛獸！
當清軍開始在中原攻城掠地，他們也明確知道清軍明顯是懷着敵意的時候，他們居然依然沒有向北方偵查的行動！
在清軍在追剿李自成等人的時候，因爲兵力不足，清軍不得不將最先佔領的山東地區兵力抽空！他們只在山東留下了象徵性的兵力，以表示佔領。
可是南明方面卻居然根本不知道這些情況，白白的錯過了奪回山東和部分山西地區的好機會！讓清軍有了從容調度兵力的時間！如果他們稍有進取心，只要派一支兵馬北上，就可以在當地百姓的配合下奪回大片的土地！甚至可以再次威脅京師地區！
可是南明那時候偏偏就沒有做出一點反應，而是忙於分辨哪些人是“正人”，哪些人是“小人”！結果最終等來了自己的絞索！但是最令人發笑的是，清軍到來的時候，“正人”們基本上都投降了，而“小人”卻戰死了！
就在南明的官員們私下裏討論劉佩的時候，一個想升官想瘋了的御史終於把這件事情掀開了。這時候整個南明朝堂才明白一件事情，那就是真的有人擊敗了李自成！
最終在朝廷上的結局很有趣。那些本來把這些消息壓着的官員們沒有得到預想中的好處，所以乾脆把火撒在了那個小御史身上。他升官不成，卻一紙調令調出了南京，不知道哪裏去了！
但是事情既然已經掀開了，大家自然要討論一下！於是整個南京廟堂上便出現了多種意見。
一種意見就是直接命令劉佩到南京來朝拜新皇帝！畢竟崇禎皇帝死了，弘光帝就是唯一的正統了！只要他來南京，封條一個爵位，就像對付以前的勳貴那樣養起來！至於軍隊嘛，自然由朝廷接手！畢竟中興的名臣怎麼可能是個武人那！一定要是文臣纔對！
還有一批人堅決認爲劉佩早已有反心！不然的話，他早就應該到南京來朝外新帝了！結果他居然自顧自在和大順軍打仗，所以應該治他的罪，並且派出大軍去討伐他！
還有一種意見就是劉佩是一個獨立的力量了，在摸清他到底想什麼之前不應該輕舉妄動。如果能將他和平納入朝廷之中最好，如果不能的話再出兵討伐！
南明的朝廷裏面大體上的意見就是這三種，還有一些意見則被無視了！但是奇怪的是，他們這三類人，無一不是認爲對付劉佩都應該是手到擒來！
至於劉佩擊敗了大順軍這件事情被他們選擇性的遺忘了！似乎他們一出馬，劉佩就會納頭便拜，聽他們擺弄一樣！天知道他們那裏來的信心？