但從皇帝的角度來看，朱紈確實是嘉靖朝一名清正肯幹的賢臣。
在隆慶開海前，閩、浙兩省由於長期海禁，民間海外貿易作爲違法行爲，一直處於偷偷摸摸、暗地裏發展的尷尬境地。
而當時中國沿海地區的各個階層，無論窮富和職業，皆與海上對外貿易利益相關。
在此情況下，不少沿海商民只有公然違抗法令，私自出海貿易，有些甚至不惜勾結“夷人”和“倭寇”，並訴諸武力，引發了著名的“嘉靖倭亂”。
嘉靖二十六年，一夥三百四十多人的福清私商泛海通番，明廷諭查劾海道官員，朱紈便因此被任命巡撫浙江兼管福建海道，並提督軍務。
朱紈到任後，發現海防鬆弛，不堪入目，昔日戰艦十不存一，兵額嚴重不足，漳州、泉州那麼大一片海域，從前舊額是二千五百人，到嘉靖二十六年僅剩一半都不到，且多爲老弱殘兵。
於是他着力整頓海防官軍、厲行海禁、拆毀違式大船，革絕渡船，嚴格保甲，搜捕奸民。
同時又派遣都指揮盧鏜領兵，一舉搗毀雙嶼島的走私貿易巢穴，盧鏜率福清兵奮勇殺敵，很快就討平了盤踞於覆鼎已一帶的倭寇，並在九山洋水戰中打敗王直。
接着，明軍在雙嶼築置堡壘，擒斬真假倭寇不少，連大盜李光頭也落網被殺。
當時整個帝國都知道，所謂的“倭亂”，絕大多數是亦商亦盜、以海外貿易爲生的浙閩兩省人，只有極少數的日本浪人蔘與其中，而且這些日本人往往受僱於中國大海商。
而朱紈在給朝廷報捷的奏疏中，公然指責浙閩兩省的世家大族與“倭寇”有勾結，並在疏中憤然明言，“去外國盜易，去中國盜難；去中國瀕海盜猶易，去中國衣冠之盜尤難”。
這項指控，相當於在浙江、福建沿海的豪強家族中扔下一顆巨型炸彈。
由於福建、浙江兩省的沿海豪民皆在朝中有代理人，兩省的豪門大族，立刻動用家族中所有的官場資源，對朱紈展開了強烈反擊。
浙閩籍的朝廷言官紛紛彈劾朱紈，一方面說被俘的海盜都是良民，不是賊黨，更不是倭寇，要求從輕發落。
另一方面說朱紈污衊浙閩士人，惑亂視聽，並上奏說朱紈巡撫浙江兼管福建海防的職權過於繁重，請求明世宗改巡撫爲巡視，從而削減了朱紈的權力。
之後又有御史陳九德彈劾朱紈，認爲他在福建走馬溪之役中擒獲海賊李光頭等人後，就地斬首的行爲是爲“擅殺”。
在明朝，生殺大權必須掌握在皇帝手裏，朱紈擅自殺伐，給了言官彈劾他謊報軍功、僭越權力的理由。
結果明世宗因此便革了朱紈的職，還派人去軍中審問調查。
在朝廷派出的審訊官到來之前，朱紈已看出閩浙官員必得加罪於他，因而悲憤道，“縱天子不欲死我，閩浙人必殺我”。
隨即，朱紈便仰藥自盡。
自此明廷罷巡視大臣不設，中外搖手不敢再言海禁之事，從此海防廢弛，海寇、豪民彈冠相慶。
朱紈死後不到五年，葡萄牙人便通過行賄進入了澳門，併成功取得了居住權。
從現代人的角度來看，朱紈的犧牲無疑是一種“落後”的犧牲。
嘉靖年間，世界已進入“大航海”時代，明廷已經放棄了原來作爲法定貨幣的大明寶鈔，轉而使用具有硬通貨性質的白銀來重新構建帝國的貨幣體系。
閩浙人順應了歷史潮流，用茶葉、瓷器、絲綢、棉布、藥材等“中國製造”來換取世界白銀。
這個時候帝國怎麼會需要一個厲行海禁的賢臣呢再賢的賢臣也抵不過歷史大勢，那些“海寇”在後人眼裏纔是生錯了時代。
朱紈爲了他的政策付出了生命，可這付出了的生命在朱翊鈞眼裏卻顯得多麼多餘。
現在朱翊鏐卻拿這一條多餘的性命來反駁自己了。
朱翊鈞知道，朱翊鏐他其實不是在可惜朱紈。
對於朝臣們的遭遇，親王宗室們永遠是局外的。
藩王們早在明成祖朱棣登基的那一刻就開始逐步失去太祖皇帝曾經賜予他們的權利，到了萬曆十五年，參政議政、爲國征戰都早已與他們無關。
朱翊鏐是在用朱紈向皇帝昭示一種關於“多餘”的鄙薄，這種鄙薄只有朱翊鈞這種支持“開海”的現代人才能聽懂。
朱翊鏐是在說，閩浙兩省從海貿中獲利甚巨，從大海商、大海盜、地方豪強富戶，到朝中士大夫、官員，早已形成了一個強大的利益共同體。
莫說臣這種早就被剝奪了一切權力的藩王，就是朱紈現在活過來，還是會白白地再搭上一條命。
朱紈是忠誠，是肯幹，可他多愚蠢啊，臣纔不想像朱紈一樣愚蠢地送命。
這幾句話朱翊鏐沒有說出口，但他用他的表情告訴了朱翊鈞。
朱翊鏐提到朱紈時，語氣雖是驚悚而後怕的，可他的臉上卻沒有一點兒憐惜。
朱翊鈞當然沒有辦法讓朱翊鏐憐惜朱紈，他自己都覺得朱紈的犧牲多餘，他怎麼能口是心非地讓朱翊鏐嚮往這種違揹人性的忠誠
因此朱翊鈞也沒打感情牌，他發現這個屋裏最會打感情牌的人是李太后，帝王講感情能講過後宮的女人嗎
所以朱翊鈞揚長避短，直截了當地道，
“朕也不是隻爲四弟你賺錢，大明一天不亡，一天便短不了你一家喫的，朕能爲少付你一家的爵祿就這般爲難你嗎你快起來罷”
朱翊鏐吸了吸鼻子，轉頭看了李太后一眼，見李太后微微點了點頭，這才慢慢地站了起來，坐回了原位，
“那皇上是想幹甚麼”
朱翊鈞這回有經驗了，他不提要節省宗室祿米，不提澳門這個海貿樞紐的地位，也沒提往建州女真販賣鴉片的事，只是言簡意賅地道，
“朕想派你去沿海，替朕從那些商人手上，把洋人應該輸給朝廷的白銀給搶回來。”
朱翊鏐皺了下眉，又偷偷地去看李太后。
李太后道，
“皇上要銀子還需要搶嗎直接加商稅不就得了”