蒙古對基督教徒的確十分寬容，但由於元廷當時的政策問題，基督教未能正式走向中國化。
蒙元的基督教徒雖然能受到元廷的重用，但他們在大都學習語言、翻譯經書的時候，用的都是韃靼文、拉丁文、波斯文，用到漢文的地方極其之少，導致基督教經文未能在元代進行成功地漢化。
且蒙元時代的基督教完全依附於蒙古人與色目人，是一種只流行於蒙古上層社會的信仰，其本身的文化
與中國傳統完全不同，與漢人和南人有着天然的文化隔閡。
再加上元朝後期，元武宗聽信道士趙歸之言，下令廢金山十字封；元仁宗又起用李孟，採取政教分離政策，使得基督教在地方勢力一瀉千里。
這種政治上的依附性，大大制約了基督教在中國的本土化進程。
而當朱元璋推翻元政權之後，明廷害怕蒙古人從草原重取江山，因而採取閉關自守的政策，禁止一切外來的宗教和外人的進入。
蒙古人不得不向北方逃去，而基督教教徒則以蒙古人和色目人爲最多，他們本來在元政權下多享有政治和經濟特權。
而明朝建立之後，基督教教徒的特權被取消了，明初的海禁政策又使營商環境失利了，龐大的教會開支頓時變得無以爲繼。
加上其它本地宗教在明政權中得到提攜和眷顧，基督教作爲一種漢化不成功的舶來品，自然受到明廷的無情的壓迫和攻擊。
而隨元順帝北去的基督教教徒，又受到草上喇嘛教和回教的影響，也漸漸失去了原本的信仰。
因此到了萬曆時期，西方傳教士再次東來之時，明廷許多人仍然秉持着明初環境下的思想觀點，把基督教視爲與中國文化相悖的、需要時刻防備的“邪教”。
朱翊鈞笑了笑，道，
“就算是隻封個閒官，那也要朕瞧過之後再封啊。”
朱翊鏐卻道，
“臣以爲，洋人沒甚麼了不起的，皇上即使要給洋人封官，也得讓他們和我大明百姓一樣通過科舉，從童子試開始層層考校才能成爲天子門生。”
“要是皇上一看到洋人就破格錄取，對我大明子民也太不公道了，難道洋人信個教、皮膚白些，便天生就比我中國人高一等了”
“洋人要當官，在濠鏡當個他們洋人自己選出來的官也就罷了。”
“即使是蒙元之時，也沒有一個外國人來中國，隨便就能當兩層官的道理啊。”
朱翊鈞聞言一愣，心中忽然涌上了一陣難以言道的感慨。
自己真是受近代史影響太深了，以致於一聽到洋人，就先入爲主地覺得人家肯定比中國人厲害得多。
朱翊鏐雖然有着獨屬於特權階級的自高自大，但他卻能用一種比自己更加客觀的視角去審視西方人。
晚明的中國人當然應該和西方人是平等的。
既然是平等的，怎麼能讓西方人直接跳過競爭激烈的科舉，而直接授以官職呢
“四弟說得不錯。”
朱翊鈞反省完畢，認真朝朱翊鏐回道，
“科舉是我大明最爲公正的考試，朕不能把原本屬於我大明子民的做官名額隨意就撥給洋人。”
朱翊鏐笑道，
“皇上說得是，據臣所見，那些傳教士雖然取了中文名，但實則是爲了去周邊小國方便傳教，而非真心仰慕我中華文化。”
“洋人貪勢幕強，只要我大明一直受諸國朝拜，皇上又何懼洋人不願爲我大明效力呢”
“臣聽聞如今歐羅巴小國林立，彼此之間紛爭不斷，莫說我大明國富兵強，就是毗鄰的倭國小邦，也能讓洋人俯首帖耳，不敢違逆。”
朱翊鈞心道，這話怎麼和我在現代看到的晚明歷史有些不同啊。
“哦是嗎”
朱翊鈞故作好奇道，
“那倭國是怎麼讓洋人俯首帖耳的”
朱翊鏐笑道，
“臣於廣東聽聞，就在不久之前，那倭國九州的一個小小大名，還支使了耶穌會的洋人，讓傳教士帶領了一支倭國使團，千里迢迢地去歐羅巴覲見國王。”
“皇上且想，一個倭國的大名就能把傳教士使喚得團團轉，何況皇上”
朱翊鈞心下一頓，驀地接口道，
“倭國九州的大名”
朱翊鏐點頭道，
“是啊，據說是倭國九州的大友宗麟。”
朱翊鈞豁然開朗，這支在萬曆時期就遊遍歐洲各國、成功覲見羅馬教皇的日本使團，就是日本歷史上大名鼎鼎的天正遣歐少年使節。