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但是，由於復仇者聯盟的幾次行動給各個國家帶來巨大的損失，受迫於各國壓力的聯合國，出臺了索科維亞協議。
在索科維亞協議中，規定了復仇者聯盟必須接受聯合國的管理和監控。
擔心自已人身權利的復仇者聯盟內部，因爲是否籤協議起了爭執，託尼雖因爲研發奧創間接引發了索科維亞大戰，產生愧疚。
但奧創軍團的失敗以及自已的機甲無人ai控制軍團成功，還有過去在身上所發生的種種一切，讓託尼意識到，他們不能接受簽署協議。
於是託尼決定站在反對簽署協議的一邊，而隨着時間問題，讓託尼他與支持籤協議的美國隊長之間分歧越來越大，最終因爲赫爾穆特澤莫炸燬聯合國會議室的問題，而引發了復仇者聯盟的內戰。
萊比錫機場大戰之後，憑藉着機甲無人ai控制軍團，而勝利的託尼，雖得知冬日戰士受到了誣陷，美國隊長的目的應該是正確的，但不願就此認輸的託尼，在心底裏過意不去。
託尼便來看望戰鬥失敗，而被他關押的支持簽署協議的英雄們，之後從獵鷹山姆處知曉了美國隊長和冬日戰士的位置，他匆忙拿上雷霆之劍，想趕到西伯利亞，和美國隊長、冬日戰士一起探尋九頭蛇組織的舊基地，挫敗赫爾穆特澤莫的陰謀。
但是也正如此，託尼還是和美國隊長、冬日戰士中了澤莫的計策。
在對話中，託尼得知當年殺害他父母的人就是冬日戰士的真相，因爲仇恨而陷入了瘋狂，獨自一人和美國隊長及冬日戰士展開大戰。
最後手持雷霆之劍的託尼，雖被美國隊長盾牌打中了方舟反應爐而失敗，但是美國隊長的盾牌，冬日戰士的金屬手臂，以及冬日戰士的性命，也被打入重傷，需要休眠療養。
雖然從西伯利亞回來之後，託尼收到了美國隊長的道歉信和一部聯繫電話。
儘管託尼拒絕幫助國務卿羅斯將軍，而阻止美國隊長的越獄計劃，但是他一直沒有完全釋懷美國隊長爲什麼被改變。
閒下心的託尼，開始指導蜘蛛俠彼得帕克一步步走向超級英雄的道路，並開始和波茨談婚論嫁。
當滅霸的屬下入侵紐約時，託尼正和奇異博士、王以及班納博士共同對抗烏木喉和黑矮星的入侵。
在這期間託尼掏出美國隊長留給他的聯繫電話，但一直猶豫不決。
因爲沒有帶上雷霆之劍，致使奇異博士被烏木喉抓走，託尼和蜘蛛俠連忙進入太空營救。
後來託尼和蜘蛛俠、星爵、螳螂、星雲和毀滅者德拉克斯共同在泰坦星對抗滅霸，但最終不敵落敗。
眼看託尼即將被滅霸殺死之時，奇異博士交出了時間寶石。
滅霸的響指成功打響後，在泰坦星上只有託尼和星雲倖存了下來，包括蜘蛛俠彼得等人在內的超級英雄全都消失了，託尼在爲彼得的消失而感到愧疚萬分的同時，沉寂許久的仇恨種子，再次控制住託尼。
第一次無限戰爭後，託尼和星雲被困在太空，後來驚奇隊長卡羅爾丹弗斯將他們救回地球。
託尼回到復仇者聯盟基地後，因之前的恩怨，再加上彼得的消失，使託尼感到十分惱火，和美國隊長又大吵了一架。
後來班納博士不得不利用鎮靜劑讓他沉睡，因而未參與美國隊長的追殺滅霸的行動。
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第146章預告時空穿梭