一年半多來，皇太子劉彊一再請辭，說願意降級當諸侯王，太子之位就留給皇后陰麗華所生的兒子吧…終於6月26日，劉秀點頭了，廢除劉彊的太子之位，改封東海王。但劉彊是個乖孩子，所以劉秀告訴他“王位是給你封了，但你不用急着就國，可以呆在洛陽多玩玩”同時劉秀立自己的第四子、陰麗華所生的長子、東海王劉陽爲太子，並改名劉莊。
之後，劉秀又封陰麗華的哥哥陰識爲執金吾、弟弟陰興爲衛尉，輔導太子。封桓榮爲議郎，教授太子經書。命鍾興教授太子及諸王《春秋》，賜鍾興關內侯的爵位。鍾興辭以無功，劉秀說“你替朕教育太子及諸王，這豈非大功”鍾興答“這都是我師父丁恭教我的”於是劉秀下令封賞丁恭，而鍾興仍固辭不受。
9月21日，劉秀行幸南陽郡，隨後又去往汝南郡南頓縣。劉秀的父親劉欽是南頓縣令。劉秀就在父親當年的縣舍內置酒會，賜吏民，當場下令免除南頓縣一年的田租。南頓縣父老叩頭進言“願免十年”劉秀道“天下重器，常恐不任。朕不能料到十年之後的事呢”南頓縣吏民又說“陛下您萬歲萬歲萬萬歲，何必言謙呢”劉秀大笑，決定再免除一年。之後，劉秀又巡幸了淮陽、梁、沛等郡。
西南夷棟蠶在去年聯合各部落一起造反，攻殺長吏。益州太守繁勝兵敗後，退保犍爲郡朱提縣。本年，劉秀命劉尚率軍平叛。進軍路上要經過邛谷王任貴所在的越巂郡。任貴擔心漢朝一旦平定了這場叛亂之後，接着便會來對付自己。於是決定先下手爲強，以****爲名，要用毒酒暗害劉尚及漢軍。誰知陰謀泄漏。12月，反而被劉尚搶先佔據越巂郡治邛都縣，襲殺任貴。
本年，劉秀下令修繕長安宮室，復置函谷關都尉。
劉秀的大姐、湖陽公主劉黃自宋弘拒婚後，一直寡居在家。劉秀也格外憐憫，厚賜財物，因此湖陽公主家中豢養家奴數百，難免有良莠不齊之輩。甚至有蒼頭白日殺人之後，便躲在公主家中，地方官員也不敢進去抓捕。包括洛陽令董宣，他也只能每天在公主門外候着，希望能有機會當場法辦這個殺人兇手。終於機會來了…
這一天，湖陽公主出外郊遊，竟讓這個蒼頭做自己的驂乘。【w qu 】董宣這一天也正好在夏門亭等候，見殺人兇手出門了，當即走上前去，駐車叩馬，以刀畫地，直斥湖陽公主包庇之罪，並嚴叱那個蒼頭下車，就在公主面前直接把這個殺人兇手格殺了！
湖陽公主劉黃當即回宮來見自己的皇帝三弟劉秀哭訴。劉秀也不禁動怒，召董宣入宮，責他衝撞公主之罪，要棰殺他，給公主出氣。董宣叩頭道“臣有一言，願說完而死”劉秀問“什麼話”董宣說“陛下聖德中興，卻又令公主縱奴殺人，這將如何治理天下？臣說完了。也不用棰殺，臣就自己撞死在這大殿上就好了”說完果然以頭撞柱，血流滿面。劉秀急忙讓小黃門把董宣拉住，說“你就叩頭給公主陪個不是就好了”但董宣寧死不肯叩這個頭。劉秀讓小黃門按住董宣的頭，想強行讓他對公主口頭。沒想到董宣兩手據地，終不肯俯。
建武20年（44）4月3日，大司徒戴涉因太倉令奚涉之案，有失察之罪，下獄而死。三公中的另一位大司空竇融也被牽連罷官。5月4日，大司馬吳漢去世，送葬如西漢大司馬霍光故事。吳漢病重時，劉秀親臨探望。吳漢遺言“臣本愚蒙，無甚知識。只願陛下慎勿輕赦”
5月，匈奴侵犯上黨、天水二郡，遊騎甚至深入到了右扶風境內。
5月，劉秀犯風眩之疾，在雲臺廣室召見皇后陰麗華的弟弟陰興，封他侍中，領受顧命。病癒之後，再次召見陰興，這次想讓他接任大司馬。陰興叩頭流涕，固讓不爲。還有太子太傅張湛，自郭皇后被廢之後便稱病不朝，劉秀也強起之，要封他爲大司徒。張湛也固辭疾篤。最後劉秀都只得做罷。6月14日，劉秀封廣漢太守蔡茂爲大司徒、太僕朱浮爲大司空。16日，封劉隆爲驃騎將軍，行大司馬事。
19日，劉秀改封次子、中山王劉輔爲沛王。封劉輔的舅舅郭況爲大鴻臚。在郭聖通被廢后，劉秀對她的弟弟郭況仍然很好。數幸其府第，賞賜金帛，豐盛莫比。甚至郭況之家被洛陽的百姓稱爲“金穴”
9月，馬援凱旋迴朝，對前來迎接他的孟冀說了一番話“如今匈奴、烏桓還在侵犯北部邊疆，我欲自請擊之。男兒當死於邊野，以馬革裹屍還葬。怎能臥於牀上，死在兒女子手中呢”孟冀道“此言壯哉！爲烈士當如是矣”
秋天，東夷韓國人率衆來到樂浪郡，求內附。
12月，匈奴侵犯天水、右扶風、上黨三郡。馬援便自請出擊匈奴。劉秀就給了他三千騎兵，讓他出屯趙郡襄國縣。馬援出發時，劉秀命百官在都門給馬援送行。送行隊伍中有兩個人：竇融弟弟竇友的兒子竇固、梁統的兒子梁松。
老爹種樹，兒子乘涼。梁統長子梁松得勢甚快，娶了劉秀的長女舞陰公主劉義王，成了乘龍快婿。竇固也託了伯父竇融的福，娶了劉秀的次女涅陽公主劉中禮，成了另一乘龍快婿。家族顯赫，地位不凡，如此能量，誰敢小覷？但偏有人不買這兩位駙馬黃門郎的帳：普天之下也就只有馬援了！
送行，是體現後生對前輩的尊重。可前輩馬援並
不領情，他相當嚴肅地告訴這兩個後輩“人居高位，要時刻記得自己是從哪裏來的。要長保富貴，就應居安思危，小心自保”馬援的話是句實話，可非常傷人！馬援以爲：自己和竇融、梁統都是老朋友，以長輩身份教育兩個得意俊生，也沒什麼不妥？可事實上，他錯了！他並不知道：在梁松、竇固這兩個高幹子弟看來，面子不是自己掙來的，而是別人給的！
連皇帝岳父劉秀都給他們面子，可馬援卻連一句客氣的話都不會說！跟他搭夥還有啥意思？不如直接拆臺走人算了！
本年，劉秀下令撤銷五原郡，將官吏百姓遷到河東郡。還下令免除陳留郡jy縣百姓的6年徭役。