29日，漢和帝劉肇追尊自己的生母梁貴人爲皇太后。10月19日，劉肇將生母梁太后、二姨大梁貴人改葬在漢章帝敬陵之西，稱西陵。追諡梁太后的父親梁竦爲褒親愍侯，派賺使前往漢陽郡迎喪，將外公改葬於西陵之旁。並徵還梁竦家屬。封梁竦的三個兒子梁棠爲樂平侯、梁雍爲乘氏侯、梁翟爲單父侯，位皆特進，賞賜以鉅萬計。封大姨梁嫕的丈夫樊調爲羽林左監。梁氏宗族無論親疏，皆得補授郎官。梁氏從此由衰轉盛，寵遇日隆，又種下未來一段禍根。
乘着這機會，漢和帝劉肇的三哥、清河王劉慶也開始爲當年同樣被竇皇后害死的自己的生母宋貴人請求恢復名譽，劉肇當然允許，下詔有關部門四時給祭。再下詔徵還宋氏家屬。宋衍、宋俊、宋蓋、宋暹兄弟們作爲劉慶的舅舅，全部補授郎官。
而竇氏兄弟中當年僅存的夏陽侯竇瑰，後來徙封羅侯。梁棠兄弟這次被從遙遠的九真郡召回，路過長沙郡羅縣時，竟專門找上門去，逼死竇瑰。而劉肇對此也不加查問。
11月8日，光祿勳呂蓋升任司徒。12月1日，司空張奮罷官。7日，太僕韓稜升任司空。
本年，西域都護、定遠侯班超派甘英出使大秦（今羅馬）條支（今伊拉克境內）窮西海，皆前世所不至，莫不備其風土，傳其珍怪。甘英使團一直來到安息（今伊朗）西界，在他們眼前的是一片大海（今波斯灣）然後，甘英他們聽當地人說路途尚遙，便就此打道回府…
永元10年（98）3月28日，劉肇下詔整修各地的堤防溝渠。5月，京師洛陽大水。7月13日，司空韓稜去世。8月15日，太常巢堪升任司空。10月，五州雨水。
劉尚、趙世被彈劾畏懦怯戰，下獄免官。由王信率劉尚之兵駐守隴西郡枹罕縣、耿譚率趙世之兵駐守白石縣。耿譚懸賞招誘，羌衆陸續來歸。勢單力孤的迷唐遣使請降。王信、耿譚受降罷兵。12月，迷唐親自率種人來到洛陽，朝見漢和帝。
20年前，漢宣帝玄孫、居巢侯劉般去世。按理爵位應由長子劉愷繼承，可劉愷堅決要將爵位讓給弟弟劉憲，飄然遠去。10年後，有關部門上奏“既然劉愷不繼承這個爵位，那就把這個侯國撤銷了吧”當時在位的漢章帝劉炟特地下詔不許，以嘉其義。然而劉愷仍遁世不出。一眨眼又過了10年，有關部門再次上奏，請求撤封這個侯國。但侍中賈逵則上書建議不如就成全了劉愷讓爵的這份心意。於是，漢和帝劉肇特地下詔，承認劉憲繼承其父劉般的爵位爲合法。而徵劉愷入朝，封爲郎官。
本年，南匈奴亭獨屍逐侯鞮單于去世。其堂弟、湖邪屍逐侯鞮單于之子檀繼任爲萬氏屍逐鞮單于。
永元11年（99）2月，劉肇派使者巡行天下，讓貧民們能進入山林池澤中漁採，免收租稅。3月18日，劉肇下詔：對天下刑徒免半刑。4月9日，大赦天下。
本年，劉肇在朝會時召見諸儒生，命中大夫魯丕與侍中賈逵、尚書令黃香等人相難數事。最後劉肇同意魯丕的觀點，退朝之後，特賜衣冠。
永元12年（100）2月，犛牛徼外白狼、婁薄夷率種人內屬。
2月，劉肇下詔給受災郡國的百姓貸給種糧。允許流民及鰥寡孤獨等社會弱勢羣體入陂池漁採，以助蔬食。3月14日，劉肇下詔：因災賜爵。賜天下男子每人二級爵位；三老、孝悌、力田者每人三級爵位；流民每人一級爵位。鰥寡孤獨等社會弱勢羣體每人粟3斛。30日，賜在太學的博士員弟子每人布3匹。
閏5月，劉肇下詔給敦煌、張掖、五原三郡的貧民貸谷。17日，南郡秭歸縣山崩。6月，潁川郡舞陽縣大水。劉肇下詔賜受水災的貧民每人谷3斛。7月1日，日食。
9月9日，太尉張酺罷官。17日，大司農張禹升任太尉。
11月，西域蒙奇、兜勒二國遣使內附。漢和帝劉肇賜其王金印紫綬。
迷唐數降數叛之後，他的燒當羌族部落已不滿二千人，且飢窘交迫，當時曾允許其暫居金城郡。本年，劉肇命迷唐率其部落返回大小榆谷。迷唐卻想“榆谷附近，漢人已造河橋，往來甚便。我一旦再叛，如何防守得住”便以種人飢餓爲名，不肯遠歸。護羌校尉吳祉於是就給了迷唐很多金帛，讓他可以購買穀物牲畜，但必須儘快出塞，離開大漢境內。這下，迷唐再也裝不下去了，於是聯絡湟中諸胡，再次反叛。王信、耿譚、吳祉等人皆受其牽連，被罷官。
永元13年（101）1月30日，漢和帝劉肇幸東觀，覽書林，閱篇籍，博選術藝之士以充其官。
3月，劉肇下詔賑濟張掖、居延、朔方、日南4郡貧民。8月，下詔賑濟日南郡象林縣貧民。
8月，迷唐回到賜支河曲，隨即發兵攻打漢境。新任護羌校
尉周鮪與金城太守侯霸調集諸郡漢、羌、胡兵共三萬人出塞迎擊。來到允川，未見敵蹤。周鮪下令安營駐紮，派侯霸率兵深入。侯霸果然搜得迷唐巢穴，大破之，降者六千餘人。迷唐只帶數百殘騎，遠遁賜支河源頭，投靠發羌部落。不久病死，其子來降，戶已不滿數十。
劉肇下詔：將那6000餘降羌分徙漢陽、安定、隴西3郡。又因周鮪逗留不進，罷去其護羌校尉之職，改由侯霸接任。
8月，荊州雨水。9月9日，劉肇下詔免除今年一半的租賦。對貧民貸以種食。
11月，安息國遣使來獻師子及條支大爵。
14日，劉肇下詔：命幽、並、涼諸州邊郡，人口10萬以上的，每年推舉孝廉1人；5-10萬的，每二年推舉孝廉1人。5萬以下的，每3年推舉孝廉1人。
鮮卑侵犯右北平郡，之後又侵入漁陽郡。被漁陽太守擊退。
26日，司徒呂蓋因老病罷官。12月5日，光祿勳魯恭升任司徒。
19日，南郡巫縣蠻許聖因賦稅不公，起兵反叛，攻打南郡。
永元14年（102）2月，安定郡降羌燒何種反叛，被郡兵平定。於是西海及大小榆谷的羌患暫時平息。劉肇接受隃麋相曹鳳的上書建議，重新設置西海郡，封曹鳳爲金城西部都尉，駐守龍耆城。又在金城郡增廣屯田，列屯夾河，共34部。5年多後的永初元年即將大功告成之際，不料羌族部落再次反叛，竟至中輟。
3月27日，漢和帝劉肇臨辟雍，饗射，大赦天下。
4月，劉肇遣使者督率萬餘荊州兵，分道討伐南郡巫蠻許聖的叛亂，大破之。許聖投降後，其衆被徙置江夏郡。