在日本史（特別是南北朝時代以後）中的海盜，大多是領地臨海的豪強。
他們如大名擁有領地，在海上擁有地盤（海上權、海上支配權），並且擁有相互的聯合組織等，在一定規模的組織中活動着。
因此，就像國人衆和一向衆（不是一向宗）那樣，從性質上來說他們與單純的海盜是需要區分開的，他們也被稱爲“海賊衆”。
當然他們也會像一般意義上的海盜一樣，有時會襲擊沿岸地區和海上航行的商船，或者接受大名和商家的委託進行船舶的警衛（警固）也是主要活動之一。
特別是室町幕府在勘合貿易時，幕府被迫承認他們的合法性，賦予他們警固海面的任務。因此海盜們也被稱爲“警固衆”。
與此相關，他們以護衛名義收取的金錢被稱爲“警固費”，爲了警固的委託和收費而設置在登陸港等地的設施被稱爲“警固關”。
室町時代後期幕府的權威衰退，權力分散後，各地的海盜們也進行了政治上的自立，不再是服從某個大名，而是作爲對等的關係，或者僱傭兵行動，作爲與大名等獨立的組織活動。
因此，根據時勢隨機應變地改變支持大名的情況也經常發生。
而造成這樣的一個可能因素是，由於社會貨幣經濟、物流的改變等，貿易收入開始超過土地的糧食產出，而海賊衆們的警固費收入增加。
到了戰國時代後期，有力大名將海賊衆臣屬化作爲水軍的情況也變多了，宇喜多家最初控制的岡山衆就是原本鹽飽水軍的下級海賊衆。
後來隨着宇喜多家的逐漸強大，勢力橫跨瀨戶內海兩岸，就連鹽飽水軍自身都不得不臣從秀家。
就連瀨戶內海西側的原本屬於毛利家配下的村上水軍，也因爲秀家控制尹予被一分爲二，領地在尹予的海賊衆成爲了秀家的下屬。
秀吉下達的《海賊停止令》，要求全日本的水軍衆停止從事海賊行爲跟終止徵收帆別錢、警固料的權利，也對走私交易進行杜絕，將日本的對外貿易統合於朱印船貿易，及授權給特定的大名對外進行貿易。
秀吉在《海賊停止令》中的措辭非常嚴厲，只給了海賊們一下三種選擇：
其一，對於特定的擁有極大勢力的海賊頭領，被要求成爲豐臣政權體制的大名，如九鬼嘉隆；
其二，對於擁有一定勢力的，但是並不屬於號令一方的存在，並且距離豐臣家直領較遠的海賊被要求成爲特定大名的家臣團，如村上及鹽飽水軍；
其三，要求海邊零散的海賊衆，這些多是臨海漁村的漁民兼職的活計，他們被要求放棄武裝，成爲農民。
當然還有第四條，就是不選擇以上三條路的海賊，全部被要求就地處死。
這兩條政策看起來是穩定治安的政策，實際上是秀吉通過又有法律效力的紙面文書，正是確立了武士和平民之間的界限，爲下一步進行全國性質的兵農分離打下基礎。
與這兩道軍事相關的政策同時頒佈的，還有針對切支丹的《伴天連追放令》、針對貿易的《樂市令》以及針對知行統計的《天下檢地令》。
“伴天連”是葡萄牙語“Padre”的日語漢字翻譯，意爲神父或傳教士，“追放”則是放逐的意思。
歷史上的《伴天連追放令》下達於天正15年（1587年）六月十八日，這一世的這條法令卻整整晚了一年有餘。
與之相應的是，與歷史上秀吉對於大名和武士相對寬容的態度不同的是，秀吉此次《伴天連追放令》比歷史上強硬了很多。
歷史上的《伴天連追放令》主要約定了一下幾點：
（1）普通民衆有權利選擇自己的信仰，政府不會進行干預；
（2）領地的治理者，不論是大名還是地侍都不能因爲自己信仰切支丹而要求領民改信切支丹；
（這條明顯的po高山右近的，歷史上高山右近被處置也是因爲在《伴天連追放令》下達後依然逼迫領民改信切支丹。）
（3）大名如果出現交替、、繼承、轉封的情況，民衆不會再隨之轉封，不會影響領內民衆的信仰；
（4）知行超過200町，或收入3000貫以上的大名，如果要成爲基督教徒，只要得到秀吉的許可就可以；
（5）知行地比這少的武士，所以可以根據本人的想法，隨意改信佛教或者神道宗門；
（6）由於有一向宗推翻富堅氏對加賀的統治，並且覬覦越前之事在前，禁止大名以知行加封爲誘餌，或者以減封改易爲威脅，要求家臣改信切支丹；
（7）把日本人賣給中國、南蠻、朝鮮半島是不應該的。因此，在日本禁止買賣人。
（8）牛馬對於日本來說是重要的農業工具，而像切支丹那樣買賣牛和馬來喫，這也是不合理的。
一律以這些條文嚴加禁止，如有違犯者即嚴懲。
而這一世的秀吉在對以上的第（1）、（3）、（4）、（6）進行了變更：
（1）原本已經信仰切支丹的民衆被允許保留信仰，但是不準再允許伴天連們發展新的信徒。
切支丹和切支丹結親的，生下的孩子可以繼續信奉，切支丹和其他信仰的對象結親的，生下的孩子不能再信奉切支丹；
（3）大名如果出現交替、繼承、轉封的情況，民衆要麼隨着先代主君轉封，要麼就地改信佛教或神道宗，都不願意的需向官府提出申請，經批准後遷移至依然接納切支丹的大名領內。
（4）知行超過知行超過200町，或收入3000貫以上的大名，或者知行超過80町收入超過1000貫的武士，在經過秀吉批准之後才能繼續信奉切支丹，不然必須在限期內改信；
（6）天下各大名，需要嚴格限制領內切支丹家臣的數量，必須要留下接納的也需要進行約束，經統計後上報秀吉覈准。
從以上這些條例的修改可以看出，秀吉對於切支丹的警惕性比歷史上高好多，歷史上的秀吉對於切支丹雖然進行了一定的限制，但是並且有徹底堵死，特別是在民衆的信仰上。
而這一世的秀吉對於切支丹的態度格外嚴厲，對信奉切支丹民衆在基數上進行了限制，切支丹只有和切支丹成親子嗣才能繼續信奉切支丹，不然就必須改信，就從源頭上封印了切支丹信衆的上限。