獻帝命司徒王允錄尚書事，進呂布爲奮威將軍，加封溫侯，共秉朝政。允再查究董氏黨羽，或黜或誅。左中郎將蔡邕，在座興嗟，爲允所聞，便勃然怒叱道：“董卓逆賊，幾亡漢室，今日伏誅，普天稱慶；君爲王臣，乃顧念私恩，反增傷痛，豈不是同爲逆黨麼”邕起謝道：“邕雖不忠，頗聞大義，怎肯背國向卓但卓族駢誅，並及僚屬，一時生感，遂致嘆惜；
自知過誤，還乞見原倘得黔首刖足，俾得續成漢史，皆出公惠，邕亦得稍贖愆尤。”允聞言益怒，竟令左右系邕下獄，衆官爲邕救解，皆不見從。太尉馬日磾亦諫允道：“伯喈蔡邕字，見前文。曠世逸才，多識漢事，當令續成漢史爲一代大典；今坐罪尚微，若遽處死刑，恐失人望。”允搖首道：“昔武帝不殺司馬遷，使作謗書，留傳後世；今國祚中衰，四郊多壘，若再使佞臣伴侍幼主，執筆舞文，不但無補聖德，並使我輩亦蒙訕議，我所以不便輕恕哩”日磾退語同僚道：“王公恐將無後呢善人足爲國紀，製作乃是國典，今欲滅紀綱，廢典章，怎能長久眼見是爲禍不遠了”邕非無罪，但處死未免太甚，日磾之言不爲無見。允竟囑令獄吏，將邕逼死獄中。是時卓婿牛輔，方移兵陝州，防禦朱儁，校尉李傕郭汜張濟等，擊敗儁軍，大掠陳留潁水諸縣，所過爲墟。呂布使騎都尉李肅，先討牛輔，輔出兵與戰，將肅殺敗，肅竟遁還。布怒責道：“汝如何挫我銳氣敢當何罪”肅因誅卓有功，仍不得遷官，亦懷怨望，免不得反脣相譏，布怎肯忍受竟命左右推肅出轅，梟首軍門；可爲丁原泄忿。遂欲親往擊輔。輔素憚布勇，陰有戒心，手下兵士，亦皆惶懼，一夕數驚，輔知不可留，收拾金寶，帶得家奴胡赤兒等數人，棄營夜走。赤兒貪輔財物，竟將輔刺死，獻首長安。布既得輔首，復商諸王允，擬傳詔河南，盡誅李傕郭汜諸將，允撫然道：“此輩未嘗有罪，不宜盡誅”布又請將董卓私財，頒賜公卿將校，允又不從。允與布雖同執朝政，但看布是一介武夫，未嫺文事，所以國家政事，往往獨斷獨行，不與布商。布又意氣自矜，未肯相下，遂致兩人生隙，意見不同。允與僕射士孫瑞商議，擬下詔赦卓部曲，繼復自忖道：“彼既黨逆，不應輕赦，且俟將來再說。”嗣又欲悉罷李郭等軍，或勸允委任皇甫嵩出統各部，俾鎮陝州，允亦遲疑不決。當斷不斷，反受其亂。李傕郭汜等部兵，俱系涼州丁壯，當時有訛言傳出，謂朝廷將盡誅涼州人，李郭張三將，互相告語道：“蔡伯喈爲董公親厚，尚且坐罪。今我等既不見赦，復欲使我解兵，今日兵解，明日即盡被魚肉了”當下議定一法，使人詣長安求赦，允仍不許，傕等益懼，不知所爲，意欲各自解散，逃歸鄉里。討虜校尉賈詡，本在牛輔麾下，輔死後，奔投傕軍，因即獻議道：“諸君若棄軍東走，一亭長便足縛君，不如相率西進，攻撲長安，爲董公報仇，事得幸成，奉國家以正天下；否則走亦未遲。”一言喪邦，詡實禍首。傕等遂傳諭部曲道：“京師不下赦文，我等總難免一死，今欲死中求生，計惟力攻長安，戰勝可得天下，不勝當抄掠三輔，奪取婦女財物，西歸故鄉，尚可延命。”全是盜賊思想。大衆聽着，應聲如雷，隨即一擁齊出，倍道西行。王允聞警，召入涼州弁目胡文才楊整修二人，忿然與語道：“關東鼠子，果欲何爲卿等可呼與同來，聽我發落”片語可懾羣虜麼胡楊雖受命東往，心下很是不平，到了傕等營內，反言允布異心，勸他急進。傕等沿路收兵，所有牛輔部下諸散卒，悉數趨附，還有董卓舊將樊稠李蒙等，亦同時會合，數約十餘萬人，直抵長安。呂布登城拒守，相持八日，部下有蜀兵生變，潛開城門，納入外兵，傕等縱兵四掠，闔城鼎沸，呂布仗戟與戰，自辰至午，雖得刺死多人，怎奈亂兵甚衆，並且拚死進來，前仆後繼，越戰越勇，布亦禁遏不住，部兵又多散去；不得已殺開血路，出走青瑣門，使人招王允同奔。允長嘆道：“若蒙社稷威靈，得安國家，乃允所素願，萬一無成，允惟有一死以謝。主上幼衝，所恃惟允，臨難苟免，允不忍爲，請爲允傳語關東諸公，努力國家，易危爲安，允死亦瞑目了”人之將死，其言也善。布乃將卓頭懸諸馬下，帶領殘騎數百人，東出武關，投奔袁術去了。