隨着“廣庚”號的投降，十幾分鍾之後，從巡洋艦到炮艦，再到魚雷快艇，全部都懸掛了白旗。有的魚雷艇沒有準備白旗，只好把大清龍旗給倒過來懸掛，以示變節。
就這樣，除了“廣元”號與“楚泰”號還在頑抗，其餘大小戰船全部停戰。
面對孤立無助的局面，“廣元”號管帶向李準提出了兩個建議，其一投降，其二撤退。
李準起初還堅持要戰到底，哪怕就算只有“廣元”號一艘戰船，他也絕不會向亂黨投降或者退縮。聽了這番話，管帶知道李準是心意已決，可是他自己還抱有求生的希望，在苦勸無果之下，只好改用威脅之言。
“提督大人，此戰再無可戰，你我仁至義盡。如果提督大人不識時務，末將可不會讓全船兄弟們陪同提督大人一人白白送命。滿清氣數已盡，哪怕提督大人還要抱着愚忠到底的想法，那也得考慮手下兄弟們是否也有這個決心。末將最後一次懇求提督大人下令停火投降，若不然，末將只好率兄弟們棄船上岸了。”
聽了管帶的話，李準當場怔住了，他第一個念頭就是必須處死管帶。
而管帶早就戒備在心，他一直緊緊的盯着李準的動作，就在對方還要去拔槍時，搶先一步拔出了自己的槍對準了過去。
“提督大人，別怪末將無禮了。”他大喝了一聲，然後用眼神向身後的親信示意了一下。幾個士兵馬上就衝了上去，將李準的槍卸了下來，然後用準備的好繩子五花大綁了起來。
李準一直破口大罵，拼死進行掙扎，不過這一切都成爲了徒勞。
沒過多久，“廣元”號也懸掛了白旗，隨之“楚泰”號也跟風投降。
梁鴻楷負責監督廣東水師大本營善後工作，他一一審問過了廣東水師的幾個主要將領，除了李準是激烈反抗之外，其餘所有人都表示支持革命，願意聽從革命軍領袖的調遣。當然，這些水師將領回答的很含糊，因爲目前爲止還不能確定到底誰纔是真正的革命領袖。梁鴻楷知道自己還沒有資格涉及這個問題，所以也沒有多理會，最後他只吩咐幾個將領節制好各自手下，並且限期剪掉鞭子、燒燬所有滿清旗幟，以示決心。
至於李準，因爲他是水師提督的身份，官銜不小，如果貿然槍斃只怕會讓水師官兵變心，所以只好派了幾個革命士兵將其押送到將軍府，交給吳紹霆來處置。
廣東水師的停戰投誠，標誌着廣州起義大功告成。
吳紹霆回到將軍府之後，馬上開始整頓廣州城的秩序。他先讓鄧鏗抽調麾下三個營營衛隊、第一標標衛隊，以及第二標標衛隊，再加上王雲等後哨的幾十名士兵，合計三百名士兵成立爲革命政府警衛營，擔任將軍府周圍的保衛工作。之後，他讓李福林集合所有民軍，對民軍進行整頓並按照軍事單位來編制。這麼做的目的，就是不讓這夥散漫的民軍遊手好閒，在城內到處亂逛，單單軍事改編差不多就能讓他們忙上半個月了。
制定好這兩項基礎工作，他又召集所有起義軍將領，開始佈置城區維安工作。除了炮兵在總督府大院內留守，他讓其餘部隊按照隊爲單位，劃分廣州城內城外管制區，逮捕在管制區內造亂的人，不管對方舊軍散兵還是走散的民軍，一律一視同仁。他甚至還給出指示，若有必要，可以開槍射殺。
除此之外，他讓莫擎宇帶領第二標參謀官，分別前往廣州下轄三個縣府，負責接管這些縣府的軍政事宜。<dd>