民國初，閩都督府其少數高級官員由臨時大總統委任，餘則用舊人員，全府實有官佐職員159名，福建都督孫道仁。都督府設參謀長、軍政祕書長、高等顧問及行政祕書處。主要辦事機構爲軍務司，下轄八科:有軍務、人事、軍事、經理、軍需、執法、醫務、總務科等，共76人。軍務司轄衛隊、陸軍醫院、陸軍監獄。此外，都督府有將校隊安排編余軍官。都督府除一些差役爲僱員外，餘皆軍人。多數人有軍銜，校尉官分步兵、炮兵、騎兵三類，擔任文職工作的軍法官、祕書、書記等不授軍銜。
陸軍第十四師與防衛軍
清末陸軍暫編第十鎮，原爲湘軍。辛亥革命後即改爲閩軍第一鎮，許崇智爲統制。民國元年19128月，南京陸軍部電令改編爲福建陸軍第十四師。民國2年4月，許崇智中將奉令暫代師長。轄步兵第17、28旅，每旅2團，每團步兵3營均缺第2營；炮兵2營，工兵1營，騎兵、輜重各1連，軍樂1隊。共有官1人，兵7336人，匠夫943人。同年12月5日，第十四師奉令撤消，部隊被遣散。
憲兵1營，官23人，兵147人，匠夫25人。1908大軍閥
防衛軍4營、福建長門護臺陸軍第五標2營，共有官165人，兵2328人，匠夫236人。
民國元年10月以上三部合計:官769人，兵9811人，匠夫1204人，共11784人。
地方司令部與巡防隊
福州、泉州、漳州元年10月底撤，合爲漳泉、汀州、廈門、延津今南平等地方司令部，編制極不統一，設官參差不齊。福州城守地方司令官兼帶巡防營，設官共10人。除軍需官、書記官外，還有司城官7，差遣員29，先鋒隊先鋒官28。泉州地方司令部設執事官等13人。汀州地方司令部設官2人。延津又稱延建地方司令處設官10人，另有先鋒官113人。漳州地方司令部設官40人。民國2年10月，臨時大總統任原福建護軍使黃培松爲廈門要塞司令官，並裁去護軍使一職。12月，又任黃爲福建漳泉總司令官，黃擁所部民軍千餘人，仍駐漳州。並設直隸陸軍部的清鄉辦公署。廈門駐軍爲福建鎮撫使岑春煊率領的江蘇部隊，歸黃培松節制。新任福建護軍使李厚基不容黃的存在，不久即逼黃退出，部隊被接收。
民國初巡防隊的編制、佈防仍沿襲前清舊例。巡防隊各路司令隸屬都督指揮，與地方司令官共同負責內衛。民國元年巡防隊有17營每營3哨，300人左右，共有官255人，兵5151人。分前後中左右五路:前路三營，司令陳金魁兼福州地方司令處總執法，2年3月補陸軍少將；後路二營，司令範慶升駐漳州；中路五營，司令曹春發駐泉州；左路五營，司令徐鏡清兼建寧鎮總兵，該部2000餘人，駐閩江上游，爲兵力最強的一路，徐在2年3月補陸軍少將；右路二營，司令劉蔚駐汀州，2年3月補陸軍少將。各營設官不一，大多有管帶官、軍需長、書記長、醫生。各哨有哨長、哨官、司書生。此外，還有福建鎮撫使的衛隊二營，駐廈門、漳州。各炮臺官兵共1600人。以上元年10月共官兵6907人。
義勇隊、水師與綠營隊
閩軍義勇隊原有6營，民國初擴至28營，有官224人，兵35人。每營分二哨，計百餘人，有管帶官、書記長各1，哨長2，司書生3。駐省城2營，餘分佈全省。元年10月報遣散後尚有9營，實仍保留第1至第26營的番號。
福安水師、內河水師隸屬延建地方司令官各三營。
綠營隊爲前清歷年裁併留存者，官360人，兵5654人。元年3月以上共有官兵7695人。至民國3年除內河水師保留，餘均裁撤。
閩廈要塞總司令官轄電光山主臺、長門禮臺、劃鰍炮臺、煙臺山炮臺、北岸炮臺、廈門胡裏山炮臺。各臺設管帶少校。另有水雷營，共有官兵1600人。北洋軍建制變化頻繁，但要塞炮臺基本不變。
陸軍小學校及其它
閩陸軍小學校又稱陸軍步校民國初辦兩期，除軍官照章輪流入學，另招自費生，一年或一年半畢業，兩期約百餘人；後復設講武堂，由各營選送學員，7個月畢業，約90人。學校官員設監督、提調、書記官、軍械官、軍需官各1，隊長2，區隊長5；助教1，教員11分國文、歷史、地理、數學、理化、英文、東日文兼軍歌；內外科醫生、稽查員、司務長，會計員、軍械司事、庫儲司事各1，司書生3，共設教職員34人。
福建陸軍測量局及軍械各局廠等，每局設文職二三人。
福建護軍使署
民國3年至11年19141922李厚基統治福建，其頭銜時有變換，但始終由其獨攬全省軍政大權。李自直隸今河北入閩時帶一個旅，不久，即擁有三個混成旅陸軍第十、十一、十四旅與一個步兵旅福建陸軍第一旅。混成旅屬北洋中央政府編制，餉銀由中央撥給；步兵旅屬地方編制，餉銀由省撥給。正規軍外，還設省警備隊和鹽務緝私營。至民國10年9月擴充至1個師3個混成旅與9個混成團。即福建陸軍第二師、福建陸軍第一混成旅、陸軍第十混成旅、陸軍第十一混成旅、福建陸軍第一至第七混成團、福建省警備隊第一、第二混成團。李擴充實力的辦法有二:一是以補充缺額爲名，從原駐防地直隸河間、馬廠與江蘇徐州兩地募兵，入閩不久即擴所部兩團爲兩旅；二是靠地方財政拉擾收編他部。後者番號時常變換，編制極不統一，各軍就地給養，財政紊亂爭端迭起。中央也曾設法限制李的權力，但不見效早在民國7年10月北洋中央政府決定結束閩省軍事辦法兩條:一爲縮減兵額，限定當年十月底止，海軍陸戰隊原有十團獨立第四師原有六團獨立第十四師原有六團各縮減至四團止，省防軍第一、第二旅每旅二團、教導團各以一團爲限。二是調換防地:陸戰隊第一旅閩江上游一帶；陸戰隊第二旅福寧府屬今寧德地區；獨立第十四師興化今莆田地區，泉州各屬安溪除外；獨立第四師漳州屬，安溪、永春、德化、大田；省防軍第一旅汀州；省防軍第二旅龍巖；省防軍教導團省城。但因戰事發生，此法無效。摘自南京第二歷史檔案館全宗一○九九，卷2。
民國7年，閩粵戰事起。4月，北京政府委李厚基與浙軍師長董葆暄爲援粵軍正副總司令，李在廈門設立援粵軍總司令部。李於9月兵敗後，10月北京派援閩陸軍第二十四混成旅王永泉部入閩。8年4月粵軍陳炯明與李談判達成協議，兩軍劃地而守。9年8月孫中山先生令陳炯明率部回粵對付桂軍，李接收了粵軍所佔的地盤。李爲了鞏固自己的統治，又一次擴軍，將閩粵戰事中擴編的四個支隊由張清汝、辛桂芳、周永桂、史廷颶任支隊司令改編爲四個旅中一旅後又升爲第三師。另建福建陸軍第一、二獨立旅，以周永桂、張毅爲旅長。李爲了防患王永泉與臧致平，將各部隊分散駐紮，穿插佈防，派王獻臣的第三師駐防汀州府屬各縣，唐國謨的第十混成旅的一個團駐延平府屬各縣，以鉗制王永泉；派第一師第二旅旅長張清汝駐泉州，張毅的第二獨立旅駐漳州，第十混成旅的另一個團駐廈門，以牽制臧致平。