護政權如何組織蔡鍔、唐繼堯各擔任什麼角色孫代興在護國運動史中描述，在起義前的軍事會議上，蔡鍔和唐繼堯都表示謙讓。唐繼堯表示:“我願意帶兵出征，老前輩蔡公你遠道而來，十分辛苦。你就在雲南留守吧。”蔡鍔則說:“爲了國家民族的利益，我願意效命疆場”雙方都言辭誠懇，最後，大夥商定:蔡鍔統兵徵川，唐繼堯留守雲南。並定名:出征者爲總司令，留守者爲都督，都督和總司令地位平等。涉及公事，兩人必須互相徵求意見。關於停戰、議和等事宜，兩人必須達成一致才能做決定。
起義前的軍事會議還確定，雲南先行編制護國第一軍當時還沒提到在雲南編組第二軍和第三軍，蔡鍔任總司令，統率全部滇軍主力出征。1915年12月26日，護第一軍總司令部在昆明八省會館正式成立。
曾有人提議設“臨時元帥府”
關於留守後方的軍事組織問題，在宣佈起義前的軍事會議上也有過爭議。戴戡提議，設立臨時元帥府，推舉臨時元帥，作爲臨時總統。同時召集各省議會，作爲臨時國會之雛型，建立“臨時政府”的基礎，與北京的袁世凱政府對抗。提議遭到了不少人的反對，認爲設元帥府不利於促使其他各省響應起義。於是，黃毓成、李烈鈞、方聲濤、趙又新等人提出，應照中華民國成立時的體制和名稱，設立中華民國雲南都督府，其首腦仍稱“都督”，以爲一省之統治機關。這個提議獲得了多數人的支持和與會者的通過。這樣，袁世凱政府的“雲南將軍”和“巡按使”名稱宣佈撤消，雲南都督府成立。關於護政府的名稱，在當時的文電中並不是完全統一的。綜合各種記，專家認爲稱“中華民國雲南都督府”較妥。1908大軍閥
雲南都督府成立後，制定了雲南都督府組織條例。都督唐繼堯任命戴戡、任可澄原巡按使爲左、右參贊；趙藩、袁嘉穀、張耀曾爲參議；由雲龍任祕書廳長，張子貞任參謀廳長，陳廷策任政務廳長，籍忠寅任財政廳長籍辭職後，由陳鈞繼任。其後，又增設司法廳，任丁兆冠爲司法廳長。並分別擬定了各廳的辦事
唐繼堯在早年曾加入同盟會，參與了雲南辛亥起義和護國首義，對資產階級革命立下了功勳。但是護國戰爭以後，唐繼堯野心膨脹，墮落爲封建軍閥。他利用護國的威名，以雲南爲基地，開始了擴張地盤，對人民實行軍事統治的軍閥生涯。
當護國戰爭剛剛結束，軍事行動事實上已經停止的時候，唐繼堯將護國3軍擴大爲8個軍。以“北伐”爲名，向四川擴張，企圖盤踞雲貴，控制四川，問鼎中原。1917年，孫中山爲了反對北洋軍閥段祺瑞的統治，掀起了“護法”運動，在廣州成立護法軍軍政府。這時，滇系唐繼堯與桂系陸榮廷相呼應，表面上參加護法，暗地裏進行擴張，對孫中山的護法軍政府不僅不支持，反而明目張膽地拆臺和抵制，使孫中山非常失望，被迫辭去軍政府大元帥，通電斥責滇、桂系軍閥“態度猶屬暖昧，似尚置根本大.法於不顧”；“顧吾國之大患，莫大於武人之爭雄，南與北如一丘之貉。號稱護法之省，亦莫肯俯首於法律及民意之下。”
1921年初，入川滇軍第一軍軍長顧品珍不滿唐繼堯的對外擴張，率滇軍返川，進逼昆明，唐繼堯被迫流落香港。1922年3月，唐繼堯與滇南土匪吳學顯等部相勾結，殺害顧品珍，實現“二次回滇”，重掌雲南大權。但畢竟時過境遷，威風大遜於當年，因此也主張什麼“廢督裁兵”、“聯省自治”，但同時又繼續向四川、貴州擴張，卻未能得逞。
1926年下半年，從廣州出發的北伐軍節節勝利，唐繼堯惶惶不安，進一步加緊了與直係軍閥吳佩孚、孫傳芳的勾結，在雲南高唱“反.共”、“討赤”的調子。
1926年11月，雲南地下黨組織雲南特別支部成立。爲了配合北伐戰爭的進行，雲南特別支部組織了以李鑫爲首的雲南政治.鬥爭委員會，專門策劃倒唐工作。雲南政治.鬥爭委員會的成員幾乎全是雲南黨內負責各團體、各方面工作的人員，他們推動各社會團體、廣大羣衆結成反軍閥鬥爭的統一戰線，並與掌握實權的軍人胡若愚、龍雲等人加強了聯繫。1927年1月，雲南政治.鬥爭委員會爲了發動羣衆，印發了唐繼堯禍滇十大罪狀的材料進行宣傳。
雲南人民反唐鬥爭高漲，眼看唐繼堯統治即將崩潰，昆明鎮守使龍雲、蒙自鎮守使胡若愚、昭通鎮守使張汝驥、大理鎮守使李選廷等四鎮守使不得不聯合起來。要求唐繼堯改革政治。他們向唐繼堯提出要求，改組省政府，靠攏國民黨中央，還政於民等。但唐繼堯未曾理會。1927年2月2日是農曆新年，部隊官兵要求唐繼堯發清歷年所欠軍餉。可是唐繼堯不僅未能發給官兵的欠餉，新年來到也只發半個月的伙食費，軍中大爲不滿，互相鼓譟。四鎮守使利用風潮，趁機調兵進逼昆明。
2月5日晚、6日晨，四鎮守使聯名舉行“兵諫”，發出通電，要求懲辦貪污，摒除“小人”。電報要求唐繼堯“遠親賢，公開政治，安內睦外，易轍改弦”。事變當日，龍雲
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派兵把守昆明各城門、要地，並逮捕了唐繼堯手下的20多名民憤大的官員。這就是推翻唐繼堯統治雲南14年之久的“二六”政變。
政變發生時，唐繼堯企圖進行鎮壓，但內部已經分化。當龍雲的野戰部隊進入昆明近郊安寧，胡若愚的軍隊到達宜良，張汝驥的軍隊進到楊林，李選廷的軍隊到達祿豐時，對昆明的包圍即已完成，唐繼堯見大勢已去，被迫交出政權。
2月22日，四鎮守使等在宜良法明寺舉行會議，決定採用合議制，組織省務委員會，通過了省務委員會組織大綱，“擁戴”唐繼堯爲有名無實的省務委員會“總裁”。3月15日，省務委員會在昆明成立，以胡若愚、龍雲、張汝驥、李選廷等9人爲省務委員會委員，並推胡若愚爲省務委員會主席。