他在作爲九一八事變的主要策劃者之一，在日軍佔領關外之後，與主張繼續擴大戰爭的東條英機等人產生分歧，最後被棄用，從關東軍副參謀長的職位上調任回國。
石原莞爾是日軍中有名的智將，與板垣徵四郎號稱：石原之智，板垣之膽。
兩人很早之前就認識，在中國時，板垣就是石原的頂頭上司。
板垣是個優秀的官僚，情商高，熟悉官場的套路，但他智商一般，奇謀不多；石原恰恰跟他相反情商低，人際關係永遠處不好，但是智商高，好謀略。
從各方面看，兩個小鬼子倒是互補，石原負責出主意，尋找立功機會，板垣負責升官，提高影響力，於是這倆人成爲日本軍中最着名的哼哈二將。
板垣徵四郎對石原的理論十分佩服，一字不漏全記在筆記本上。
1928年，石原回國，到關東軍任作戰參謀，一年後，板垣升任關東軍高級參謀，這倆終於搭在一起。
九一八事變實際是軍隊不聽國家、下屬不聽命令的以下亂上之爲，這在日語中專門有下克上。
按理這些發動事變的軍人都應受到軍法處置，因爲在《大日本帝國陸軍刑法》中有明確規定，比如第37條：“司令官無故擅權命令軍隊進退者，處死刑或無期徒刑或七年以上有期徒刑”；第38條：“不等待命令而無故戰鬥者，處死刑或無期徒刑或七年以上有期徒刑”。
但九一八事變取得了巨大成功，這些不聽話的小鬼子不光沒有受到懲戒，反都加官進爵。
本莊繁1933年升爲大將，成爲昭和天皇的侍從武官長，板垣徵四郎晉少將，後於1941年升爲大將。
石原更是成爲大日本帝國陸軍的英雄，大日本帝國的英雄。
1932年8月，石原莞爾晉升大左，1935年8月升任參謀本部作戰課課長，36年6月任戰爭指導課課長，37年3月晉升爲少將，並升任參謀本部作戰部部長。
這速度，簡直是坐上了火箭。
進入決策機構和軍隊高層的石原莞爾繼續提出各種戰略構想：
“日本的國策是成爲東亞的指導者，爲此一定要具備能夠排除蘇美英壓迫的實力。在充實能夠對抗蘇美英的軍備特別是航空兵力的同時，做好穩固日滿和北支（華北），完成進行持久戰的準備的基礎工作。
完成了軍備的充實和持久戰的準備後，首先開始積極工作以儘快迫使蘇俄放棄進攻遠東的圖謀。在此期間努力與美國保持親善關係，蘇俄屈服後與其建立親善關係，將英國實力驅逐出東亞，解放東亞各民族。
蘇俄和英國屈服後，領導東亞各國合作使其實力得到飛躍發展，準備和美國的大決戰。”
首先對蘇放棄進攻戰略，而代以在武力後備上的談判，不與其交惡。
對美國則“努力保持親善關係”，因爲石原知道雖然日本和滿洲都有豐富的煤鐵資源，但缺少最重要的戰略資源：石油和橡膠，需要美國支援。
對華則是“穩固日滿和北支（華北），完成進行持久戰的準備的基礎工作”，反對擴大戰爭。
總結一下，就是：挑動國共內戰，加緊建設滿洲，鞏固華北，堵住俄國人南下；滲透南洋，得到馬來亞的橡膠和文來的石油；充分發展經濟，等到日本領導的亞洲力量強大後，再和美國進行“最終戰爭。
如果他的方略成行，二戰時日本肯定不與美國開戰，因爲時機尚未成熟，如此一來，中國一定無法復興，至少，東北別想還回來。
而擁有朝鮮、東北和琉球的日本，總人口2億多，面積500多萬平方公里，足以成爲世界性強國。
石原對國際政治和軍事都具有深刻的洞察力，七七事變後，中日戰爭全面爆發，石原第一個認識會形成“持久戰”，甚至比一號都要早。
日本山形縣鶴岡市，石原莞爾家中，院外則是跪着好多日本軍官。
“兄長，門外聚集了好多軍官，請求見你一面！”石原莞爾的弟弟石原三郎說道。
石原莞爾又怎麼會不知道外邊的情況，自從退出現役之後，難得清閒了一段時間，但是自打41年之後，日軍在中國情況急轉直下，日軍內部的少壯派軍官對請石原莞爾出山的呼聲越來越高。
但是日本大本營並沒有理會，反而繼續使戰爭擴大化，這令石原莞爾極其不滿，索性耍起了脾氣，閉門會客。
現年五十三歲的石原莞爾身體並不好，原因石原莞爾在關東軍任職書時曾被自己所配軍刀捅中襠部，導致尿道口撕裂，飽受折磨。
“縱使我重新被起用又如何，大日本帝國已經沒有勝利的希望了，況且軍部內排擠我的人太多了！”
“如果大本營不能答應我的請求，我是不會出山的！”石原莞爾似乎還在賭氣。
1937年是石原人生的頂峯，二二六兵變中，他因爲反應迅速，表現出色，於1937年3月晉升少將，並被任命爲參謀本部作戰部部長，統領整個軍部。
但是九一八事變是日本近代史最成功的“下克上”行動。
石原莞爾成功後，加官進爵好不快活，於是後輩日本軍人無不以他爲榜樣，不聽國內和高層指揮，頻頻在各處發動“下克上”事件。
這是石原始料未及的，石原本來想的是滿洲對日本很重要，拿下滿洲後，就應該停止戰爭，因爲消化滿洲至少得二十年，否則以日本孱弱的國力，根本無力爭奪其他領土。
但不聽話的下屬太多，九一八事變後，關東軍把觸角伸到中國華北，頻頻有所動作。
石原根本無法說服這些少壯派軍官，理由很簡單，石原就是“下克上”起家的，當年石原的上官也沒能約束他。
最終七七事變爆發，將日本拖入了全面戰爭的萬劫深淵，石原的官路也走到末途。
七七事變後，榮升參謀本部作戰部部長的石原莞爾，在軍部會議上康慨陳詞，反對擴大戰爭。
他的下屬們卻是說道：“我們就是學石原先輩的做法，有什麼不對嗎”
石原啞口無言。
中日全面戰爭爆發後，主張不戰的石原莞爾被排擠出中央。
1937年9月，他調任關東軍參謀次長，當時的關東軍參謀長是東條英機，兩人不和。
後來東條升任陸軍次長，沒有推薦石原當關東軍參謀總長，而是推薦他的親信磯谷廉介接任。