誰都看得出來，李世民是生氣了。
在場大臣都爲魏徵捏了一把汗，可魏徵卻是神色自如，不慌不忙地說：“可惜先太子沒有聽我的話，否則他不會落得今天這樣的結果。”
大臣們聽了更加緊張。沒想到李世民倒轉怒爲喜。他器重魏徵的正直，不但不處分他，還任命他做了諫議大夫。
李建成、李元吉死後不久，他們手下的人惟恐受到株連，人人自危。
爲安定人心，李世民宣佈大赦天下，凡是玄武門之變前與故太子和齊王有關係的人一律無罪，如有人再告發，就要反坐，受到懲罰。
但人們還是不放心，李世民就派魏徵到河北一帶進行安撫，途中碰到州縣官員押送兩名李建成和李元吉的舊部。
魏徵不避嫌疑，同副使商量後命令將他們釋放了，李世民誇獎他做事能以國家爲重。
在華夏曆史上，唐初宰相魏徵以敢於向皇帝直言進諫著稱。
不管什麼時候，只要李世民有不對的地方，魏徵就會據理力爭，進行勸說，即使唐太宗因此而大發脾氣，他也毫不畏懼，照舊慷慨陳詞。
有一年，李世民派人徵兵，有人建議，不滿十八歲的男子，只要個頭大，也可以應徵。
李世民同意了，但魏徵將詔書扣住不發，李世民催了幾次，魏徵還是不發。
李世民大發雷霆，訓斥魏徵爲何扣發他的詔書，魏徵不慌不忙地說：“我聽說，把湖水弄乾捉魚，雖能捉到魚，但到明年就無魚可捉了；把樹林燒光捉野獸，也會捉到野獸，但到明年就無獸可捉了。”
“如果把那些身體強壯，但不滿十八的男子徵來當兵，以後還從哪裏徵兵呢？國家的租稅雜役又由誰來承擔呢？”
“陛下的詔書上清楚地寫着徵召十八歲以上的男子當兵，現在不到十八歲的也應徵，這豈不是說話不講信用嗎？”
說得唐太宗啞口無言，好半天才說：“我過去總以爲你固執，不通情達理，今天聽你議論國家大事，才知道我的過錯很大啊！”
當然，李世民對魏徵的勸諫並不是每一次都能愉快接受的，有時是既恨又怕，甚至還想幹脆殺掉他！
有一次，李世民罷朝回來，氣沖沖地對皇后說：“我應當殺了這個鄉下佬。”
長孫皇后趕忙問要殺誰，李世民說：“魏徵這傢伙老是在朝廷上折辱我，我實在忍不了了。”
皇后聽了這話，連忙回去換上一身朝服，恭恭敬敬地站在庭院裏。
李世民見了，十分驚訝，問她這是在幹什麼，皇后說：“我聽說只有聖明的君主纔能有正直的臣下；現在魏徵正直敢言，全是由陛下的英明所致呀，我怎敢不表示我的祝賀呢？”
太宗聽了，覺得很羞愧，這才放棄了殺掉魏徵的想法。
李世民畢竟是一位明君，他雖然也像常人一樣，喜歡聽順耳諛辭，不喜歡聽逆耳忠言，但他還是能剋制住自己的情緒，保持較爲清醒的頭腦。
所以，他對魏徵既尊重，又保持着良好的感情。
貞觀元年，魏徵被升任尚書左丞。這時，有人奏告他私自提拔親戚作官，李世民立即派御史大夫溫彥博調查此事。
結果，查無證據，純屬誣告，但李世民仍派人轉告魏徵說：“今後要遠避嫌疑，不要再惹出這樣的麻煩。”
魏徵當即面奏說：“我聽說君臣之間，相互協助，義同一體。如果不講秉公辦事，只講遠避嫌疑，那麼國家興亡，或未可知。”
並請求李世民要使自己作良臣而不要作忠臣。
李世民詢問忠臣和良臣有何區別，魏徵答道：“使自己身獲美名，使君主成爲明君，子孫相繼，福祿無疆，是爲良臣；使自己身受殺戮，使君主淪爲暴君，家國並喪，空有其名，是爲忠臣。以此而言，二者相去甚遠。”
李世民聞言，不斷點頭稱是。
貞觀中期以後，朝廷大臣都盡力歌頌太平盛世，魏徵卻給李世民上了一道奏章，指出他十個方面的缺點，希望他警惕，保持貞觀初年的好作風。