之所以打了這麼久，也是因爲朱樹人要求比較高，規定比較嚴。
原本負責城西的秦良玉，在看到城內火起、得知東邊王家兄弟已經先登之後，就打算孤注一擲猛攻西城門和城樓，重點突破兩面夾擊。至於西城的其他牆段，就沒必要嚴密圍攻了，城南城北更是可以空出來，任由賊軍潰兵逃散。
畢竟窮寇莫追，歸師勿遏。張明志的人馬雖然戰力不強，可真要是狗急跳牆了，也是夠白桿兵喝一壺的。
既然城都註定破了，還不如留兩個口子，既能趁勢掩殺，還能瓦解守兵巷戰死戰到底的決心。
然而，秦良玉的這個打算，卻提前被朱樹人預防了。朱樹人提前留下負責聯絡的張煌言，在城西觀察秦良玉的指揮，並且明確要求秦良玉“即使看到城內火起、必能破城，也不許放鬆西城的陸上封鎖線”，絕不能讓絕望的守兵逃出去。
朱樹人要的是一場徹底圍殲的大勝，而且要儘量對戰術保密。這樣才能讓某些新穎的戰術，多發揮幾次突然性，後續攻打重慶時也能繼續利用。
一些新戰術，如果只用了一次，就立刻被敵人知道了，並且有了思想準備，那就太浪費了。萬縣這種小地方，何德何能配讓朱樹人暴露一張底牌？
另一方面，朱樹人也是不希望重慶的白文選太快知道萬縣淪陷的消息，這樣後續的行動中，敵人才能在戰爭迷霧中儘量多蒙一會兒。
加上萬縣這地方三面瀕臨長江，也確實有封鎖消息的客觀地理優勢，不充分利用就太浪費了。
秦良玉當時還有點猶豫，拿“要提防守軍殘兵因爲無路可逃而狗急跳牆負隅頑抗”這個理由，試圖說服張煌言。
但張煌言非常堅定，只是善意地分析：“秦總鎮，不是撫臺大人爲難您，實在是爲了大局。至於狗急跳牆，這您不必擔心，您只要徹底封死城西即可，城南城北不用管。
您只要防止從南北門出城的敵人，往西迂迴從陸路突圍，就算大功一件。陸路被堵死後，流賊肯定還會試圖直接從南門外坐小船逃跑。
而長江江面上的封鎖，就不需要你們操心了，我自會帶領湖廣水師代勞。”
秦良玉一聽朱樹人和張煌言原來戰前就想得這麼細了，也就再沒有任何質疑。
這不是真正的“四面圍死”，還是給敵人留了一條看似活路的退路的，狗急跳牆的心理也就激勵不起來了。
要等真走上這條退路後，纔會發現這條活路其實也是死路，是陷阱。但大江之上，意志力是完全沒用的，再狗急跳牆也只有全部餵魚。
陸軍是一種可以靠意志力提升戰力的兵種，
而海軍從來不是。
海軍是冷血的技術兵種，士卒再熱血意志堅強哪怕跟神風敢死隊一樣，技戰術水平和裝備有代差，一萬個來一萬個死。
……
朱樹人的預料最終完全都實現了，於是，戰鬥就持續到了當天入夜時分。
從下午到傍晚，數以千計的流賊逃兵在認識到城池註定失守後，從南北門蜂擁逃出，陸路突圍不成，又奪船逃竄。
爲了搶船，還自相殘殺了一番，可謂舟中指可掬也。
但無論他們怎麼掙扎，最後還是免不了被擁有更迅捷快船的官軍水師徹底圍殺。
守將張明志也在突圍的途中，被朱樹人親率的水師戰船撞翻。
官軍水師也不是沒給過他投降的機會，畢竟是先喊話迫降再實施撞沉的。但對方直到相撞的那一刻也沒表態投降，還存有衝出去的僥倖心理，那落水之後就沒什麼好多說的了。
官軍將士們一頓亂魚叉，往水中那個着甲掙扎的身影扎去，捅成馬蜂窩後，再用魚叉尾部繫着的繩子拖上來，拉回城去慶功。
一衆四川本地將領，包括秦良玉在內，人人都對朱樹人的部署有方、令行禁止，欽佩不已。
王光興王光昌兄弟二人率先拜服表態：“國姓爺之軍略，真乃諸葛武侯再世！末將實在是服了。慚愧啊，出戰之前，末將還以爲國姓爺是看不上我等原先從過流賊的部隊，想讓咱幹苦活累活、把功勞讓給嫡系人馬，
末將真是豬油蒙了心，竟沒能看出國姓爺的雄才偉略，高風亮節。這紅夷大炮裝在戰船上、直接轟城門城樓，實在是痛快啊！以後但凡再有戰事，國姓爺讓咱打哪咱就打哪！”
“城內的守軍，一看到咱有如此大威力的重炮可以直接轟塌城樓，肯定會趁着我軍立足未穩、上岸人數還不多，出城反衝試圖奪炮毀炮，這一點國姓爺也一定早就料到了吧？
真是運籌帷幄中，決勝千里外，如此神機妙算，我大明有救了啊！”
朱樹人都被這些人吹捧得有點不好意思了，天地良心，這些人說的第二點，什麼“城內守軍知道繼續白白挨轟遲早是死，所以會開門衝出試圖毀炮”這一層，朱樹人戰前是真沒想到。
完全是仗打到了這個份上，一切都順其自然，水到渠成，就演化成了這個形態。
但既然新收復的屬下們要腦補迪化，把主帥想象腦補得更加神算，朱樹人也不會去刻意戳穿。
哪怕是歪打正着，給自己身上多套一層半層的諸葛亮光環，不好麼？“諸葛村夫”千百年來在四川地區，有多麼受當地人神話愛戴尊崇，朱樹人當然是知道的。
好歹還能提升更多士氣，讓後續在四川的軍事行動中，指揮起部隊時更加得心應手，令行禁止。所以就讓他們繼續誤會吧。
於是，他只是高深莫測地稍微謙虛了幾句，但也不否認任何具體判斷，只是說：“誒，區區萬縣，一鼓而下，滅敵萬人，也不是什麼大不了的事兒、
此戰能取得如此戰果，我的部署不過起到了一點微小的作用而已，關鍵還是秦老將軍和諸位用命。當然，最關鍵的，是張獻忠自己不能權衡利弊，進退維谷，不知取捨——
當初他要是能一鼓作氣，拿下重慶後就全師東進，直撲奉節，甚至拿下奉節，封鎖瞿塘峽，今日我們哪裏還有機會求戰？
如果拿不下奉節，堵不住瞿塘峽，那他就該一開始全軍直撲成都，把流賊的流竄作戰發揮到極致，不派兵留守後路。
結果張獻忠顯然是兩個都想要，既想堵住川外官軍入川增援，又想速取成都，把最肥碩的果實喫到嘴裏，結果就是兩個至少有一個要不到，如果撤退不及，其中一路人馬還會遭受毀滅性重創。