然而政務還要辦。顧命大臣下獄的下獄，待罪的待罪，軍機處只剩下文祥一個軍機大臣，幾乎變成空轉，這樣的狀況，亟待改變。
倒不僅僅是補人的問題補人總是容易的，關鍵是要將朝廷的政制先確定下來。
皇帝還在沖齡，不能親裁大政。在這樣的情況下，必得有人輔佐，代行皇權。既然顧命制度已經被砸得粉碎，那麼無非是在攝政與垂簾之間，做一個選擇。
攝政，現有一個恭王，算是合適的人選。然而說到攝政，多爾袞的例子擺在那裏，殷鑑不遠，當時若不是孝莊太后曲意周旋，甚至傳出“太后下嫁”的祕聞，則帝系幾乎就要旁落到他人的身上去。因此沒有人再敢做這樣的倡議，就連恭王本人，也萬萬不敢做這樣的念想。
既然攝政不可行，那剩下的唯一選擇，就是垂簾了。實際上，這已經是朝中大老心照不宣的事情，而恭王在熱河與兩宮的密談中，彼此也已經取得了很好的默契慈禧太后的原話是：“以後外面的事兒，我們姐倆都託付給六爺”.
這樣的說法，說白了就是一句話你秉政，我垂簾
這算是在攝政和垂簾之間，一種折中的辦法，也是在兩宮太后和恭親王之間的一種平衡。暫時來看，兩方對這樣的體制，都表示滿意。
有了這樣一個宗旨，剩下的事情就是召集王公大臣、六部九卿、翰詹科道，集議垂簾的章程。這是需要時日的事情，急也急不來，倒是另外兩件事，必須馬上處理，拖不得了。
一是樞臣的人選，由恭王開了六個人的軍機大臣名單，呈送兩宮御覽。名單上的人，是恭王，桂良，寶鋆，文祥，沈兆霖，曹毓英。其中沈兆霖是戶部尚書，也是反肅的健將，得了這個職位也算是題中應有之義；而曹毓英則是從軍機章京領班，超擢爲軍機大臣，自然是爲了酬庸他潛伏熱河一載，居中調度，機謀百出，終於打倒肅順的功勞。
第二件事，是議定八位顧命大臣的罪名。既然案子是比照謀逆來辦的，那麼領頭的肅順、載垣和端華，就絕無活命之理，穆蔭，匡源，杜翰，焦佑瀛，景壽，也該各有應得之咎。
殺肅順，在慈禧太后看來，是大快心意之事。肅順當時在熱河跋扈不臣，斷絕宮禁，逼得兩宮俯首認錯的情形，她至今想起來，仍然是恨意滿盈。但爲了表示對恭王的尊重，她還是問道：“照律例的話，他們三個，該得個什麼罪呢”
“回聖母皇太后的話，依大清律，矯詔竊政是謀反的大罪，不分首從，皆領凌遲之罪。”恭王大聲回道。
要活剮不僅慈安太后臉色變得刷白，就連慈禧太后的手，也抖了一下。
“這是不是太狠了一點兒他們三個，都是親貴，律例不是有議親議貴的說法麼”
“謀反之罪，不在議親議貴之列不然”後面的話沒有說出來，但兩宮太后已經明白了。能矯詔竊政的，本來就非親即貴，若是一個平頭百姓，大約也輪不上他來“謀反”。在這樣的情形下，若是還要“議親議貴”，那就等於說連“謀反”的大罪都可以輕輕放過，何以收震懾之效
“看怎麼能減一點吧。”慈禧太后的本意，是殺掉肅順就可以了，凌遲之刑畢竟太過殘忍，她不願意給人留下一個刻薄寡恩的形象。於是按着“恩自上出”的說法，將肅順定了棄市，而載垣和端華則得賞一個全屍，賜令自盡。
剩下的五個人裏面，兩位太后和恭親王，獨惡杜翰。他替肅順他們出了不少壞主意，包括意圖劫駕的那一回，若不是關卓凡趕到護駕，結局如何就難說了。可見杜翰罪行的程度，實在不下於載垣和端華，照理，也該難逃一死。然而
“他是杜師傅的兒子。”恭王輕聲說道，兩位太后得了這一個提醒，不做聲了。
這是明擺着的，咸豐皇帝能得大位，全靠老師杜受田的幫忙，不然眼前的恭親王，當年就會成爲皇帝，那兩宮太后的身份，就不過是四王府的一位嫡福晉和一位側福晉罷了，哪有今日之尊因此無論如何，不可以把杜受田的兒子一刀殺了。
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sp;在兩宮太后而言，是不可殺，在恭王而言，則是不能殺。他的心裏，雖然把杜翰恨得牙癢癢的，但如果殺了杜翰，必然會被人譏刺，說他將對杜受田的不滿，發泄到人家兒子身上。“公報私仇”這個名聲，倘若爲清議所播，擔不起。
於是將剩下的五個人分爲三等，景壽以反正的功勞，邀得寬免，不再加罪；穆蔭、匡源、焦佑瀛，革職永不敘用；杜翰則定了充軍，發往極北苦寒的烏蘇雅裏臺。
“讓他滾得遠遠兒的，這輩子都別回來。”二十六歲的慈禧，恨恨地說。
罰完了過，就輪到賞功了，要對這次政變中立下功勞的主要人員，做第一次封賞，以爲激勵。這裏面，也有個訣竅，就是賞得留有餘地畢竟時間倉促，賞格可能會定得不合適，如果低了，那麼下一次可以再加上去，但如果定得高了，那就會尷尬，總不成明發了以後再追奪回來
第一功自然是恭王，於是在和碩親王的名號之上，另賜了一個響亮的名頭“議政王”。這是一個極大的殊榮，表明恭王的身份，不是一般的樞臣領袖，不僅地位在諸王之上，而且秉持大政的含義，呼之欲出。
其次是曹毓英，除了進入軍機之外，還賞了左都御史的頭銜，總領柏臺。
醇郡王賞了正黃旗領侍衛內大臣，總掌宮禁宿衛，是個極重要的位置，也讓他好武喜兵的夙願，一得所償。
勝保官升一級，另加賞所有武將最爲看重的花翎一支。
接下來，終於輪到那個五品的佐領關卓凡了。爲了酬謝他的迭立大功，恭親王把原來留京的麟魁，從步軍衙門調上刑部，爲的是給關卓凡騰出一個左翼總兵的位置。
直升二品的總兵恭王得意的想，當初許給他的諾言，完全兌現，關卓凡一定會感激異常。而這個賞格雖然重了些，但兩宮太后，想來亦不會反對。
“關卓凡立下的大功，我們姐妹倆，可都是親眼看見的，”聽了恭王的話，慈禧先看了慈安太后一眼，才緩緩對恭王說道：“六爺，我想賞功罰過，總要讓人能心服口服纔好，這個關卓凡的賞格，是不是可以再斟酌一下”
平素話不多的慈安太后，也點頭說道：“是啊，這個關卓凡，真的是忠心耿耿。出生入死的，是該好好賞一賞他。”
原來不但不反對，而且還意猶未足向來機敏善言的恭王，被弄得瞠目結舌，一時不知所對。關卓凡以五品的身份，驟進爲二品，已經算是極大的提拔，不知慈禧太后，何以對他格外青眼有加
“九門提督的位置，不是還空着麼這是個要緊的職位，該好好琢磨琢磨，找個合適的人選。”慈禧太后還是用商量的口吻向恭王說。
雖然是商量的口吻，用心卻昭然若揭。九門提督，也就是步軍統領，掌握京城的治安。迴鑾以後，文祥不再兼任，恭王已經將這個職位許給了蒙古的瑞常。現在慈禧太后開了口，倒讓人難辦了。
跪在後面的文祥，看出恭親王的尷尬，開口替他解圍：“啓稟母后皇太后，聖母皇太后，步軍統領衙門，事關京師安危，非得有一個熟稔京師防務，穩重老道的人來主持。臣等商議過，覺得以瑞常來調補，最是合適。關卓凡忠勇有加，只要稍加歷練，自然會有大用之日，求兩位太后明鑑。”
慈禧屬意關卓凡，倒並不全爲了自己的那一段私情。關卓凡在危難之時屢屢救駕，給她和慈安留下的印象太深刻，因此她和慈安太后都覺得，如果關卓凡能夠提督九城，那她們在深宮之中，才足以心安。現在聽了文祥的話，知道自己想左了正如文祥所暗示的，關卓凡到底還年輕，缺乏歷練之下，驟然擔當這個職位，恐怕也做不好。
“文祥這一番話，是老成謀國之言，我們姐妹倆是想差了，”慈禧太后坦然認錯，“六爺，我們有見識不到的地方，你不要客氣，儘管說。”
太后做這樣的表示，恭王自然很欣慰，說：“不敢，臣一定盡力。”
“那麼，就給關卓凡再加個虛銜好了，算是我們姐妹倆，送給他的一份體面。”慈禧太后微笑着說，“六爺，你看成不成呢”
“是，請兩位太后示下，加一個什麼銜頭”
“我看，御前侍衛就好。”
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