用大沙船改裝的戰艦發揮了作用，追擊時艦艇前面甲板上的大炮還能射擊，雖然沒有重創敵艦，但是對敵艦上面的設施破壞不少。
因爲明軍的艦炮口徑小，幾乎傷不到對方，在戰鬥中不打船體，反而專門轟風帆和甲板。
炮臺在上面，位置較高發揮了作用，一陣亂跑齊發，打得尼德蘭人也很狼狽。
等蔡復一的廣東戰艦趕來，尼德蘭人早已不見了蹤影，已經跑回了澎湖列島基地去了。
明軍在廈門之戰體會到尼德蘭戰艦高大堅厚的實力，尼德蘭戰船「前後左右俱裝巨炮，一發十里，當之無不立碎「的威力。
這時新任福建巡撫南居益到任，朝廷明令福建當局配合王宏宇組織艦隊，趕製戰艦和艦載炮，派出小型快船隨時偵測佔據澎湖列島的尼德蘭海軍動向。
等廣東的戰艦離開，尼德蘭人的戰艦又返回幾艘封鎖了漳州海口。大量商人不能出海，這些商人對「紅毛鬼」恨之入骨，尤其是損失商船與貨物的商人紛紛謀劃報復尼德蘭人。
這天有廈門的中國商人代表薜伯泉到來向尼德蘭人提議；福建商人願爲尼德蘭人和明朝官府斡旋談判做牽線人。
在商人們的努力下，尼德蘭人同意讓司令弗朗斯率領兩艘單桅帆船前往廈門談判。
尼德蘭人代表抵達廈門，由於雙方信任不足，談判在尼德蘭船上進行。在達成初步協議後，明朝的三名官員上船作爲人質，邀請尼德蘭人派出幾位船長上岸會見都督見證簽署協議。
尼德蘭人經過會議後決定由弗朗斯司令率領一名船長一名商務長執行這項任務，陪同上岸的約有30人。
尼德蘭三名代表前往都督府會見，其它尼德蘭人在岸上接受廈門官員的招待。
在宴會中廈門官員使盡了灌醉下毒等諸多手段，尼德蘭代表團隨即被囚禁，凌晨四時，兩艘尼德蘭單桅帆船便遭受到50艘火船的襲擊，其中一艘被燒燬。
這只是明軍和尼德蘭人一系列衝突的開始。
燒燬尼德蘭船隻後，福建明軍開始集結正式誓師出戰，蔡復一派去了兩艘大型戰艦助戰來了，福建巡撫南居益親自浮海至金門，下令渡海出擊澎湖。
攻擊行動很不順利，隨後在這個月內明軍再次派兵澎湖增援。幾個月下來，澎湖仍未攻下來，尼德蘭人仍在堅守。
當時與尼德蘭人私下貿易的海商海盜團伙都在躍躍欲試想要支援尼德蘭人，他們正在聚集在澎湖海域上。
副總兵俞諮皋，曾就此事向南居益報告說：明軍必須加緊進攻了，戰事曠日持久的下去明軍糧餉都要接濟不上了。
這時候王宏宇派來了火銃部隊支援來了，運來了大量糧食。明軍誓師總攻，挫敗尼德蘭的野戰兵力，然後又成僵持狀態。
尼德蘭新司令官孫克抵達澎湖，他發現明尼危機正在擴大，形勢已十分嚴峻。
王宏宇一直沒有派出主力應戰，其實他在拖。
大型戰艦和大型艦載炮還在趕製過程，明軍主力還在調配中，糧食與戰略物資還沒有到位。
他故意讓南居益在明軍損失不大的情況下，圍困加小打，逐漸佔領了周圍所有島嶼。但是給尼德蘭人生的希望，讓他們求援，把協助倭國攻打高麗的海軍調過來。
那裏有大量戰艦和武裝商船，還有許多運輸船。既要把尼德蘭海軍一鍋端，也起到圍魏救趙的作用，並且把十多萬倭寇留在高
麗南方。
先吸引尼德蘭在亞洲的海軍過來，然後第二步就是控制馬六甲海峽，建設星洲爲新加坡。
再之後消滅無法逃跑的倭寇，消滅了倭寇的主力，就可以肢解倭國，徹底解決這個兵力最龐大的敵人。
袁可立支持毛文龍、張神武騷擾建奴；韓浚調動山東南直隸力量，保證大運河暢通無阻，同時支持袁可立。英國公張維賢、總兵魯欽在對付白蓮教，最大程度保障後方的安穩。
所以，孫克認爲尼德蘭方面沒有派來支援力量，自己再繼續戰鬥下去已沒有希望了，火藥和炮彈所剩不多了，必須儘快解決這場衝突。
明軍再次兵分三路，直逼夷城。尼德蘭人想走已經不可能了，孫克確定只要他的戰艦一動，四處島礁上就會有紅夷大炮，還有那種可燃燒的碎石彈就會封鎖海路。
現在的局面是：孫克把尼德蘭的大小戰艦，還有幾十艘武裝商船排列在風櫃子紅毛城四周的海面，用艦載大炮射程遠的優勢，讓明軍戰艦無法靠近，因爲明軍的大型艦載炮很少。
只要尼德蘭人還有糧食喫，明軍的艦船再多，人員再多也不能接近尼德蘭戰艦10裏以內，明軍主將着急也沒用。
而尼德蘭人因爲無法補充火藥和炮彈也不敢輕易發射炮彈，雙方視乎均不敢越雷池一步，只要一萬多明軍補給不上只能退兵。
孫克早已派出快船去高麗那邊報信了，估計大批尼德蘭海軍戰艦要不了多少天就能趕到澎湖列島，只要裏外夾擊明軍就會作鳥獸散，危機就解除了。
尼德蘭人因爲人少，糧食、澹水支持幾個月沒問題，可明軍補給船沒幾艘，海量的糧食和澹水能支持多久？
其實孫克想錯了，明軍許多戰艦均是用大沙船改裝而成，運輸船的排水量都很大，出發前南居益就收到了王宏宇的飛鴿傳書。
現在那些改裝船裏的壓艙石全部用糧食和澹水代替了，一萬多人使用半年都富富有餘，明軍根本就不用考慮補給問題。
由於王宏宇讓朝廷做出防備，蔡復一也有好友多方提前聯繫。
澎湖巡檢司守住了，在澎湖也增兵、修炮臺、完善港口。
澎湖東邊不遠處的寶島，也在派人正式在寶島西部建立北港，並安置北港巡檢司。