東漢的央政府組成沿用西漢官制，以三公領九卿爲基本架構。但是實際政治權力已經完全轉移到尚書檯。東漢皇帝即位，往往以太傅或太尉錄尚書事，總領政務。御史臺體制貶損，成爲少府屬官。侍從西漢的加官轉爲正式職務，設侍寺作爲侍的正式官署，隸屬少府。
太傅
東漢一朝，由於講求經術，太子宮臣以太傅爲首。太傅藉此向太子灌輸自己的政治理念。太子即位後，往往以太傅錄尚書事，成爲事實的丞相。歷史，趙熹、鄧彪、張禹、馮石、馮魴、桓焉、趙浚均以太傅錄尚書事。太傅死，即除此官（不再任命），以示崇重。漢靈帝時，以陳蕃爲太傅錄尚書事，後來陳蕃被處死，以胡廣繼任，這是唯一的例外。
與西漢以太師、太傅、太保爲公不同，東漢唯以太傅爲公，無太師、太保官。漢獻帝時，董卓遷都長安，自任太師，位在太傅。這是權臣擅權所爲，死後即廢。
三公
東漢以太尉、司徒、司空爲三公，位次公。三公師長百僚，名義爲最高官職，其實並無實際權力。
東漢任命三公多以知名經師爲之，以宣揚經術治國的理念。其實不過是政治花瓶而已。皇帝以尚書參決政務，並不以實權付三公。因三公以碩儒經師居官，所以往往要爲很小的差錯承擔非常嚴重的責任，以示高節。例如：宋弘爲大司空，在位五年，因考覈黨太守無所依據而免官。伏湛行大司徒事，以冬祭高廟（漢高祖劉邦的宗廟），因河南尹與司隸校尉在廟爭論失儀，而伏湛沒有奏此事，免官。漢光武帝對大臣非常嚴厲、苛刻，韓歆爲司徒，以直言忤旨，免官遣歸鄉里，與其子皆自殺。之後，歐陽歙、戴涉相繼任大司徒，下場都是論罪下獄、被處死。
太尉
漢光武帝即位，置大司馬官，負責全國軍官的考覈，每歲末，評定等次，奏皇帝，作爲軍官升遷、降調的依據，當時有大司馬吳漢。
參考：《後漢書·百官一》太尉條原注：“掌四方兵事功課，歲盡即奏其殿最而行賞罰。”
建武二十七年（51年）改大司馬爲太尉。
按東漢制度，三公掌謀議國之大政。太尉的主要參政途徑是與司徒、司空共同討論皇帝交議的國政，定議後會銜奏。東漢一朝，僅見牟融、徐防以太尉錄尚書事，與太傅參決政事。這說明太尉除非被任命爲錄尚書事，並沒有決定政務的職權。
按東漢以三公領九卿的制度，太尉領太常、衛尉、光祿勳三卿。太尉府屬吏有：長史一人，秩千石，總管各曹事務。各曹掾、史、屬共二十四人。在諸曹，西曹負責太尉府官吏的任免；東曹負責二千石的遷調；戶曹負責戶籍、祭祀、農桑；奏曹負責奏議；辭曹負責審理案件，接受訴；法曹負責驛站事務；尉曹負責士卒和囚犯的徵調、運輸事務；賊曹負責緝拿盜賊；決曹負責裁決刑法；兵曹負責軍事事務；金曹負責貨幣與鹽鐵事務；倉曹負責國家倉庫事務。此外，還有黃閣，主簿，是閣下諸吏的長官。另有令史及御屬二十三人，閣下令史負責太尉的儀仗執事；記室令史負責太尉府的奏章等各種書的管理；門令史負責太尉府門衛。其他令史分隸諸曹，辦理書事務。從東漢太尉府諸曹的設置以及職掌來看，太尉的管轄範圍似乎非常廣，但那都是名義的東西，太尉諸曹所領事務，或受制於尚書檯，或僅僅爲牘往來，本身並沒有可否之權，而且太尉對本府諸曹事務並沒有實際節制的權力。
漢光武帝即位，置大司徒官，負責人民教化，掌禮儀諸事。與太尉、司空共同討論皇帝交議的國政，定議後會銜奏。
參考：《漢官儀》：“王莽時，議以漢無司徒官，故定三公之號曰大司馬、大司徒、大司空。世祖（劉秀廟號）即位，因而不改。”《後漢書·百官一》載：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、遜順、謙儉、養生送死之事，則議其制，建其度。凡四方民事功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。”
建武二十七年（公元51年），去“大”，稱司徒。
司徒領太僕、鴻臚、廷尉三卿。屬吏有長史一人，秩千石。掾屬三十一人。
司空
漢光武帝即位，置大司空官，負責水利工程、城防建築、宮室營建等事務。與太尉、司徒共同討論皇帝交議的國政，定議後會銜奏。
參考：《後漢書·百官一》雲：“掌水土事。凡營城起邑，浚溝洫、修墳防之事，則議其利，建其功。凡四方水土功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。”
建武二十七年（公元51年）去“大”，稱“司空”。漢獻帝建安十三年（公元208年），改司空爲御史大夫，職掌不變，不領御史臺，與前代御史大夫僅僅是名稱相同而已。
司空領宗正、少府、司農三卿。司空屬吏有長史一人、掾屬二十九人、令史及御屬四十二人。
大司馬
漢武帝廢太尉設大司馬，加於大將軍、驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍之。東漢光武帝又廢大司馬爲太尉，爲掌管軍政和軍賦的最高官職，即全國最高軍事長官。東漢時太尉與司徒、司空並稱三公。東漢光武帝劉秀時削弱三公的權利，後來三公幾乎無實權只是榮譽的象徵。東漢末年，三公（太尉、司徒、司空）已成爲虛職，在三公之外另設大司馬，大司馬和大將軍均位在三公之，如劉虞、權臣李傕。三國時期，各國在三公之外另設大司馬，一般由大將軍升遷而來。如：魏國的大司馬曹仁、曹休、曹真；蜀漢的的大司馬蔣琬；吳國設有大司馬和左大司馬、右大司馬，一般由大將軍或者大將軍升遷而來，如丁奉、呂岱、陸抗、施績、朱然。
九卿
東漢沿西漢制度，以太常、光祿勳、衛尉、太僕、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府爲九卿。與西漢不同的是，東漢九卿分隸屬三公。太常、光祿勳、衛尉三卿屬太尉；太僕、廷尉、大鴻臚三卿屬司徒；宗正、大司農、少府三卿屬司空。
東漢九卿均於官稱加“卿”字，如太常卿等，秩二千石。除此之外，東漢九卿與西漢不同者還有：一、光祿勳除西漢的五官郎將、左郎將、右郎將、虎賁郎將、羽林郎將之外，增置東郎將、北郎將、西郎將、南郎將。二、少府尚書改稱尚書檯，由西漢的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改爲六曹：改常侍曹爲吏曹，增三公曹，將主客曹分爲南主客曹與北主客曹。尚書檯增設左右丞二人，諸曹侍郎各六人，令史諸曹各三人，事務繁劇的曹增令史各三人。尚書檯組織較西漢尚書要重要、龐大的多。