因此，在徐州會戰爆發前，日軍大本營便考慮實施武漢會戰，不僅令陸軍在制定徐州會戰計劃時要“預想到會戰以後的形勢，要將武漢會戰的實施也考慮進去”，而且令海軍“以攻佔漢口爲目的，向南京——漢口——嶽州間的長江及其沿岸準備作戰”，並於五月間陸續給中國方面的艦隊增強兵力。
六月三日，日軍大本營下令海軍“控制長江下游大部水路，保證交通安全”，“可先攻佔南京上游的安慶”，作爲進攻武漢的前進基地。
六月中旬，日軍大本營擬定當年秋季攻佔漢口和廣州的作戰指導大綱，認爲“攻佔漢口是早日結束戰爭的最大機會”，“通過這一作戰，可以做到以武力解決中國事變的大半”，“從歷史上看，只要攻佔了漢口、廣州，就可以統治中國”，“只要控制了中原地區，實質上即是統治了全中國”。
六月下旬，日本研究和制定國家政策的智囊團“昭和研究會”提出：“國民政府目前雖然已喪失了華北、華中的重要省份，然後只要國民政府還盤踞在漢口，漢口就是主要以西北各省爲其勢力範圍的****軍和主要控制着西南各省的國民黨軍之間的結合點和兩黨合作的楔子。”
“所以，首先爲了摧毀抗日戰爭的最大因素——國共合作勢力，攻下漢口是絕對有必要的，因爲佔領漢口，才能切斷國共統治地區的聯繫，並可能產生兩黨的分裂。同時，攻下漢口，對於新政權來說，可以把漢口以下的長江下游流域歸入統治圈內，這樣纔可以謀求經濟的獨立，以及實現華中地區的復興。”
“相反，丟失漢口對於國民政府來說，意味着喪失湖南、湖北的糧倉地帶和中國內地唯一的大經濟中心，不但會造成該政府經濟自給的困難，並且會減弱現在唯一的大量武器輸入通道——粵漢路的軍事、經濟價值。這樣一來，即使該政府逃到四川或是雲南，以保餘命，但在這種山嶽地帶，也無法發揮比一個地方政權更大的作用。”
正是基於以上認識，六月底日本御前會議決定執行攻佔武漢及廣州的作戰計劃。
七月初，東京大本營發動武漢會戰的命令正式下達到日本華中方面軍司令部，引起一陣議論。
“司令官閣下，帝**隊連續作戰一年多，又累又乏，已經無法再繼續進行大規模的會戰……帝國國內雖進行了總動員，徵兵工作非常順利，但很多士兵都是剛剛放下書本的高中生，只進行過基本的軍事訓練，剛剛學會打槍，沒有掌握任何戰術技能，對於步炮協同等更是沒有一個基本的概念。”
岡村寧次苦口婆心地勸解：“再則，吳銘的新二軍就盤踞在浙西衢州一帶，一旦他們走出山地丘陵地區，以新二軍的戰鬥力，對我大後方將是一個致命的威脅。以我們區區五個半留守師團，需要防守那麼多地區，完全不是新二軍的對手！我們應該在剷除衢州的新二軍之後，再攻打武漢！”
畑俊六眉頭微蹙，站起來敷衍地說道：“岡村君，你的顧慮東京大本營是知道的，甚至天皇陛下也很清楚。但是，我們現在必須儘快用武力迫使蔣介石政府投降，攻佔武漢是當前最好的選擇。”
岡村寧次不肯放棄，繼續勸說：“司令官閣下，你好好想想，徐州會戰時新二軍小股部隊就頻頻搶劫鐵路沿線大日本帝國運往前線的武器彈藥以及糧食等物資，使得我們沒能及時支援前線部隊，直接導致徐州支那軍主力脫離了我們的包圍……我們不能再犯同樣的錯誤了。”
列席會議的東久邇稔彥王不屑地看了岡村寧次一眼，一聲輕哼，譏諷道：
“岡村君，你是被吳銘給打怕了吧？吳銘雖然厲害，屢次率部擊敗帝**隊，但是回到衢州的新二軍已是殘缺不全，你派出一個大隊就直接滲透到他們的老巢，製造了巨大麻煩。從這一點看，新二軍已經虛弱到了極點……這樣一支部隊，我們大日本帝國皇軍有什麼好擔心的呢？”
這個東久邇稔彥也與他哥哥朝香宮鳩彥一樣，是自大慣了的傢伙，總是被熱血給衝昏頭腦。
岡村寧次斜看了東久邇稔彥一眼，懶得跟這個皇族將軍廢話，繼續對畑俊六勸說：“司令官閣下，我——”
“岡村君，不要再說了！”
畑俊六打斷岡村寧次的話，粗着脖子道：“東京大本營已經下達作戰命令，我們只能無條件執行……岡村君，你難道忘記軍人的天職了嗎？”
“這，可是……我們——”
“岡村君，你是第十一軍司令官，如果你不贊成進攻，你大可自行辭去第十一軍司令官職務，來個眼不見不煩！現在各部已經準備就緒，只等進攻命令下達……你要明白，奪取武漢是天皇陛下親自制定的戰略目標！”
畑俊六兩眼眯成一條縫，語氣越發地嚴厲。
聽到是天皇陛下親自下達的諭旨，岡村寧次只得把嘴邊的話給嚥了回去，無奈之下，答應率領第十一軍進攻武漢。
整個華中方面軍飛快地進入預定進攻位置，由司令官畑俊六大將統一指揮，共調集第二、第十一兩個集團軍共一百四十個聯隊合計二十五萬大軍。
整個會戰，日軍呈進攻態勢，分爲兩個方向進攻，以岡村寧次指揮第十一軍五個半師團沿長江兩岸主攻武漢；東久邇宮稔彥王指揮第二軍四個半師團沿大別山北麓助攻武漢，以及海軍及川古志郎第三艦隊一百二十餘艘艦艇，陸軍航空兵德川好敏的航空兵團五百餘架飛機，另以華中派遣軍直轄的五個師團分別擔任對上海、南京、杭州等地區的警備任務，以鞏固後方，保障此次作戰。
由於擔心武漢會戰期間衢州的新二軍出幺蛾子，東京大本營將留守國內的近衛師團裝船運往上海，開赴江浙一帶，以牽制吳銘所部。
日本第十一軍主力沿長江南岸地區進攻，以波田支隊在瑞昌東北登岸遭到****第三集團軍阻擊後，匯合日軍第九師團，一同擊潰守兵，佔領瑞昌。
日軍第二十七師團經月餘進攻，佔領箬溪，向咸寧進犯。第一〇一師團
渡過鄱陽湖，向德安地區的第一兵團進攻，雙方成膠着狀態。