但是隨着大明海禁的解除，倭寇勢力的逐漸恢復，雖然現在倭寇已經無法像以前那樣直接乘船到達大明的南方沿海進行騷擾了？
但是朝鮮、琉球以及大明在東亞海域的商船的安全卻依舊處於倭寇的威脅之下，爲了防止倭寇重新出現在大明南方的海域，朱厚照開始派軍隊駐紮耽羅島以及琉球島。
在第一條封鎖倭寇的島鏈之上，大明的平民們不爲所知的戰爭超過一百多次，倭寇多次想要衝破明軍的防線登陸朝鮮、琉球乃至大明的本土，不過最後都在三國的打擊之下是失敗告終。甚至有多次還被大明海軍偷襲了老巢。
不過不可否認倭寇的韌性確實是不錯，隨着朝鮮和大明突然的交惡，頓時倭寇頓時捲土重來想要大舉進軍朝鮮。幸好朝鮮很快便戰敗了，讓大明可以從容不迫的應對倭寇的來犯。
進軍漢城的耽羅島守軍迅速回撤，和琉球方面援助的海軍在對方到來之前就已經做好了防禦準備，這也讓對方無功而返。
雖然這一次沒有爆發戰爭，但是朱厚照已經不打算在這樣被動消極的防守下去了，朱厚照要主動出擊了。大明也該主動出擊了。
“打一場永久性徹底殲滅倭寇的戰爭。”這是大明的口號。
在這樣的指導思想之下，大明出動駐守遼東、耽羅島以及琉球的所海軍。總計大小船隻六百多艘，海軍將士五萬多人，同時出動一千多艘運兵船前後計劃運送大明騎兵五萬，火槍兵十萬，傳統冷兵器步兵五萬，總計多大二十萬步兵赴島作戰。
此時的倭寇剛好處於極度的動亂時期。按照倭國的天皇統治，現在他們處於後柏原天皇時期，但是這位父親死了只有一百貫文錢下葬。自己死後都差點無錢安葬的天皇正處於人生的悲慘時期，毫無實權的他隨意的被國內的諸侯們操縱着生死。
而從幕府上來說，此時的倭國正處於室町幕府的後期，在公元1338年，延元3年，北朝歷應元年，室町幕府的先祖足利尊氏從北朝天皇那裏獲得徵夷大將軍稱號。在京都建立了室町幕府，從而開始了起家族崛起的步伐。
1367年11月，足利義滿就任室町幕府的第三代將軍，在二十多年後隨着足利義滿徹底消滅了倭國南朝的國統，倭國開始真正得以樹立稍微安定的政權，國家開始統一。而室町幕府也開始了其長達百年之久的統治，一直到現在，室町幕府還沒有滅亡。
而從時期上劃分，此時的倭國處於“應仁之亂”開啓的其戰國時期的前期。
五十多年前的1467年，圍繞將軍繼承問題。室町幕府內部形成分裂，細川氏與山名氏兩大名的傾軋白熱化。以細川勝元爲統率的16萬東軍挾天皇、將軍與以山名持豐、大內政弘爲首的11萬西軍在京都展開大戰。這場戰爭被稱之爲“應仁之亂”。
戰爭之中室町幕府權威完全掃地，但是偏偏當時的幕府將軍足利義政無意於政治，不僅在戰亂中大興土木，營造別墅銀閣寺，還在戈矛聲中飲酒作樂，過着風雅生活。
其子義尚繼位後，曾想重整幕府威勢，卻於親征近江的六角高賴時陣亡。
至此，隨着長多十幾年的戰亂，以及先後兩代幕府將軍無意亦或有心無力的沒能挽回局勢，室町幕府徹底的失去了對於天下的掌控，各地羣雄開始逐漸收攏勢力，相互征伐，戰國的爭霸相繼拉開了帷幕。
不過雖然幕府之勢已是風前之燭，岌岌可危名存實亡了，但俗話說百足之蟲死而不僵，靠着以前的底蘊，室町幕府仍舊不失爲倭國內部的一大勢力。
戰國時期的倭國根據其“近畿七道”的行政分區而劃分，共有八十八國。聽起來國家很多，名氣很霸氣，但其實整個倭國都是一塊彈丸之地，在分成八十八個國家，可以說一個國家幾乎就相當於一個縣長。
三軍未動糧草先行，在耽羅島以及琉球島上囤積了足夠多的糧食之後，這一場大明前所未有的跨海大作戰正式開始拉開了帷幕。
首先出戰的就是海軍了，遼東艦隊爲海軍主力，耽羅島、琉球島海軍歸其節制。這場以永遠消滅倭寇的戰爭第一戰發生在了倭國九州島的對馬國。
九州島，倭寇最爲集中的地方，可以說天下倭寇盡出九州島都不爲過，肥前、肥後、豐前、豐後、筑前、筑後、薩摩、日向、大隅、對馬，這些九州島上以及附近的諸侯國向來以盛產倭寇文明，其中更是以薩摩最爲出名。
九州島上對於大明向來持以戒備的心態，特別是最近幾年隨着大明海軍越來越強大，他們更是開始了私下裏結合以共同對抗大明的海軍。
對馬島位於朝鮮和倭國的中間，是兩國之間戰爭的一塊踏腳石，想要進攻倭國，必須要先一步佔領對馬島。
不過對於對馬島的重要性，九州島上的那些諸侯國同樣清楚，在對馬宗室大名發出了告急求援之後，肥前、肥後、豐前、豐後、筑前、筑後、薩摩、日向、大隅這九個稱霸九州島的諸侯國立馬開始進入戰爭狀態，共同結盟組成聯軍。
九州島不缺海軍，在對馬島海域，大明的五萬多海軍和對馬、薩摩等十國的兩萬多海軍展開了對峙。
大明海軍軍艦衆多，船體巨大，軍艦排列整齊、進退有素，而對方的海軍則輕便靈活，佔據主場之利。