此次與倭寇海盜聯軍作戰雖然贏了，但其實打的非常艱苦，幾乎每個自新軍將士身上都帶着傷，這也暴露了東蕃兵力不足的短板，如果倭寇不上當，沒有進入郭致遠在雞籠灣設下的埋伏包圍圈，而是分兵去打北港和大員，那郭致遠真抓瞎了。
所以這一次郭致遠準備大擴軍，將自新軍擴充到三萬，這樣可以在北港、基隆、大員各放一萬自新軍駐守，再加上劉若思的守備軍和沈有容的水師，足以保衛東蕃安全了。
擴軍的兵源也好解決，如今東蕃的新移民已經接近二十萬，而且對東蕃的認同感都很高，只要郭致遠貼出招兵公告，肯定應者雲集，這些新移民中以青壯居多，到東蕃以後營養也跟上來了，加上郭致**時對新移民務工勞作都採用軍事化管理，兵源素質很是不差，只要稍加訓練，讓自新軍裏的百戰老兵以老帶新，很快就能形成戰鬥力。
另外對於在此戰關鍵時刻立下大功的兩支“奇兵”，阿布帶領的泰雅族勇士軍和達克斯帶領的黑羅剎軍郭致遠也準備進一步擴充，如今阿布和郭致遠已經盡棄前嫌，打打戰就能讓族人過上不愁溫飽的幸福生活，這樣的好事哪裏找，所以阿布一聽說郭致遠要擴軍很是上心，一早就進山去尋找其他族系的泰雅族人，爲郭致遠招兵去了。
黑羅剎軍郭致遠準備擴充到500人，達克斯已經跟隨海貿船隊出海，去呂宋一帶尋找自己的舊部，郭致遠給了他足夠的銀子，即便是找不到過去的舊部，在呂宋碼頭幹苦力的黑人不少，要湊足500黑羅剎軍很容易。
不過這裏面有個問題，這次萬曆皇帝駁回了郭致遠要求擴充兵額的請求，說明萬曆皇帝已經對郭致遠起了戒心，若是郭致遠再大張旗鼓地擴軍就等同直接造反了，暫時郭致遠還不想和朝廷撕破臉，所以郭致遠只能採用迂迴策略，他讓自新軍現有的一半士兵以傷病原因“退役”，然後招募新兵補上來，等新兵形成戰鬥力後再讓另一半的自新軍“退役”，再招募新兵補上來，但實際上那些“退役”的老兵都是退而不休，隨時能夠召集，這樣一來就等於把自新軍的兵力擴充了一倍。
最讓郭致遠頭疼的是武器裝備，三萬軍隊所需要的武器裝備可不是一個小數目，現在朝廷已經對東蕃起了戒心，對於來往東蕃的商船盤查很嚴，軍事物資更是嚴格管控，所以要想從內陸購買到軍用的制式武器裝備是很難的，好在這次繳獲倭寇海盜的武器裝備不少，雖然損毀嚴重，但讓工坊的工匠修補一下勉強還能用。
不過這終究不是長久之計，東蕃必須擁有自主的武器裝備研發和生產能力，纔不會被朝廷卡脖子，所以這就是郭致遠準備辦的第二件大事，在東蕃辦軍工廠！
但是研發是一回事，要大規模生產裝配部隊又是一回事，這個時代可沒有現代工業的流水線作業機器設備，生產效率低得嚇人，比如燧發槍，趙仕禎早就發明出來，但是僅一根槍管就需要一個熟練工匠做一個月才能完成，武器工坊全力開動，一個月也頂多能生產十幾條燧發槍。所以儘管郭致遠早有辦軍工廠的打算，卻一直沒辦法實現。
不過這個問題現在已經解決了，就在不久前，趙仕禎已經帶着他的研發團隊把水力機牀給發明出來了！水力機牀的原理其實郭致遠早就和趙仕禎說過，只是因爲機牀的精密性要求很高，一直沒能做出合格的成品。
這次水力機牀能夠發明成功卻是一個快被郭致遠遺忘的人立了大功，這個人就是王徵！王徵本是朝廷派來東蕃摻沙子的一員，後來這批摻沙子的官員被郭致遠使計給攆走了，只有王徵留了下來，王徵在原本的歷史時空與徐光啓一起並稱爲“南徐北王”，對於西洋機械頗有研究，在數學方面尤其擅長，所以郭致遠對他也是十分禮遇，落力拉攏。
但王徵對郭致遠卻一直不假辭色，久而久之郭致遠也有些心灰意冷了，加上東蕃要他操心的人和事實在太多，所以漸漸也忘了身邊還有這麼位大神在。王徵在東蕃待了這麼長時間，感受到這裏和朝廷暮氣沉沉完全不同的新氣象，心境慢慢也起了變化，他對郭致遠雖然不怎麼感冒，倒是和同樣醉心學術的趙仕禎很聊得來，趙仕禎也沒有什麼保密意識，在研發水力機牀遇到難題的時候就喜歡拉着王徵一起探討，王徵在數學方面尤其擅長，正好和趙仕禎取長補短，兩位科學狂人不眠不休地鼓搗了幾個月，竟然真的把水力機牀給發明出來了！
有了水力機牀，郭致遠建軍工廠大規模生產武器裝備的想法就可以實現了，過去靠人工一個人一個月才能做出一根燧發槍管，現在用水力機牀半天就能鏜出一根，就算算上後期的人工打磨工序，生產一根燧發槍管也不到三天時間，等於把生產效率足足提高了十倍！
而且有了水力機牀，軍工研究所的許多新發明也可以大規模生產了，比如趙仕禎新發明的一款板甲。明朝軍隊的披甲率其實是不高的，一般的士兵只能穿布甲或皮甲，只有高級將領才能穿鐵甲，這也是導致明朝軍隊戰鬥力不強的重要原因，在面對擅長騎射的滿清軍隊時，布甲或皮甲的防護等於零，完全變成任由滿清軍隊收割的稻草！