不過海商們並沒有能高興多久，很快他們就發現絕跡許久的倭寇和海盜又出現了，幾乎每天都有海船被搶掠，海面上經常能看到被搶掠一空後焚燬的海船殘骸，出海打漁的漁民還經常打撈到被海盜殺死的水手和海商屍體，空前繁榮一下子變成了空前混亂！
不僅如此，因爲無序的競爭，海貿貨物的價格波動也很大，特別是像生絲、茶葉這些很受西洋人歡迎的緊俏海貿商品，價格幾乎是一日幾變，西洋人利用海商們互相競爭的心理，拼命壓低收購價格，導致海貿貨物價格一下子從暴漲變成暴跌，有的貪心的貨商因爲囤積太多虧得血本無歸，因此而搞得家破人亡的比比皆是！
這個時候海商們纔想起郭致遠的好來，以前郭致遠壟斷海貿生意的時候，雖然郭致遠把最大的那塊蛋糕划走了，但因爲和西洋人談的收購價格高，利潤空間還是有的，更重要的是郭致遠把沿海海域的海盜和倭寇都掃蕩了，還派東蕃海軍護航，他們根本不需要擔心安全問題，不像現在提心吊膽不說，一不小心就可能血本無歸！
於是海商們又回過頭來求郭致遠，希望他能站出來主持公道，郭致遠也卻是避而不見，讓人回話說，自新軍此次去遼東抄後金軍後路元氣大傷，他也有心無力，而且因爲父親去世，他不久後就要辭官回鄉守制，只等京城的聖旨一到，他就要離開東蕃了！
郭致遠當然不可能出面，這種局面是他早預料到的，甚至可以說是他故意放縱的，他要想讓萬曆皇帝不得不下旨“奪情”讓他留任，就必須讓萬曆皇帝明白他在東南沿海甚至整個南部海域有着不可或缺的地位和作用，他如果離開了，明朝的南部沿海海域就會出現混亂，甚至會威脅到明朝的統治！
這說起來其實有些不厚道，有點“養寇自重”的意思，但郭致遠的用意遠不在於此，他看得更加深遠，而且他知道即便他不這樣做，這一切也遲早會發生，東蕃長期壟斷海貿生意，不可能不遭人恨，一旦這種怨恨積累到一定的程度，就會爆發出來，而且爆發的時候一定是東蕃遇到困難的時候，到時候東蕃四面皆敵，反而更加被動，不如正好借這個機會提前引爆出來，大亂之後才能大治，只有這樣才能讓朝廷和海商們知道，要想中國的海域安定，就必須要有一個海貿秩序制定者，而他正是這個秩序制定者的最佳人選，到時候他纔出來收拾局面，重新制定海貿新秩序，才能取得長治久安的效果。
而且郭致遠最擔心的還不是海盜和倭寇，這些海盜和倭寇不過是中國沿海的一些窮兇極惡之徒糾集一些日本浪人組成的，成不了心腹大患，他更擔心的是那些西洋人，自打西洋人打通了通往東方的航線後，他們想染指中國的野心就一直沒有斷過，早在正德十六年(1521年)和嘉靖元年(1522年)，最先到達東方的葡萄牙人就對富庶的中國垂涎三尺，和明朝發生了屯門海戰和西草灣海戰，這兩次海戰雖然明朝都打贏了，但靠的是十倍於對手的人數和戰船，如果論戰損的話，其實是遠多於葡萄牙人的。
相比狡猾的葡萄牙人，荷蘭人對中國的野心更加赤果果，他們在1604年就不請自來，趁明軍換防之際，佔據了馬公島（澎湖島），後來被沈有容給斥退不得不撤走，但在原本的歷史時空，他們在1622年又會捲土重來，再次佔據澎湖，還直接用軍艦封鎖了漳州的出海口，讓福建水師無法出動，而福建水師也知道打不過船堅炮利的荷蘭人，一直避而不戰，甚至不惜讓步想把東蕃（臺灣）給荷蘭人，讓他們離開澎湖列島，而嚐到甜頭的荷蘭人居然嫌棄東蕃（臺灣）條件不好，仍然佔據澎湖列島不肯離開！
在這樣的情況下，明朝朝廷才忍無可忍，撤掉了不作爲的陳子貞，下令讓接任的福建巡撫南居益把荷蘭人從澎湖趕走，南居益也知道憑福建水師的實力打不過船堅炮利的荷蘭人，所以招安了此時已開始嶄露頭角的海盜鄭芝龍（鄭成功他爹）來幫忙。
鄭芝龍向南居益獻計，讓他一邊祕密屯集兵力，一邊先向荷蘭人示弱，以談判的名義擺下鴻門宴，荷蘭人的指揮官弗朗斯過於自大，果然中計只帶着2艘單杆小船赴廈門與南居益談判，結果在宴會上，弗朗斯和所有荷蘭使團成員都被南居益下藥灌醉後扣留。接着南居益又讓埋伏好的50艘火船按計劃攻擊了2艘荷蘭小船，結果依然讓其中的一艘逃之夭夭。
天啓四年(1624年)2月，福建巡撫南居益親自乘船到金門，下令明軍(總兵力達1萬人、兵船2百艘)渡海出擊收復澎湖，澎湖海戰打響！福建總兵俞諮皋（名將俞大猷之子）、守備王夢熊，率領兵船至澎湖，登陸白沙島，與荷軍接戰。但荷蘭軍隊依仗堅固的工事與戰艦頑抗，澎湖久攻不下。
隨後明軍三次增兵，而荷蘭人因爲缺少給養，在與明軍交戰七個月後，實在支持不住，終於被明軍趕出了澎湖，荷蘭人帶着殘兵逃往東蕃（臺灣），繼續在大員盤踞。
澎湖海戰雖然是明軍打贏了，但贏得着實不怎麼光彩，先是用計抓了人家的指揮官，後來又在佔據絕對兵力優勢下打了整整七個月才把荷蘭人趕走，此戰明軍共動用兵船二百多艘，兵力一萬多人，耗軍費達十七萬七千餘兩，還不能將荷蘭人全殲，這樣的勝利實在難以自傲，所以荷蘭人仍然不死心，在十年後（1633年）又爆發了著名的明荷料羅灣海戰！