所以陳子貞責令福建水師總兵俞諮皋趕緊出戰，把荷蘭人從澎湖列島趕走。俞諮皋是抗倭名將俞大猷之子，但卻並非名將就能出虎子，俞諮皋非但沒有繼承俞大猷的勇猛善戰，德行也不怎樣，在原本歷史時空俞諮皋還曾在1627年在福建銅山圍剿鄭芝龍，結果卻被鄭芝龍殺得大敗，隻身逃走的俞諮皋後來被朝廷問罪斬首。
連鄭芝龍都打不過，就更別提對上船堅炮利的荷蘭人了，俞諮皋率領福建水師戰船六十餘艘戰船，士兵八千餘人出海，還沒到澎湖列島就遭到了荷蘭戰列艦的迎頭痛擊，大潰而逃，最終俞諮皋只帶着二十餘艘戰船和不到三千士兵逃回廈門，從此避而不戰
而打了勝仗的荷蘭人越發囂張，先是派戰列艦封鎖漳州出海口，後來更是直接攻擊廈門港，擊沉廈門港內停泊的商船戰船共計八十餘艘，荷蘭人的囂張氣焰和暴行引起了福建百姓的極度憤慨，他們聯名向福建巡撫衙門請願，請求福建巡撫衙門向東蕃求援，請郭致遠出山，抗擊荷蘭人
陳子貞之前因爲郭致遠衝冠一怒爲紅顏在福州打了周王世子朱恭枵的事險些丟了巡撫的官帽，花了大把銀子才保住位置，自然是對郭致遠恨得咬牙，打定主意這輩子絕不再和郭致遠這個“禍害”往來，可這次他想不聯絡郭致遠也不行了，再讓荷蘭人這麼橫行下去他這個巡撫位置又要保不住了
所以陳子貞只能厚着臉皮給郭致遠去信，請他出山率領東蕃海軍將荷蘭人從澎湖列島趕走，郭致遠給陳子貞回了信，和之前回復那些海商的話一模一樣，陳子貞也知道郭致遠說的是實情，只得給朝廷上奏摺請萬曆皇帝下旨“奪情”讓郭致遠“在官守制”，好率領自新軍對抗荷蘭人，穩定福建沿海局勢。
朝廷那邊還在爲選來東蕃接替郭致遠的人選爭論不休，接到陳子貞的奏報也傻了眼，遼東這邊局勢還沒完全穩定下來呢，怎麼南邊海上又打起來了朝臣的意見也分爲了兩派，一派說應該下旨“奪情”讓郭致遠“在官守制”出山抗擊紅夷，一派說難道離開他郭致遠就沒人能大戰了應該另外委派大員調集沿海其他省份水師抗擊紅夷，兩派爭執不下，最終只能請萬曆皇帝定奪了。
萬曆皇帝也不想下旨“奪情”讓郭致遠“在官守制”，好不容易有這麼個削去郭致遠權力的機會怎麼能讓郭致遠留下來繼續壯大勢力呢，於是下旨讓南澳總兵沈有容帶兵支援福建，將荷蘭人從澎湖列島趕走，不過他也沒把事做絕，沒有再急着確定去東蕃接替郭致遠的人選，打算等沈有容和荷蘭人交戰的戰報來了再定。
不過沈有容也知道僅憑他手頭的兵力和戰船是難以打敗船堅炮利的荷蘭艦隊的，所以來之前先給福建水師總兵俞諮皋去了信，約定時間，讓俞諮皋率福建水師從廈門港出發，夾擊封鎖漳州出海口的荷蘭艦隊
沈有容不愧是當世名將，他深知敵方和己方的優劣勢，所以把約定夾擊的時間定在了晚上，這樣便能限制荷蘭戰艦的火力優勢發揮。
荷蘭人派了十艘戰列艦封鎖漳州出海口，福建水師的不堪一擊也讓他們麻痹大意了，根本沒想到有人敢夜襲他們，到了約定的時間，沈有容軍率先向荷蘭人的艦隊發動攻擊，俞諮皋的福建水師見到火光也按照約定對荷蘭人發動了夾擊，荷蘭人被打了個措手不及，只能倉促應戰。
不過荷蘭人能成爲海上霸主，軍事素質也是不差的，雖然被打了措手不及，但馬上調整過來，利用其強大的火炮優勢展開還擊，這個時候令沈有容意想不到的事情發生了，俞諮皋率領的福建水師在被荷蘭戰列艦的火炮擊沉兩艘戰船之後就開始潰逃，留下沈有容軍獨自與荷蘭艦隊作戰
沈有容被俞諮皋軍的一戰即潰氣得差點吐血，不過他並沒有退卻，依舊指揮部下英勇作戰，下令點燃蒐羅來的那一百多艘漁船，充作火船向荷蘭人的艦隊發動“火海戰術”，荷蘭人見到鋪天蓋地蜂擁而來的一百多條“火船”也驚呆了，荷蘭人在歐洲戰場從未見過的這樣的打法，所以一下子被打蒙了
而且沈有容在發動夜襲時特意選的上風口，火船體積又小，荷蘭人的火炮很難準確命中，“火船”如乘風之箭，直襲荷蘭人的艦隊，荷蘭人的戰列艦體積龐大，根本無法躲閃，加上火船上還有掛鉤，一旦逼近敵方的戰艦，火船上的敢死隊士兵就會用掛鉤勾住敵方的戰艦，讓敵方戰艦無法擺脫，敢死隊士兵則會跳下海里，利用良好的水性，拿着隨身攜帶的鐵鑿去鑿沉敵方的戰艦。
不過因爲狡猾的荷蘭人擺出的是荷蘭戰艦居中，海盜戰船四周拱衛的防禦陣型，所以沈有容的“火海”戰術並未能盡全功，被火船勾中的多是海盜戰船，只有兩艘荷蘭人的戰列艦被火船勾住，其他八艘戰列艦則利用其龐大的體積衝出了沈有容軍的包圍圈