問題是萬曆皇帝還不好怎麼對付郭致遠，郭致遠畢竟是立了大功的，就連閩粵地方官員的奏摺中也說：“閩粵自有番夷以來，從未有過之大捷！”，這個時候殺功臣那真的要被老百姓罵昏君了，而那些彈劾郭致遠的奏摺也大都是捕風捉影，說郭致遠貪污，那這一年福建的賦稅增長是怎麼來的？說郭致遠有圖謀不軌之心，人家都當着死去的郭正域的面發誓永不叛明瞭，難道你還真要人家以死證清白嗎？
可萬曆皇帝還是不放心郭致遠，他在位四十八年，見過了太多爲了權力而選擇背叛的事情了，就連他曾經無比信任和依重的張居正不也爲了保住手中的權力揹着他耍手段嗎？更何況是像郭致遠這樣桀驁不馴的人呢！即便是郭致遠不想背叛大明，難保他的部下不會起異心，推着他謀反，宋朝的趙匡胤不就是這樣“黃袍加身”的嗎？一旦讓郭致遠在南方成了氣候，大明的半壁江山就要改姓郭了！
萬曆皇帝覺得一定要想辦法遏制住郭致遠的勢力繼續擴大，不能讓他成爲大明的心腹之患，可是沒等他想出辦法，他就病倒了！萬曆皇帝的身體一向不怎麼好，自幼就有的腿疾讓他不良於行，就更別說運動鍛鍊了，到晚年的時候他又開始吸食鴉.片，導致他的身體每況日下，加上去年的薩爾滸之戰明軍大敗更是讓他悲憤神傷，所以這一病倒就臥牀不起了！
朝臣們對於萬曆皇帝的病倒卻是沒多大反應，反正萬曆皇帝一直不上朝，他病沒病對朝政也沒太大的影響，加上萬歷皇帝晚年性格有些怪異，動不動就發脾氣，朝臣也不想自討沒趣，你主動去探視萬曆皇帝搞不好萬曆皇帝還以爲你想咒他早點死呢，所以萬曆皇帝病了半個月，愣是沒有一個朝中大臣想起要去探視一下他。
陪在萬曆皇帝身邊只有他最寵愛的鄭貴妃，鄭貴妃一方面爲萬曆皇帝的重病不起感到傷心，另一方面她又感到深深的恐懼，她能有今天的地位完全是因爲萬曆皇帝寵愛，一旦萬曆皇帝駕崩了，她的下場就悽慘了。
萬曆皇帝躺在龍牀上，望着空蕩蕩的寢宮還有坐在牀邊默默垂淚的鄭貴妃，心裏也不由涌起一股悲涼的情緒，他回想自己的一生，開創了“萬曆中興”，有過國泰民安的盛世景象，打贏了三大徵，可是朝臣和百姓卻只記得他二十八年不上朝，還把薩爾滸之戰明軍大敗的責任推到他身上，罵他是昏君，可你們怎麼不想想朕爲什麼二十八年不上朝呢？朕貴爲天子，卻連想立自己寵愛的妃子當皇后立自己喜歡的皇子當太子都辦不到，這個皇帝還當着有什麼意思呢？
他這麼一說，鄭貴妃就哭得更厲害了，萬曆皇帝喫力地道：“愛妃，你…你別哭了，朕臨走之前，肯定會安排好你的後路的，朕會冊封你爲皇后，這樣朕駕崩之後，你便是皇太后，自然沒有人敢對你怎麼樣……”
鄭貴妃這才止住了哭泣，有些將信將疑地道：“真的？可萬一那些文臣還是不肯奉旨呢？……”
萬曆皇帝搖了搖頭道：“這一點朕也想好了，朕會讓洛兒繼承皇位，洛兒絕不敢違逆朕的旨意，一定會冊封你爲皇太后的……”
鄭貴妃有些不甘心地道：“你還是要讓他繼承皇位，那咱們的洵兒（朱常洵，即福恭王，萬曆和鄭貴妃所生）呢？……”
萬曆皇帝苦笑道：“愛妃，你就不要得隴望蜀了，朕在位時尚且不能立洵兒爲太子，朕死後就更不可能讓他繼承皇位了，就讓他當他的福王吧，安享富貴不也很好嗎？你去傳洛兒來見朕吧，朕有些話要向他交待……”
鄭貴妃自然也知道想讓自己的兒子朱常洵繼承王位不現實，不過她心有不甘也是肯定的，這個時候女人的小心眼就發作了，她並沒有去通知朱常洛來見萬曆皇帝，而是把這件事情瞞下來了。
好在這個時候終於有人發現事情不正常了，萬曆皇帝雖然常年不上朝，但是對朝中大事還是過問的，偶爾也會召見朝中大臣，但這半個月卻一次也沒召見，這太反常了！這個人就是給事中---楊漣（著名的東林六君子之一）！
楊漣是一個標準的東林黨人，他清廉剛正，不懼權貴，而且言辭犀利，從不給人留面子，他發現情況不對後就直接跑去質問首輔方從哲，說皇帝都半個月沒召見大臣了，你這個首輔怎麼不主動去探視皇帝呢？
方從哲是個軟性子，推諉道：“帝諱病。即問，左右不敢傳”（這是史書原話，翻譯過來就是說皇上向來忌諱別人說他身體不好，即便我主動去探望，宮裏的侍從也不敢通傳的意思。）
楊漣可不管你首輔不首輔的，直接把方從哲給說了一頓（史書原話是‘第令宮中知廷臣在，事自濟’），方從哲被楊漣說得面紅耳赤，只得答應帶領朝中大臣去探視萬曆皇帝。楊漣還是覺得有些不放心，又跑去找朱常洛，朱常洛不敢見他，讓侍讀太監王安見了楊漣，楊漣讓王安給朱常洛帶了句話：“皇上病重，太子應該主動去嘗藥試膳，這是盡孝道，誰也不敢攔，你讓太子去了就不要急着回來，留在皇上寢宮，等早上再回……”