1619年6月，隨着德川義直出海，整個幕府成建制的抵抗完全停止，一段魔性的文字迅速的在全日本開始傳唱起來。
日本人是服從強者的，同時也喜歡悲劇英雄。所以，朱由棟在這段文字裏把德川義直描述成了一個貪生怕死、自私自利、陰險狡詐、卑鄙無恥的反派典型。把從小就崇拜自己的哥哥，最終被哥哥徹底利用、背叛，最後憤而戰死的德川賴房塑造成了悲劇英雄。然後，這段文字迅速被改編成日本的能樂、人偶淨琉璃、歌舞伎等多種藝術形式，傳遍了日本。而德川義直的名聲也自然的爛了大街。
當然，德川幕府已經過去式了。那個很沒有底線的穿越者到底還是跑掉了，李國助的艦隊追上去後連個影子都沒看到。所以，把這個傢伙的名聲搞臭雖說是出了一口惡氣。但，真要說的實際利益，還是得回到土地上來。
整個日本三島（北海道還沒有有效開發，不計入）的總石高大約是2000萬日石（每日石約120公斤）。這裏面，德川幕府直領的佔了六百萬石上下，以及其親藩、譜代什麼的，總共八百多萬石的土地。這些土地，除了拿了少量的地方留給原主人，使其不至於餓死外。絕大部分，都被明軍收繳了。
此外，現在豐臣家回來了。對於以前跟隨德川家征討大阪城的各地大名，豐臣家採取了區別對待的態度：對部分大名既往不咎，對部分嚴厲追究責任。再加上明軍對九州島和四國島的清掃。到了這一年的九月，朱由棟還朝的時候。明軍手裏已經捏住了超過千萬石的土地。
朱由棟之所以在日本滯留那麼長的時間，肯定不會貪戀這裏的美色：此時日本的女人身高普遍不足一米四，個個長得像大頭娃娃，他完全沒有興趣好麼？他留在這裏，主要還是要用皇帝的身份威壓日本列島上的諸多鄉長、村長：都給朕老實一點，分蛋糕的事情，朕說了纔算！
這一千萬石的土地，收攏、檢地花費的時間很長。真要說具體分配的時候，也就是朱由棟幾句話的事情。
這些土地，首先被切了五百萬石給了豐臣家：豐臣棟秀拿到這麼大一塊土地後當然不可能獨吞，他得把這些土地拿出來，再次分封給諸如真田、明石、長宗我部等跟隨他前往大明避難的諸多武士。然後還要拿出部分土地收錄將來新投靠過來的家臣......總之，這五百萬石土地，豐臣家最多能夠直轄兩百萬石。
剩下的五百萬石土地裏，有305萬石是九州島，有80.5萬石是四國島。這兩個島，天啓皇帝一聲令下，全部劃給了即將就國的桂藩。
自然，這九州、四國的名稱是不能再用了。前者改名爲筑紫島，後者改名爲伊予島——這本來就是他們的舊稱。
最後還剩下一百多萬石的土地，朱由棟則是拿來做了封賞：比如說，那個做得極好的帶路黨池田光仲是不是要獎賞一下？還有九州、四國的一些大名被迫搬家，是不是要適當的給點土地安撫一下？這麼一撒出去，就什麼都沒有了。
不過也無所謂了，反正是慷他人之概嘛。做完這一切後，朱由棟把投降了的德川新軍的器械選了一些樣品拿回去給方山實驗室做參考，其他的全部都交給了豐臣棟秀，然後再在日本留下了兩個軍鎮。便不管不顧的回到了北京。
......
“臣王象乾拜見皇上，皇上此去東瀛，再張我朝天威於東夷，臣謹爲皇上賀！”
“哈哈，大司馬，這些樣子話說到這裏就行哪。朕這次回京後，首先單獨召見你，是有話想跟你講。”
“臣請皇上示下。”
“嗯，是這樣的。”朱由棟目光炯炯的盯了王象乾一會兒：“大司馬，在三年多前，朕還是監國的時候就開始清點黃冊。現在，民黃冊已經重建完畢，匠黃冊隨着大內將工匠剝離，工部從新對直屬工匠進行了登記。其實也算是改造完成了。現在，就剩下軍黃冊哪！”
“然也。大司馬，你看看，三年多的戰事，除了朕的新軍外，整個大明能夠拉上戰場的，翻來覆去也就那麼幾萬人。我大明說起來八十萬戰兵，五六百萬軍戶。每年耗費國帑起碼五百萬元以上，但是真正能打仗的有多少？”
“皇上說的在理，只是不知皇上專門召見老臣說這個事情的意思是？”
“哈哈哈，大司馬，你是三朝老臣。自朕監國起，你就一直擔任兵部尚書，多年來得你襄助甚多，朕是深爲感激的。正因爲如此，所以朕纔要事先告訴你，這清查軍黃冊是必須要做的，不如此，國家的軍隊無法徹底重建，將來真有大的戰事靠着這麼點部隊是不夠的。但是呢，軍戶的虧空可比普通民戶大多了，這個蓋子揭起來，不知道里面有多少的黑幕。負責此事的人，肯定相當得罪人。大司馬可還記得於少保？”
“......皇上的意思，老臣明白了。臣多謝皇上的關愛。”鄭重的行禮後，王象乾道：“老臣今年七十三歲了，不知道還能活多久。但是，老臣在皇上的帶領下，大敗蒙古、肢解暹羅，現在又威壓日本。這兵部尚書當到這個份上，照理說是完全夠本了。若是老臣此時退下去，把清理軍黃冊的事情交給下一任尚書，那是誰也不能說什麼的。可老臣是大明的臣子啊，怎麼能只爲自己的名聲着想，而不顧國家的大事呢？皇上，若是皇上不棄，老臣願意繼續留任兵部尚書一職，在此任上認真清理軍黃冊，除非老臣壽元到頭，否則，不清理好軍黃冊，老臣決不罷休！”
“哎......”本來按照朱由棟的想法，這位大司馬多年來對自己總體是支持的，工作也很出色，又是七十三歲高齡了。這馬上就要開始的軍隊改革，還是讓他退下去安享晚年比較好：這是皇上體恤老臣，也是在給天下臣子做出表率——都看好了啊，爲朕效命，不會讓你沒有下場的。
至於王象乾退下來後的接任者，朱由棟也想好了：熊廷弼啊。雖說讓剛剛進入角色的熊總督回京主持軍改，對中南半島的穩定有一點影響，但毫無疑問，軍改纔是最重要的。
是的，在趕走了破軍後，整個東亞、東南亞已經以前所未有的高度被大明有效的整合了起來：這可比既往的所謂宗藩體系要緊密得多了。
而終於能夠重新把主要精力轉回國內的朱由棟，其第一刀就砍在了軍戶上。三年多的戰爭，有限的部隊反覆折騰使用，實在是讓朱由棟感到怕了。必須先軍改，然後再進行後續的改革。
現在，王象乾願意繼續擔任兵部尚書，那就再好不過哪：七十三歲的老頭子，根本不怕任何人了。而且豈不聞，薑桂之性，老而彌堅麼？
1619年10月，大明朝廷頒發了數道聖旨。
其一，日本多年來心懷不臣之心，妄稱帝號，屢次興兵作亂於朝鮮及東南沿海。本次天朝稍加懲戒後，決議在該國本州島上駐軍，並在其島上的大阪、橫濱、江戶三地各劃出一塊地盤作爲海軍的軍港。
日本天皇去掉帝號，改稱日本國王。豐臣棟秀爲關白。以上兩職，皆爲世襲，但必須有大明的冊封纔是有效。
其二，原日本的九州島改名爲筑紫島，原四國島改名爲伊予島。此二島，分封給大明桂王殿下，桂藩將在這二島上建國。
其三，朝鮮半島已經光復，作爲大明的忠順屬國，朝鮮本應復國。奈何德川義直這種卑劣小人，採取刺殺手段，在遼河上將朝鮮王室及其近支子弟徹底屠戮。故而天朝不得已，應朝鮮數百萬百姓之請，派出今上的叔父，福王殿下就國朝鮮。
其四，自天啓元年起，大明麾下各宣慰司指揮使、各藩屬國國王，每年必須至北京朝拜皇帝至少一次。朝拜內容爲國王（指揮使）向皇帝陛下述職，向戶部繳納年貢，禮部回賜寶鈔等。
其五，自天啓元年起，大明麾下各屬國，其軍隊武器制式必須與大明保持一致。關稅與大明保持一致。
其六，自天啓二年起，全國清查軍黃冊！