随着列强的离去，朱慈烺终于争取到了宝贵的发展的时间。
于是，在建业四年末这一年，朱慈烺计划对军队展开大规模的革新，以满足未来发展的需要。
随着卫所制度的废除，包括五军都督府以及旧的五军都督府在内的一系列的旧的制度已经土崩瓦解。
于是，朱慈烺决定拆分原来的五军都督府的职能，分配到各级的机构。
五军都督府，在大明最早是朱元璋创立的，是为了专门节制兵马的。
刚开始的时候，五军都督府的职能十分的大的，掌管大明所有的兵马大权，而兵部更像是象征意义上的参谋部。
是一群文人出身的官员们，谈笑风生的地方，只能算是打酱油的角色。
随着大明的形势的发展，兵部逐渐成为了皇帝手中的工具，成为制衡勋贵的力量。
最终随着文人势力的壮大，彻底的超越五军都督府，成为了国家的最高的军事的管理机构。
虽然五军都督府的权利在不断的衰弱，但是他所管辖的范围还是十分广的。
比如掌管整个大明所有的卫所的户籍，负责地方的屯田、募兵、后勤补给等等。
正是依托卫所制度，这才彻底的形成了大明特有的军事体系。
五军都督府分为中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府，分别管辖不同的地方的卫所。
遇到作战的时候，五军都督府一般准备军队，再由兵部派遣将领来率领军队。
但是随着朱慈烺的一系列的改革，这一切的流程全部被废弃。
朱慈烺成立全新的中央军，也就是铁血军。军队的军官和将领也全部是由毕业于讲武堂的学员担任，直接听命于皇帝的命令。
这就使得兵部和五军都督府的权利，越发的缩水，根本没有任何存在的实质。
经过几番朝堂上的议论之后，五军都督府被彻底的废除。
取而代之的是战区制度，全国被分成五大战区：北部战区，西部战区、中部战区、东部战区、南部战区。
在这五大战区的架构上，在衍生了大量的小的战区，如；东南战区、西南战区等。
北部战区主要负责指挥北疆的军队和建设兵团，如草原骑兵集团、东三省的部队、华北地区的部队。
西部战区负责西域、川地、吐蕃等地区的军事力量。
中部战区则是负责内地几省的武装力量，比如两湖和中原地区等。
东部战区则是负责东部沿海省份的海陆军，还有军队的训练等。
南部战区是大明未来战争最多的地区，不仅负责整个南部的海陆军的力量，还要负责大明向南部海洋扩张的战斗。
因此，在它的基础上再次划分出了东南战区和西南战区。
两个小的战区，负责的具体的地区不一样。
东南战区主要依托海军的力量，以及麾下不断成熟的海军陆战队，针对的是东南亚的扩张需要。
西南战区主要由陆军构成，不同于其他地方的是建立了两种特殊的军队。
山地作战部队目前有一个军的兵力，下辖三个师的编制。
另一个拥有一个师的兵力，主要用来应对擅长丛林作战的国家。
为了借着全世界的殖民大潮，更多的为大明打下地盘。朱慈烺创造性的制定了海外领主封地制度，不论是大明战功卓着的将领或者官员，还是海外的侨胞，只要为大明开疆破土，就可以获得属于自己的领土的使用权。
举个例子，李水生若是率领自己的部队打下了罗刹国那广袤的土地。
那么他就可以获得这片土地的使用权，并且获得异姓王的封赏，除了军队是由大明的皇帝管辖之外。
当地的政务和官员，则是由他自己来管理。前提是实行和大明同步的一些政策，加入大明联邦，其性质类似后世约翰牛联邦。
对于退伍的大明的军人，朱慈烺也考虑到了他们这个特殊的群体。
毕竟这些人为大明立下了汗马功劳，已经适应了马革裹尸的生活。
想要再次融入男耕女织的生活，简直就是扯淡。
但是，他们可以加入大明皇家殖民公司，为朱慈烺的远洋贸易和其他的公司的业务保驾护航。
只要他们作战出色，他们不仅可以成为皇家武装力量的高层管理者，还有可能获得海外的领地。
随着五军都督府的废除，朱慈烺决定将军队中的募兵、训练、领兵全都分开。
兵部也一分为二，分成参谋部和国防部两个部门，两个部门一个负责作战的计划，一个负责战争的实施和统筹。
北伐的几场战争打下来，虽然出色的完成了预期的目标，但是却暴露出了大量的问题。
例如不同部队的配合，后勤补给的压力等等。
未来的大明的作战将会是专业的参谋制定大概的战略方向，国防部选择合适的人员来统兵。
专业科班出身的军官，参与本部的战术的制定和执行。
国防部事先将军队和所需的粮草弹药，第一时间运送到前线。
这就使得军队的战力大大的提升，省去了不需要的内斗的时间。
毕竟，历朝历代文武相争的例子可是举不胜数，尤其是大明后期造成的重文轻武的局面，不知是寒了多少将士的心。
朱慈烺的改革，不仅增强了的大明军队的战斗力，也使得各个部门之间的责任得到了充分的明确。
这种局部完善的领导体制，使得大明开国以来，文官对于前线战事，胡乱干预指挥的现象不再出现，每个部门之间都有明确的职责划分。
一旦出现了任何的问题，那么问责的时候也能找到相应的负责人。
朝廷上的官员们不是傻子，他们很快便明白了朱慈烺的意图。
知道他们的皇帝，这是要进行文武分制的前奏，为以后的军政分离埋下伏笔。
不得不说，这些人的书没有白读，一个个都是老油子中的人精。
只不过，他们万万没有想到的是朱慈烺向来都是一个雷厉风行的人。