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詔書令皇甫嵩、朱儁分兵，一路去討東郡，一路去討南陽郡。詔書雖然下來了，卻也不能立刻就拔營出發，還有許多事情需要處理。
汝南郡兵傷亡殆盡，太守趙謙現如今手頭上沒有什麼兵馬，需得幫他重建郡兵，要不然，待皇甫嵩、朱儁等一離開，說不定汝南又要亂起來了。
要知，汝南十餘萬黃巾軍被斬獲俘虜的只是一部分，還有不少星散逃去了別地或隱藏在了民間，他們仍蠢蠢欲動，若沒有足夠的兵馬震懾，極有可能會再次生亂。爲了不致汝南的局面出現反覆，皇甫嵩、朱儁把繳獲到的鎧甲、兵器之類分給趙謙了一部分。和潁川一樣，汝南本來也是有兵庫的，就在郡治平輿，但是早被黃巾軍搶掠一空。
得了皇甫嵩、朱儁援助的兵械、鎧甲，趙謙當即發下榜文，向全郡招兵。
黃巾之亂使得汝南百姓要麼家破人亡，要麼流離失所，流民很多，爲了討口飯喫，榜文一下來，三天內就有數千人應徵。趙謙令郡中吏員細細甄別，只選良家子，不用無賴兒，尤其注意對太平道信徒、汝南黃巾漏網兵卒的甄別，最終選定了三千人，重新組建了一支郡兵。
皇甫嵩、朱儁、荀貞、孫堅、傅燮等分兵打下各縣時，各縣的豪強士族趁機組成了規模不同、大小不一的地方武裝，有的數百人，有的百十人，各縣都有，這些武裝加到一塊兒有四五千人。如此，郡中有三千郡兵，地方有各縣“縣兵”，上下呼應，足可保暫時無事了。
戰亂之後，汝南郡府很困窘，不但沒兵械，也沒錢、沒糧食，之前府庫裏存的糧、錢都被汝南黃巾搶走了。皇甫嵩、朱儁送佛到西天，又援助趙謙了一些錢財、糧食。說起來，援助趙謙的這些東西，兵械也好，錢財、糧食也罷，其實都是汝南郡自己的東西，只是被汝南黃巾搶走，復又被皇甫嵩、朱儁奪回罷了。雖然如此，這些東西如今卻都算是繳獲了。皇甫嵩、朱儁率數萬漢兵作戰也是需要補給的，在潁川時，因爲潁川北部諸縣沒有失陷，潁川文太守還能組織民力給他們輸送補給，入了汝南後，文太守雖然奉旨繼續給他們輸送糧秣補給，但路程遙遠，損耗大，遠遠不夠，皇甫嵩、朱儁所率之軍的補給很多都自己弄來的。怎麼弄？皇甫嵩是個名將，愛惜羽毛，治軍甚嚴，斷然不會做強搶民間之事的，所以大部分都是從汝南黃巾的繳獲中來的，能分給趙謙一些已經很是不易了。趙謙對此非常感謝皇甫嵩和朱儁。
兩漢之文武雖已有了分途，出現了世代習儒的文官家族和世代將門的武官家族，但還不像後世一些朝代涇渭分明，尚有前秦之遺風，所謂出將入相。有戰事了，帶兵出征，仗打完了，入朝做丞相。因此之故，皇甫嵩、朱儁雖是帶兵的將軍，但與趙謙這樣的文臣太守相處得還不錯。事實上，趙謙也並非手無縛雞之力的書生，太守別名郡將，一郡之將，需要時也是要上戰場的，早前與汝南黃巾作戰，他儘管屢戰屢敗，卻也不是躲在後邊，也是衝鋒陷陣過的。
老實說，荀貞對時下的這種風氣是很喜歡的。漢風質樸剛健，非常合他的胃口，——只不過近代以來，也許是因爲剛至柔來，又或者是陽盡陰生，在這質樸剛健的主流之外，卻又起了一股流行的趨勢，即薰香傅粉，如荀彧就好薰香，這種風氣加上時下的清議之風，發展到後來就成了魏晉的風流，清談弄玄，搔首弄姿，魏晉固然風流，率姓而爲可以接受，然而這種偏向女姓化的審美和空談大言卻實在讓人喫不消。對這種新興的風氣，荀貞不是很喜歡，不過他現如今人微言輕，卻也管不了這些，看不慣也只能看不慣而已。
皇甫嵩、朱儁收納了近萬的黃巾俘虜，需要妥善編訓。
荀貞接到的皇甫嵩的第一道將令就是：各部整編，集合訓練。
荀貞部得了兩千俘虜，在得到這些俘虜時，他就初步給他們進行了編制，除了編入本部的三百人外，其餘一千九百人獨自成軍，他給起了一個名字，稱之爲：“汝南營”，何儀所帶之九百人是“汝南左營”，許仲、劉鄧、原盼等所帶之一千人是“汝南右營”。從此之後，荀貞麾下就有三營，可分爲三軍使用了，中軍自然就是他的本部，左右兩軍即是汝南左右營。
在接到皇甫嵩令整編、集訓的將令後，他整曰泡在營中，又把汝南左右營的編制細化了一下。
他手頭可用的人不多，雖有大批的西鄉輕俠、里民，可這些都是他的本部基礎、骨幹力量，不可能全部調到汝南左右營裏去。中軍，也即本部的作戰力量是第一位的，與其使這三部人馬戰力平均，不如優先保持本部的可靠和戰力。故此，他從本部中沒有抽調太多的人，只抽調了數十人，並把這數十人全部編入了汝南右營，以加強許仲、劉鄧、原盼等對汝南右營的掌控力，而對汝南左營，他一個人也沒放進去，全憑何儀自己安排編制。
經過細化編制，他部下這三千人就形成了這樣一個局面：中軍是骨幹，忠誠可靠，戰力最強，右軍次之，不能保證非常忠誠，但至少可以掌控住，左軍再次之，忠誠和戰力全得看何儀。
這樣的編制看似是放任了何儀，實際上卻是眼下唯一、也是最好的選擇，即所謂之“強幹弱枝”，正是光武皇帝中興漢室之後，以重馭輕，用中央禁軍來駕馭天下郡[***]的辦法。
中軍可靠，戰力強，軍械也是最好的，有這樣一支力量在手，即便何儀萬一叛亂也不足憂。許仲、劉鄧、原盼能夠掌控住右軍，這千人就算跟着生亂也會有個緩衝的時間，一千二百人的中軍力量，完全可以在這段時間裏將何儀的叛亂撲滅。
事實上，“何儀叛亂”這只是最壞的假設。皇甫嵩天下名將，他既然做出了收容、改編黃巾俘虜的決定，就說明他有足夠的把握可以保證這些俘虜不會生亂。
原因很簡單：汝南郡很大，三十七個縣，兩百多萬人口，這一方面使得汝南黃巾人多勢衆，人數遠多於潁川黃巾，另一方面卻也使得汝南黃巾內部派系林立，山頭亦遠多於潁川黃巾。有派系，有山頭，彼此就有矛盾，有矛盾就可以利用。皇甫嵩收編的這些黃巾俘虜都是經過仔細選擇的，沒有一個太平道的堅貞信徒，多半是渾水摸魚之徒，而他撥給荀貞的這兩千俘虜更是大多爲彭脫、龔都等人的舊部，很少有何儀的舊部。黃巾渠帥的部衆大多是自己的鄉人，彭脫、龔都、何儀不是一個地方的人，何儀對彭脫、龔都的部衆並不熟悉，彭脫、龔都的部衆也不熟悉他，這樣一來，就不必擔憂他們馬上就能抱成團。