五月五日，鄭成功率領麾下將領上敵臺觀戰，居然打出了儀仗！清軍發現後立刻向臺上發炮，甘輝見勢不妙，強行拖着鄭成功下了高臺！人剛離開，鄭成功的座位就被擊碎！
此戰固山金礪師勞無功，兵卒多被殲滅，不得不撤退。後永曆帝詔封甘輝爲崇明伯、評功甘輝第一，升任中都督。
1659年(永曆十三年)五月，鄭成功大舉北伐，聲勢浩大。七月攻戰焦山(在今江蘇省鎮江市東北)，在此地祭天地百神及洪武、崇禎、隆武諸帝，軍心大振。
成功自督親軍及中都督甘輝等直搗瓜洲(鎮名，又稱瓜埠洲，在江蘇省邗江縣南部)，盡殲清將朱衣祚軍萬餘人。隨即鄭軍進迫鎮江，大敗清提督管效忠數萬之師，管僅以身免。鎮江守將高謙、知府戴可進等來降。
甘輝向鄭成功建議：“瓜(洲)、鎮(江)爲南北咽喉，但坐鎮此，斷瓜洲，則山東之師不下；據北固，則兩浙之路不通，南都可不勞而定矣。”
但是鄭成功沒有采納，率師直攻南京，清軍南京守將郎廷佐爲拖延時間等待清軍回援，就詐降鄭成功。甘輝卻看破計謀，要鄭成功速攻，不要中了敵人的緩兵之計。結果鄭成功又不聽。前鋒營餘新更是輕敵，居然放縱士兵捕魚，毫無防備。
等到二十一日夜裏，清軍援軍到達。清將梁化鳳由儀鳳門出城偷襲，餘新倉皇應戰，戰敗被擒，前鋒營全營被殲滅！二十三日，清軍大隊抄出山後，擊敗左先鋒楊宜。鄭軍去增援，結果被清軍從山上往下逼，鄭軍地勢不利大敗！迫使鄭成功撤退。由於事起倉促，舟船不足，鄭軍爭奪船隻，自相殘殺。當時甘輝掩護全軍斷後。且戰且退一直退到江邊，身邊人僅剩30餘人。後來甘輝率部擊殺清軍一百多人，但是戰馬力疲被絆倒，甘輝被俘。
甘輝與萬禮、餘新都被解至南京，清兩江總督郎廷佐與固山金礪會審。甘輝挺立不跪，萬禮、餘新皆跪，甘輝以足蹴之，說道：“傻子，到這裏還想活命嗎？”最後甘輝大罵不屈，英勇就義。
甘輝放下茶杯說道：“從最近試探的情況看，他們的火炮遠勝於我們！至少比我們的火炮射程多出了二十多步！也就是說雙方接戰的時候，他們至少要比我們多打一輪炮，會死不少人的。”
施大瑄說道：“不用擔心這個！打仗哪有不死人的？咱們現在能集結起來的船隻就有一百多艘，是他們的好幾倍！硬堆都堆死他們了！”
洪旭說道：“這倒是真的！而且咱們的老兄弟們都是海上跳幫、肉搏的好手，和那幫年輕的生瓜蛋ZI相比可強多了！”
鄭芝龍說道：“沒錯！船隻、人數和水上的本領都比他們強！這方面不用擔心。但是現在最關鍵的問題有兩個。第一個問題就是能不能將他們全體引誘出來進行決戰？第二個問題就是他們有沒有留後手？”
鄭芝虎粗聲說道：“沒事兒！他有多大的後手咱們都不怕！他就是留後手，還能留出七、八十條船的後手？了不起咱們也分成兩隊，等他埋伏的船隊出來了咱們再出來！一下子就把它們包住！”
甘輝微笑說道：“這主意好！咱們先用六十來條船擺出第一波。剩下的幾十條船埋伏起來。第一批接戰的人要是多了，說不定會將他們嚇跑了！”
鄭芝龍點頭說道：“這是個好辦法！那麼現在就剩下一個問題了，怎麼講他們引誘出來決戰？”
大家沉默了片刻，鄭芝風突然說道：“我們剛還給紅眼蛇的那個島怎麼樣？這次我們圍住島不進攻，能不能把紅眼蛇調出來？”
鄭芝虎一聽說道：“那怎麼成？我們把島圍住了，消息都發不出去，紅眼蛇怎麼會來救？”
鄭芝龍一臉沉思的說道：“不一定！他們一定有通訊的手段的！上次大齙牙他們剛圍住島沒幾天，紅眼蛇就突然出現了！結果打了大齙牙一個措手不及，這才兵敗身死。算時間的話，應該是大齙牙剛圍住島，消息就送出去了！而且，我們還可以讓包圍圈緩一緩，放他們幾個人逃出去送信不就可以了！”
施大瑄一拍巴掌說道：“這是個好辦法！肯定能行！”
鄭芝鳳說道：“辦法倒是好，只是那島的周邊海域廣闊，火船的辦法就用不上了。”
甘輝說道：“這也是沒辦法的事情。畢竟火船隻能在狹窄的海域使用。不過咱們的人多，船多，直接四面圍住就好，不用火船也沒什麼！”
鄭芝虎說道：“那就這麼幹！現在就動手嗎？”
鄭芝龍搖頭說道：“不着急。前一段時間咱們的連續失利讓很多人看在眼裏，再着急人馬很喫力。而且李爺剛過世，咱們就在海上開打，李爺的老部下們會有想法。”
鄭芝虎瞪大眼睛說道：“那就眼睜睜的看着那條紅眼蛇囂張？”
鄭芝龍冷笑着說道：“讓他囂張一陣子無所謂。正好拖一段時間，我們也能看清楚誰是朋友誰是敵人？”
鄭芝虎一拍桌子上的：“太對了！前段時間咱們吃了點兒虧，就有不少人三心二意的。一些小股的人甚至還跟紅眼蛇那邊的人眉來眼去的！若不是你反覆交代我們不能動他們，我早就把他們都砍了！”
鄭芝龍搖頭說道：“其實問題不在他們身上。主要是還是因爲我們打輸了。不過等到這次我們徹底打垮了紅眼蛇，他們就會像以前一樣乖乖的聽話。”
鄭芝虎大笑着說道：“沒錯！到時候我非砍幾個人頭出出氣不可！”
鄭芝龍哈哈大笑道：“砍他們的人頭有什麼意思？還是看着他們跪在你腳邊聽話纔有趣！”
衆人聽了頓時一陣大笑！笑過了之後施大瑄說道：“一官，你和我們說過要爭取朝廷的招安，你真的已經下決心了嗎？”
鄭芝龍說道：“沒錯，我已經下決心了！而且先前的謠言反而幫了我不少忙，要不然我還沒那麼快的時間下決心！”
洪旭開口說道：“其實我是不贊成投靠官府的。不過一官你要是下了決心，我自然是跟隨。不過恐怕其他人未必肯跟隨啊！”
甘輝說道：“是啊！咱們手下的兄弟不少都和官府有血仇，很難說通他們的。萬一傷了兄弟們心反而不美！最關鍵的，我是信不過官府的。”
施大瑄說道：“一官，招安這事情未必是好事情！想想當年王海主的下場吧。官府中人不可信那！”
施大瑄說的王海主就是王直。王直是徽州(今安徽歙縣)人。因其外祖家姓汪，也有史料稱其爲“汪直”。嘉靖時期與葉宗滿等私造海船，犯禁出海，經營海外貿易，獲得甚豐，人稱五峯船主。後勾引倭寇，結巢於浙江雙嶼港。
王直不斷設法與明朝的海道、衛所官員接近，利用自己的力量代其剿除其餘海盜團伙，以換取明官員的好感和支持，從而實現開市交易的目的。