但王直的行爲始終與明王朝中央政府的“禁海”政策相違。嘉靖二十六年(1547年)，明浙江巡撫朱紈派兵進剿，毀雙嶼港。王直率領餘黨渡海至日本，自稱徽王。後來王直等勾結倭寇，侵擾東南沿海，先後攻陷上海、蘇州、徽州、南京等地，燒殺劫掠極多。
明嘉靖三十五年(1556)，明朝政府任命胡宗憲爲浙江總督。嘉靖皇帝決心一定要剿除匪患，對賊首絕不輕饒。
當年三月初，王直派人傳話給明朝政府，表示願意聽從命令，協助剿除松江各處流民，並希望以此換得明政府開放沿海貿易的許諾。胡宗憲故意製造出一種雙方議和的氣氛，將王直誘捕。
由於當時沿海形勢緊張，胡宗憲不敢貿然殺掉王直，把他軟禁在杭州兩年多，希望流寇因爲失去首領自行解散，但效果不大。嘉靖三十八年(1559)十二月二十五日，王直被處死。
鄭芝龍說道：“我也考慮過這方面的事情。關鍵在於得選一個恰當的時機，還要有一個適合的官員纔可以答應招安。其實官府的事情兄弟們不用擔心。王海主那時的海貿利潤纔有多少？如今小半個江南都在經營海貿，那些士紳大戶都有大利在海上。爲了白花花的銀子，他們會主動安排好這些事情的。不過現在這說這些事情還有點遠。等以後碰到合適的機會再說吧。”
甘輝點頭說道：“好吧，我們回去之後先暗中探聽一下大家的口風，但是不要泄露我們的計劃。我們只需要那些願意堅定跟隨我們的人。”
幾個人議定了這件事情之後自然是要開懷暢飲一番。他們似乎對未來的勝利充滿了信心。不過他們是有資格這麼想的。因爲鄭芝龍幾乎全盤接手了李旦的船隊。再加上他這些年來結交的朋友和培養的心腹手下，他們在海上已經是一股極其龐大的力量。
就在鄭芝龍緊鑼密鼓的準備戰事的時候，劉佩也沒閒着。他只派出了兩艘船維持和島津家得貿易，連搶劫行動都停止了。所有的人都在拼命的訓練以應對未來的戰事。
剛從海上視察回來。就收到劉江求見的消息。劉江進來之後說道：“大帥，我們的人傳來消息，有不少鄭一官的直屬船隊沒有出海，直接不見了。大概是準備開戰去了。現在海上很平靜，連打劫的都沒有。無論大股還是小股的海盜都收縮回去了。”
劉佩笑着說道：“這很正常！都是在海里泡久了的人物，哪裏會感覺不到暴風雨的前奏？而且看來不只是我們在準備，就是鄭一官也在準備開戰那！”
劉江說道：“大帥，今年年底之前我們會和鄭一官交手嗎？”
劉佩說道：“不好說。因爲我們必須等鄭芝龍先動手，我們纔有大義的名分。如果我們先動手就是挑釁了！”
劉江皺着眉頭說道：“這種被動等待真讓人頭疼！”
劉佩說道：“確實很頭疼！不過我們還是有很多事情可以做的。前一段時間我讓你派往泉州方向去的人都派出去了？”
立刻點頭說道：“派出去了。那邊的消息很好打聽。尤其是底層的水師將領非常容易收買！不過，大帥你真的以爲鄭一官會藉助於水師的力量來打擊我們嗎？”
劉佩說道：“這只是以防萬一而已。目前還要再加派那邊的力量。注意力放在那些插手海貿的人身上，他們會反映出鄭一官的動向。”
劉江點頭表示明白之後就離開了。劉佩之所以關注大明水師，是因爲後來鄭芝龍接受了朝廷的招安，成爲了水師的遊擊將軍。劉佩覺得以鄭芝龍的心智來說，他不會打無把握之仗。他能順利的加入大明水師，事先肯定做了不少工作。所以盯住水師就是必須的事情了。
盧佩走進房間，等待多時的年輕軍官們集體起身敬禮。劉佩回禮之後示意侍衛將一個厚厚的文件袋放在桌子上，說道：“長話短說，今天來就是給你們下任務的。我要你們從今天開始，每天至少制定出一個針對鄭芝龍的作戰計劃，然後再進行沙盤推演。口袋裏是咱們現有力量數據，以及鄭一官情報的彙總。而且情報局隨時會補充新情報。”
一名年輕軍官激動地說道：“大帥，我們真的馬上要和鄭一官交手了嗎？”
劉佩說道：“有可能。所以前期的準備就要靠你們了！不要多想，反覆的制定計劃，然後推演，選出最有可能行動的方案，並列好應對的方案。大家記住了，只要我們擊敗鄭一官，整個大海就是我們的了！”
所有軍官立刻全體起立，向劉佩激動地大聲吼道：“願爲大帥效死！”
劉佩還禮後說道：“解散。”
這些小夥子們立刻就投入到了計劃制定當中。爭吵聲，紙張的摩擦聲，快速的腳步聲在房間裏不停地響起，顯示了這個團體充沛的活力！
劉佩滿意的觀看了一會軍官們的操作，就離開參謀部返回守備府。畢竟這段時間他有太多的事情要忙碌。可是在半路上就有侍衛通報，說科學院的鮑先生想要見他，有要緊的事情彙報。劉佩二話不說，直接駁馬趕往科學院。
他趕到科學院的時候，鮑德志正帶着幾個人在大門口迎接他，身旁還停着一輛馬車。劉佩打馬到近前剛要下馬，鮑德志就揮手說道：“大帥不用下馬，我們馬上要去試驗場。”
說完鮑德志直接登上了馬車，劉佩在側騎馬跟隨。在路上，兩個人透過車窗閒聊。劉佩說道：“鮑先生，這次科學院又有什麼驚喜給我嗎？”
鮑德志說道：“確實是一個驚喜。這次可是作戰的大殺器！尤其是海上作戰，用好了有奇效！”
劉佩很感興趣的說道：“能先透露一下是什麼東西嗎？”
鮑德志說道：“當然可以。不知道大帥知不知道開花彈？”
劉佩驚喜地說道：“當然知道！你們已經研究出開花彈了？”
鮑德志得意的說道：“當然啦！從技術上來講一點兒也不復雜。只是爲了製造合適的火炮才費了點兒時間。”
劉佩說道：“難道現有的火炮口徑不能匹配開花彈嗎？”
鮑德志說道：“現在還不行。因爲開花彈爲了承受火炮的膛壓，必須使用生鐵鑄造外殼。但是我們目前的化學能力跟不上，無法制造出威力更大的火藥。所以以目前的火藥想要炸開鐵殼，開花彈裏面就必須裝足夠多的火藥。所以就必須使用大口徑火炮。”
接着鮑德志就給劉佩講解了一下開花彈的具體制造方法和使用方法。開花彈就是利用彈丸爆炸後產生的破片和衝擊波來殺傷或爆破的彈藥，也就是我們現在常說的榴彈、榴散彈。其實早期的開花彈很簡單，就是用生鐵鑄造出一個球形彈體，裏面塞滿火藥和小鐵丸。那時候的開花彈沒有近炸或延遲引信，使用火繩藥捻點燃，發射後可以爆炸，用彈片或者小鐵丸傷人。