因爲大運河的開鑿本身就違背自然規律，而在違背自然規律的情形下，朝廷維持漕運的成本極大。
中國地勢西高東低，長江黃河等大河無不是自西向東發源於崇山峻嶺，並最終匯入海洋。
而京杭大運河從杭州至北京則是南北走向，橫跨長江、淮河、黃河、海河四大水系，跨越山峯、丘陵、平原等多種地形。
不僅南北落差大，而且部分河道如會通河段就存在嚴重的水源不足問題。
此外，會通河段還涉及將山東境內的數條河流一併匯入的問題，因此過洪過閘時經常需要人力拉縴，船伕水手無不深受其苦，出入關閘還經常有船隻傾覆，動輒人船俱毀。
如果運河水位過高，修築運河沿岸堤壩的費用可高達千萬兩，且河道狹窄僅能供單向行船，也增加了運輸的成本。
且大運河本身在每年都有嚴格的過洪過閘期限，必須嚴格遵循，否則夏季汛期和冬季的冰凍期都會導致河道受阻無法通航。
而這些所有有形、無形的成本無疑都將轉嫁到百姓身上，增加了農民的負擔。
所以無論後世如何稱讚大運河的偉大、如何稱讚下令鑿修大運河的君王，在朱翊鈞眼裏，漕運仍然是用百姓的血淚堆積而成的一種暴政。
朱翊鈞就是這樣的一個人。
即使他成了皇帝，也無法發自內心地去讚美那一種“犧牲平民的偉大”。
即便這偉大是多麼得巍峨壯麗，多麼得千古流芳，朱翊鈞都無法心安理得地去用大明百姓的衣食之本去成全那一份不知餮足的致君堯舜。
何況漕運本就無關堯舜。
大明王朝建立之初，本來實行的是河海兼行。
朱元璋爲掃平殘餘北遁後盤踞於遼東地區的元順帝的北元政權的殘餘勢力，必須保存海路以作爲平叛北元的重要手段。
但到了朱棣定都北京之後，至永樂十三年，朝廷正式罷除全部海運而專行漕運。
當然當時決定專行漕運的理由也是相當正當的，朱翊鈞閉着眼都能數出那一二三來。
一是自永樂九年開始，朝廷重新開鑿了元代以來早已經廢棄不用的會通河，在很大程度上節省了百姓運力和龐大的海運耗費。
二是宋禮上書，認爲海運相比內河漕運花費巨大，提出改爲以河運漕糧爲主的運送方式，並減少海運頻率爲三年兩次，將江南富庶地區如揚州、鎮江等地糧食百萬餘石，從內河用漕船運送至北京。
三是永樂十三年五月，平江伯陳揎開鑿清江浦河道的工程竣工，於淮河口築新閘，疏浚運河，修築湖堤，並於淮安、臨清等地修水次倉轉輸漕糧，不僅保障了會通河的充足水源，還使大運河正式全線貫通。
但是這些理由都掩蓋不了一個事實，就是漕運的本質，即是通過大運河剝削南方富庶地區的百姓財富來滿足北京這個國家政治中心的供應和需求。
換句話說，就是北京靠大運河源源不斷地在吸大明十三省的血。
所以明朝糧倉是否充裕，其實很大一部分原因不在於漕運數量的多寡，而在於北京官卒的數量。
而自永樂年間遷都之後，這部分人的數量急劇增長，北京地區人口的生存更加依靠於漕運。
到了晚明，漕運的弊端開始顯現得越發厲害，其中與黃河的關係尤爲突出。
尤其是到了嘉靖以後，治漕的手段就是治河，治河的目的就是治漕。
因此即使晚明的財政時時困窘，在治漕治河的花費上卻一向是毫不吝惜。
但由於大運河本身的泥沙淤積、水源不足、以及過洪過閘的問題也時常發生，雖屢有治河名臣，但漕運自身的固有矛盾並未得到根本改善。
因此朱翊鈞支持海運，他知道除了海運，能解決北京吸血問題的方法就只剩下遷都。
而在遼東問題解決之前，遷都可謂是傷筋動骨，所費心力恐怕要比海運大得多。
另外一點，就是朱翊鈞他自己的一點私心。
他總覺得大明的政治狀況要比元清好上那麼一點。
元朝和清朝只願年年治河而不願開通海運的道理是很明顯的。
因爲治河用的人力是漢人，漕運被剝削的也是漢人。
而統治階層和官吏們所謂的治河，也只是看看圖紙、動動嘴皮，再寫幾道摺子就算大功告成，他們自然不願意費心冒險地去另外開通海運。
所以當朱翊鈞聽到張誠如此理所當然地把晚明的狀況和元末聯繫到一起時，他心裏是震動甚至是有一點驚恐的。
蒙元就是亡於運河漕運啊，黃河可挑天下反，這理應是大明所有人的共識才是啊。
張誠似乎瞧出了皇帝心裏的嘀咕，只是笑道，
“皇爺可還記得先帝爺在時，高拱與張居正之間的膠萊河海運之議”
“膠萊河”是元明時代的一個專有名詞。
如果要在中國進行南北長途海運，則必然要繞過山東半島。
而山東半島“成山角”一帶的地理環境卻對海運造成了很大的困擾。
爲了避開這一帶的風險，元人曾經嘗試開鑿一條南連膠州灣、北接萊州灣的人工水道，即“膠萊運河”，但終因勞費不貲而未能完工。
可到了晚明，由於漕運代價巨大，膠萊河成爲晚明議論海運者所必講的話題。
如果膠萊河可以通航，則必將大大縮短南北運輸的時間，同時還能避開“成山角”的阻礙，是開通海運以代漕運的不二良方。
而這一良方久久不能施行，就是因爲晚明的政治鬥爭太過錯綜複雜，各種勢力在海運漕運之爭中糾纏不休，以致膠萊河計劃屢屢擱淺。
在朱翊鈞穿越成萬曆皇帝前，明穆宗時期就已經出現重開海運的爭議。
當時黃河改道頻繁，洪災不斷，其中徐州至沛縣一帶是重災區，運河河道的會通河段也受到嚴重影響，導致嚴重淤塞。
其時漕督、總兵官等治河不利，紛紛獲罪，漕河危機成爲朝廷上下關注的焦點。
而就在此時，曾在隆慶元年因受徐階心腹胡應嘉、歐陽一敬攻訐退休還鄉的高拱，在張居正等人的奏請下復歸朝政，任武英殿大學士、吏部尚書。
當時的內閣首輔李春芳爲人寬厚，居政持論平，不事操切，故高拱以明穆宗心腹的身份實際上把持了大政方針的決策權，於是他提出了重開膠萊運河的議案。