時間進入了1629年的六月，北京城的室外氣溫已經升高到了二十多度，而在一些通風不太好的室內，悶熱的環境下，若是再多上一羣糙漢子不停的呼出二氧化碳，那溫度直直的往着三十度上衝。
可就是在樞密院的辦公場所裏，一羣孔武有力的糙漢子，頂着滿頭大汗，大眼瞪小眼的一頁又一頁的翻着厚厚的刑法典，卻沒有一個人叫苦叫熱。
“沒有真的沒有啊你們那邊呢”
“也沒有，我負責審閱的第七卷，也沒有”
“哈哈哈，看來是真的沒有了皇上萬歲”
“皇上，皇上啊，真是我們的好皇上啊”
“是啊，兩百多年了，不，自北宋那些王八蛋開了刺配充軍的先例後，七百多年了，罪犯充軍的條款，終於被皇上徹底廢除了”
大明的軍人社會低，原因有很多。但非常重要的一點就是：國家法律明文規定，普通老百姓犯了罪，罪不至死的，往往都是充軍這是國家政權公開對軍人的歧視。國家都如此了，你還能指望社會尊重軍人
在大明律裏，涉及到充軍的有整整189款。偷竊、盜墓、搶劫、貪污受賄、qj、tj統統都可以充軍。甚至一些不太嚴重的死刑犯，溝通到位了，也可以以充軍免死......這麼搞下來，整個大明軍隊，簡直就成了人渣集中地俗話說一顆耗子屎壞掉一鍋湯，按照大明的這個做法，那不是美味裏夾雜一顆耗子屎的問題了，簡直就是專門燉的屎湯啊
而且大明律還超變態的定了終身充軍和永遠充軍：前者就是你一個人一輩子充軍，後者是你家世世代代子子孫孫都要充軍當兵居然成了讓人恐怖的，禍及子孫的刑罰
這麼個搞法，社會上的輿論怎麼看軍人軍人自己怎麼看自己這樣的軍隊又怎麼可能有戰鬥力
從朱由棟重建橫海衛起，他的新軍在兵源上始終都是以普通農夫、流民、礦工爲主，堅決不接受刑部發配過來的充軍罪犯。在後來他做了皇帝后，新式陸軍、海軍的組建上，也是嚴禁罪犯進入軍隊。
但這一切，只是皇帝的個人行爲：大明律還在那裏擺着呢，地方官們還在不斷的按照大明律判決某某犯人充軍呢。
而到了這新的，完全取代大明律的諸多法典問世後，雖說心裏早就清楚皇上肯定會善待軍人。但是當樞密院的參謀們一個字一個字細細的審閱了整部刑法典，確認這部厚厚的法典裏，沒有一條有充軍字眼的時候，六十五歲的樞密院使麻承詔，還是忍不住流出了熱淚。
“好，好，從此以後，我們武人再也不會受歧視了。”
由着年輕的參謀們歡呼雀躍了一番後，麻承詔沉聲道：“如此皇上，我們武人若是不拼死效忠，那就真的沒得救了。悄悄的給各地駐軍主官發下話去，對接下來皇上的動作要絕對支持。若是各地有什麼不滿的苗頭......”他伸出右掌，虛空狠切了下去。
“樞相放心，我大明數十萬將士，決然誓死效忠皇上但有宵小作亂，必然頃刻間將其化爲齏粉”
......
從魏忠賢和田爾耕那裏不斷得到消息，確認民間反對的聲音並不太大，而軍隊更是忠誠度爆表後，朱由棟的步子一下子邁得更大了。
1629年11月，吏部尚書孫承宗上了請拆分細化朝廷各部司的奏章，大明的政體改革，終於進入了實質性的階段。
有句老話怎麼說的經濟基礎決定上層建築。但是這話後面還有一句話：上層建築對經濟的發展有重要影響甚至是決定性作用。
大明現有的官制，真要追根溯源，可以追到隋朝。一千三百多年來，中華帝國雖然是在治亂循環的怪圈裏反覆折騰，但好歹也是螺旋上升的。社會發展到現在，別說穿越者不斷給社會加速了，就算沒有穿越者，這套起源於隋朝的三省六部制，也嚴重的阻礙了經濟的發展。
所以，必須改。唯有在政體上改良了，才能給經濟進一步的鬆綁，大明的國力才能再次躍升。
在巡遊天下三年多的時間裏，朱由棟除了和熊廷弼長期通信，反覆探討各部法案的修訂外。也和孫承宗反覆就朝廷的機構設置反覆溝通。不過，到底還是這次的變動實在是太大了，所以即便孫承宗竭力配合，這個事情最終還是等到朱由棟回京後，師徒二人坐在一起，花了五個多月的時間，才最終敲定。
皇帝之下，是內閣、樞密院、都察院、最高法院。四個部門分別掌管行政、軍事、監察、司法。
內閣負責人由某殿大學士、首輔什麼的統一改稱爲首相，首相有兩個副手，稱副相。首相的權力極大，在民政這一塊，文官五品以下的任免，單筆財政支出在100萬銀元以下者，首相主持召開內閣會議就可以單獨決定，不必再票擬送司禮監批紅自朱元璋廢除丞相制度，大學士只是顧問和參謀的狀況，到了這裏得到了改變。大明的文臣們再一次有了像唐宋的丞相們那般，在一些具體事務上有了獨斷的權力。
這當然是朱由棟在立憲方面得罪了文臣後，拿出來安撫文臣的措施之一。當然，做皇帝這麼多年，他也深切的感受到：哲學裏的重點論是真理，什麼都要管什麼都要抓是可以的，但這麼做很可能是什麼都做不好。適當的放出去一些權力，抓住更重點的東西，才符合取捨之道。
首相與副相之下，是各部尚書。但是現在，大明徹底廢除了三省六部制，而是改爲了帶有濃厚穿越者風格的近代政府制度。
吏部拆分爲人事部、勞動部。前者掌官員考覈升遷任免，後者主要負責社會保障。
戶部拆分爲財政部、稅務總局、農業部、工商總局、商務部、審計總署。
禮部拆分爲教育部、外務部，專門負責接待外賓的鴻臚寺併入外務部。部分禮部人員與太常寺、光祿寺合併，成立新的禮儀總局，負責國家內部各項典禮的安排籌備工作。
兵部拆分爲國防部、兵役總局。以前專掌全國馬政的太僕寺合併入國防部。
刑部拆分爲公安部、司法部，部分人員與大理寺合併，成立最高法院。
工部拆分爲建設部、重工業部、輕工業部。
以方山科學院爲基礎，合併欽天監，新成立科技部。
以方山科學院醫學實驗室爲首，合併太醫院，成立衛生部。
詹事府、國子監、翰林院三個機構合併，成立大明政治學院：從此之後，這裏就是大明的官員繼續提高的地方。
以張世澤的既有班底爲基礎，新成立宣傳部，專掌文化宣傳。全國的報紙、劇團、說書人甚至秦樓楚館的職業女性們全都劃入了宣傳部管轄範圍。除此之外，將逐步的允許民間資本進入傳媒業。
大明皇家銀行繼續保留，但存款貸款的職能要逐步減弱。國家準備再成立三至五家官方銀行，並逐步開放民間資本成立私人銀行。
通政司保留原名，但其職責轉變爲內閣的辦公廳。
都察院保留原名，但其職責已經徹底轉變：風聞言事被禁止，糾察官員道德問題被置於極靠後的位置。現在的都察院，獲得了獨立的經費，獨立的調查權，其工作職能主要在於監察百官的履職和經濟問題，另外還承擔政府公訴職責。
錦衣衛保留原名，詔獄繼續保留。不過作爲國家情報機關，雖說他仍然保留了一定獨立的司法權，但這種權力，更多是針對被認爲可能是間諜的相關人員的審訊。對於官員的一般審訊，只能走法院。
廢除尚寶丞，其掌管、製作印璽的職責，轉入內廷。
內閣首相、樞密使、最高法院首席法官、都察院左都御史四人，是大明大臣的頂端，俱爲正一品。
副相、樞密副使。次席法官和右都御史爲從一品。
新成立的各部尚書、總局局長，政治學院院長，錦衣衛指揮使，皇家銀行行長等，均爲正二品。
按照朱由棟的旨意，在中央政府各部門完成重整後，大明境內的各省、區，以及省下面的州府，除外交、國防、民族事務、幹部培訓、國家情報等部門外，其他的，均要按照中央政府新部門的設置，在地方政府裏設置相應的部門。
至於縣級政府，限於這個時代的社會發展水平，倒是暫時不用把相應的部門全都也跟着設置齊全。但是縣衙裏也要設置相應人員來對接上級政府各廳局的工作。
在這一整套政府架構設置完成後。朱由棟又下了一道聖旨：新機構設置完成後，逐步廢除吏、役，改以全面公務員制度。從天啓十三年開始，國家不再有所謂的科舉，而改以中央政府公務員考試和地方公務員考試